| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 576,685 | T→C | N61N (AAT→AAC) | cusC → | copper/silver efflux system, outer membrane component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 576,685 | 0 | T | C | 99.3% | 558.7 / ‑4.1 | 135 | N61N (AAT→AAC) | cusC | copper/silver efflux system, outer membrane component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (69/65); total (69/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TCAGCCAGAACGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAATCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAATAACCGGGATTTGCGCATGGCGACGCTGAAAGTGCAG > REL606/576612‑576757 | tcaGCCAGAACGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCa < 2:3610172/76‑1 (MQ=255) caGCCAGAACGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAg > 1:3839185/1‑76 (MQ=255) caGCCAGAACGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAg > 1:4234469/1‑76 (MQ=255) caGCCAGAACGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAg < 2:3880247/76‑1 (MQ=255) gCCAGAACGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGt < 1:3995523/76‑1 (MQ=255) ccAGAACGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTa < 2:4800550/76‑1 (MQ=255) ccAGAACGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTa < 1:1581588/76‑1 (MQ=255) aGAACGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTaaa < 2:3244019/76‑1 (MQ=255) aGAACGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTaaa < 2:3525590/76‑1 (MQ=255) gAACGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTaaaa > 1:1840108/1‑75 (MQ=255) gAACGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAg < 1:2279783/76‑1 (MQ=255) aaCGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGa < 1:5682635/76‑1 (MQ=255) cGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACg < 2:2611860/76‑1 (MQ=255) cGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACg < 2:4438643/76‑1 (MQ=255) cGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACg < 1:300906/76‑1 (MQ=255) ggCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGc > 2:5249933/1‑76 (MQ=255) gCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCt < 2:2391065/76‑1 (MQ=255) 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agcagATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGgcg < 2:922786/76‑1 (MQ=255) agATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTg < 2:5977751/76‑1 (MQ=255) agATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTg > 1:995060/1‑76 (MQ=255) agATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTg > 2:2992561/1‑76 (MQ=255) aTAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTggg > 2:3409685/1‑75 (MQ=255) aTAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGt < 2:3369067/76‑1 (MQ=255) aTAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGt > 1:2642383/1‑76 (MQ=255) tAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTg > 1:5053880/1‑76 (MQ=255) aaCTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGa > 2:724209/1‑76 (MQ=255) aaCTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGa > 1:5946086/1‑76 (MQ=255) aCTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGaa > 1:1470688/1‑76 (MQ=255) aCTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGaa > 2:5957571/1‑76 (MQ=255) cTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAAt < 2:1857517/76‑1 (MQ=255) cTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAAt < 1:4521251/76‑1 (MQ=255) cTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAAt < 2:3129109/76‑1 (MQ=255) cTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAAt > 2:5832810/1‑76 (MQ=255) cTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAAt > 2:5403363/1‑76 (MQ=255) cTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAAt < 1:3515718/76‑1 (MQ=255) tACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGGGAATa > 1:3486695/1‑76 (MQ=255) 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cACCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAATAACCGGGATTTGCGCATGGCg > 2:3519079/1‑76 (MQ=255) aCCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAATAACCGGGATTTGCGCATGGCGa > 2:1060462/1‑76 (MQ=255) aCCTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAATAACCGGGATTTGCGCATGGCGa > 1:6186120/1‑76 (MQ=255) ccTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAATAACCGGGATTTGCGCATGGCGAc < 2:2248391/76‑1 (MQ=255) ccTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAATAACCGGGATTTGCGCATGGCGAc < 2:6104242/76‑1 (MQ=255) cTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAATAACCGGGATTTGCGCATGGCGACg < 1:54210/76‑1 (MQ=255) cTTTTTTGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAATAACCGGGATTTGCGCATGGCGACg < 2:4541548/76‑1 (MQ=255) tttttGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAATAACCGGGATTTGCGCATGGCGACGCt > 2:513015/1‑76 (MQ=255) tttttGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAATAACCGGGATTTGCGCATGGCGACGCt > 2:1969966/1‑76 (MQ=255) tttGTTGATAACCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAATAACCGGGATTTGCGCATGGCGACGCTGa 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TCAGCCAGAACGGCTTGGTTAACGCAGCAGATAACTACCAGAACGTGGGCTGGCGCACCTTTTTTGTTGATAATCAGGTAAAGACGCTGATTAGCGAGGCGCTGGTGAATAACCGGGATTTGCGCATGGCGACGCTGAAAGTGCAG > REL606/576612‑576757 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |