| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,146,395 | C→T | T129I (ACC→ATC) | flgC → | flagellar basal‑body rod protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,146,395 | 0 | C | T | 98.9% | 694.5 / ‑1.6 | 175 | T129I (ACC→ATC) | flgC | flagellar basal‑body rod protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (91/82); total (93/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
ACCATGTCGGCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAACCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACAAATACCGGCG > REL606/1146322‑1146468 | tccATGTCGGGGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAAtcc < 1:1510673/75‑1 (MQ=255)acCATGTCGGCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAAtcc < 1:419425/76‑1 (MQ=255)acCATGTCGGCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTACTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAAtcc > 2:1244171/1‑76 (MQ=255) ccATGTCGGCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCt < 2:5366247/76‑1 (MQ=255) cATGTCGGCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCtt < 2:1047879/76‑1 (MQ=255) cATGTCGGCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCtt > 1:5464909/1‑76 (MQ=255) aTGTCGGCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTa < 1:774430/76‑1 (MQ=255) aTGTCGGCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTa < 2:3287420/76‑1 (MQ=255) tGTCGGCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTAc < 1:479405/76‑1 (MQ=255) tGTCGGCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTAc > 1:1657853/1‑76 (MQ=255) gTCGGCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACg < 2:3169952/76‑1 (MQ=255) gTCGGCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACg > 1:5235267/1‑76 (MQ=255) cGGCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCt < 1:3282815/76‑1 (MQ=255) ggCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAACCCTTACGCTc > 1:4345500/1‑76 (MQ=255) gCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCg < 1:5709047/76‑1 (MQ=255) gTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGt > 1:4607908/1‑76 (MQ=255) gTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGt > 1:3957271/1‑76 (MQ=255) tCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTc > 1:1577728/1‑76 (MQ=255) tCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTc < 2:292301/76‑1 (MQ=255) cACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCa > 2:10390/1‑76 (MQ=255) cACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCa > 2:1157592/1‑76 (MQ=255) cACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAACCCTTACGCTCGGTCa > 1:5616505/1‑76 (MQ=255) cACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGCGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCa > 1:2888634/1‑76 (MQ=255) aCGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCaa < 2:4787500/76‑1 (MQ=255) cGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAAt < 2:876450/76‑1 (MQ=255) gCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATa > 2:1643559/1‑76 (MQ=255) gCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATa < 1:5114777/76‑1 (MQ=255) gCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATa < 2:3253661/76‑1 (MQ=255) aGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATaaa < 1:135877/76‑1 (MQ=255) gCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAg > 2:4919720/1‑76 (MQ=255) tATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGga > 2:2829668/1‑76 (MQ=255) tATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGga > 2:3891168/1‑76 (MQ=255) tATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGga > 1:5757932/1‑76 (MQ=255) aTCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGgag > 2:3869616/1‑76 (MQ=255) tCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGgaga < 1:6223802/76‑1 (MQ=255) cAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGaa > 2:5163435/1‑76 (MQ=255) cAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGaa > 2:2020327/1‑76 (MQ=255) cAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGaa < 1:5531898/76‑1 (MQ=255) cAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGaa < 1:2445749/76‑1 (MQ=255) aGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGaaa < 2:4557284/76‑1 (MQ=255) aGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGaaa < 2:1889236/76‑1 (MQ=255) ggCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAg > 1:2400906/1‑76 (MQ=255) ggCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAg < 2:6052932/76‑1 (MQ=255) ccAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCt < 2:2265445/76‑1 (MQ=255) ccAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCt < 2:5464909/76‑1 (MQ=255) cAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTa > 1:1807191/1‑76 (MQ=255) cAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTa < 1:2828965/76‑1 (MQ=255) aaTGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTAt > 1:2134711/1‑76 (MQ=255) aaTGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTAt > 1:5157516/1‑76 (MQ=255) aTGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATg < 2:5004909/76‑1 (MQ=255) aTGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATg < 2:4745933/76‑1 (MQ=255) aTGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATg < 1:6276667/76‑1 (MQ=255) tGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGt < 1:4122257/76‑1 (MQ=255) gTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTc < 1:2018148/76‑1 (MQ=255) ttGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTcc > 2:2267521/1‑76 (MQ=255) ttGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTcc < 1:1409501/76‑1 (MQ=255) ttGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTcc > 2:3209988/1‑76 (MQ=255) tGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCa > 2:173620/1‑76 (MQ=255) gAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCAt < 1:258687/76‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGATATGTCCAt > 1:1281764/1‑76 (MQ=255) aaGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCAtt < 1:857028/76‑1 (MQ=255) aaGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCAtt < 1:1088445/76‑1 (MQ=255) aaGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCAtt > 1:1003523/1‑76 (MQ=255) tGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCg > 1:3673929/1‑76 (MQ=255) gCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCgg > 1:1035892/1‑76 (MQ=255) gCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCgg > 2:4602116/1‑76 (MQ=255) tCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTa > 1:3318151/1‑76 (MQ=255) aaCACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAac < 2:2842305/76‑1 (MQ=255) aaCACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAac > 1:148300/1‑76 (MQ=255) aaCACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAac < 1:5646861/76‑1 (MQ=255) cacGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAacca > 2:5858299/1‑76 (MQ=255) cacGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAacca < 1:2248206/76‑1 (MQ=255) acGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAaccac > 1:5150297/1‑76 (MQ=255) cGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAaccacc > 2:6118540/1‑76 (MQ=255) cGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAaccacc > 2:4050597/1‑76 (MQ=255) cGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAaccacc < 2:5671324/76‑1 (MQ=255) gTGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAaccaccac < 2:5741325/76‑1 (MQ=255) tGAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAaccaccacc < 2:5616821/76‑1 (MQ=255) gAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCg < 1:6185371/76‑1 (MQ=255) gAAAAGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCg > 1:1739287/1‑76 (MQ=255) aaaaGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGa > 2:6229505/1‑76 (MQ=255) aaaaGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGGCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGa < 2:6117635/76‑1 (MQ=255) aGTATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATcc < 1:5694750/76‑1 (MQ=255) tATGATGCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGa > 2:2656551/1‑76 (MQ=255) atgatgCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGAc > 2:372857/1‑76 (MQ=255) atgatgCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGAc < 2:2798904/76‑1 (MQ=255) gatgCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACaa > 1:6306091/1‑76 (MQ=255) atgCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACaaa > 1:2644729/1‑76 (MQ=255) tgCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACAAAt < 2:2585263/76‑1 (MQ=255) gCTGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACAAATa > 2:193922/1‑76 (MQ=255) tGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACAAATAcc > 1:887007/1‑76 (MQ=255) tGAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACAAATAcc > 2:3668652/1‑76 (MQ=255) gAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACAAATACCg > 1:1956384/1‑76 (MQ=255) gAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACAAATACCg > 1:2720091/1‑76 (MQ=255) gAAAATCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACAAATACCg > 1:4854776/1‑76 (MQ=255) aaaaTCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACAAATACCgg < 2:697168/76‑1 (MQ=255) aaaTCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACAAATACCGGc > 2:4376925/1‑76 (MQ=255) aaaTCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACAAATACCGGc < 2:3531294/76‑1 (MQ=255) aaaTCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACAAATACCGGc > 1:5392739/1‑76 (MQ=255) aaCCTTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAGCCTATGTCCATTGCGTTAGCCCCCACCGATCCGACAAATACCGGCg < 2:5337174/76‑1 (MQ=255) | ACCATGTCGGCGTCACGCAGCTATCAGGCCAATGTTGAAGTGCTCAACACGGTGAAAAGTATGATGCTGAAAACCCTTACGCTCGGTCAATAAAGGAGAAAGCTATGTCCATTGCGGTAACCACCACCGATCCGACAAATACCGGCG > REL606/1146322‑1146468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |