| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,489,606 | C→T | A157V (GCG→GTG) | yncB → | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,489,606 | 0 | C | T | 99.5% | 720.3 / ‑6.9 | 189 | A157V (GCG→GTG) | yncB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (74/114); total (75/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
CCAGGCTTTACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGCGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGGTGGTGGGGGTTGC > REL606/1489533‑1489678 | ccAGGCTTTACCGCTTCTATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTgcgg > 2:1382105/1‑76 (MQ=255) ggCTTTACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGa < 2:1749110/76‑1 (MQ=255) gCTTTACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGAc > 2:2140412/1‑76 (MQ=255) gCTTTACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGAc < 1:317042/76‑1 (MQ=255) gCTTTACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGAc > 1:5391202/1‑76 (MQ=255) cTTTACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACa > 2:1229972/1‑76 (MQ=255) tttACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAg < 2:2494852/76‑1 (MQ=255) tttACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAg > 1:5685439/1‑76 (MQ=255) tttACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTAGTAGCTGTGGCGACAg < 1:4624970/76‑1 (MQ=255) ttACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAgg > 1:2604160/1‑76 (MQ=255) tACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGt > 2:6237972/1‑76 (MQ=255) tACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGt > 1:4525592/1‑76 (MQ=255) gCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtg > 1:2306910/1‑76 (MQ=255) gCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtg < 2:4345135/76‑1 (MQ=255) cTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtgt < 2:5861236/76‑1 (MQ=255) cTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtgt < 2:5199665/76‑1 (MQ=255) cTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtgg > 2:4902484/1‑75 (MQ=255) ttATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtgtg > 2:2938393/1‑76 (MQ=255) ttATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtgtg > 1:1097878/1‑76 (MQ=255) ttATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtgtg < 1:4398494/76‑1 (MQ=255) ttATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtgtg > 1:4280307/1‑76 (MQ=255) ttATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGGCCtgtg > 2:5392921/1‑76 (MQ=255) tataTGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTgg < 2:844365/76‑1 (MQ=255) tataTGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTgg > 1:5756561/1‑76 (MQ=255) tataTGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTgg > 1:2111014/1‑76 (MQ=255) atatGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTggg > 1:4545373/1‑76 (MQ=255) atatGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTggg < 1:1985023/76‑1 (MQ=255) atatGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTggg > 1:5329141/1‑76 (MQ=255) atatGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTggg < 1:1656274/76‑1 (MQ=255) atGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAg < 1:3546554/76‑1 (MQ=255) tGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGc > 1:4746137/1‑76 (MQ=255) ggggCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCa < 1:1516751/76‑1 (MQ=255) ggggCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCa < 1:6058799/76‑1 (MQ=255) ggggCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCa < 1:327752/76‑1 (MQ=255) ggggCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCa > 2:3120922/1‑76 (MQ=255) gggCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCaa < 2:5705278/76‑1 (MQ=255) gggCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCaa < 1:389363/76‑1 (MQ=255) gctgctGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACg < 2:5104383/76‑1 (MQ=255) gctgctGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACg < 1:4972117/76‑1 (MQ=255) ctgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACgg > 1:1396429/1‑76 (MQ=255) ctgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACgg < 1:1349304/76‑1 (MQ=255) ctgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACgg > 1:758169/1‑76 (MQ=255) ctgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACgg < 2:3162137/76‑1 (MQ=255) ctgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACgg < 2:1961168/76‑1 (MQ=255) ctgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGGCCTGTGGGAGCAACgg > 1:1850239/1‑76 (MQ=255) tgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCACCggg > 1:553300/1‑75 (MQ=255) tgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACggg > 2:2173688/1‑75 (MQ=255) tgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGt < 2:5885818/76‑1 (MQ=255) gctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTg > 2:2757265/1‑76 (MQ=255) gctgAATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTg < 1:694852/76‑1 (MQ=255) tgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACgggggg > 1:2725418/1‑76 (MQ=255) gATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGc > 2:1882462/1‑76 (MQ=255) gATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGc < 1:5160872/76‑1 (MQ=255) atatCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCa < 1:5050021/76‑1 (MQ=255) atatCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCa < 1:1289445/76‑1 (MQ=255) tatCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCaa < 1:39997/76‑1 (MQ=255) atCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCaaa > 1:6132847/1‑76 (MQ=255) cGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATc > 1:1324825/1‑76 (MQ=255) cGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTCGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATc < 2:792221/76‑1 (MQ=255) ggTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCg < 2:6302754/76‑1 (MQ=255) tCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGc < 1:2014991/76‑1 (MQ=255) tCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGc < 1:3027994/76‑1 (MQ=255) tCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGc < 2:5665145/76‑1 (MQ=255) aGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCaa > 2:507724/1‑76 (MQ=255) aGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCaa < 1:3978264/76‑1 (MQ=255) gCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCaaa < 2:4474987/76‑1 (MQ=255) ccTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAAc < 2:3267589/76‑1 (MQ=255) cTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACt < 2:2722120/76‑1 (MQ=255) cTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACt < 2:2303621/76‑1 (MQ=255) cTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACt > 1:1698549/1‑76 (MQ=255) cTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACt < 2:5516111/76‑1 (MQ=255) tAAAGAGGTCGAAGCGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACtt < 2:4028202/76‑1 (MQ=255) aaaGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCCAATCGGCAAACTTa > 1:4436074/1‑76 (MQ=255) aaaGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTa < 1:4873548/76‑1 (MQ=255) aaaGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGGCCTGGGGGGGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTa > 1:839922/1‑76 (MQ=255) aaGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTaa > 2:470442/1‑76 (MQ=255) agagGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTaaa < 1:1235030/76‑1 (MQ=255) agagGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTaaa < 1:5628270/76‑1 (MQ=255) gagGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAg < 1:1765944/76‑1 (MQ=255) gggCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGt < 1:4761816/76‑1 (MQ=255) gggCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGt < 2:6039537/76‑1 (MQ=255) gggCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGt < 2:3409471/76‑1 (MQ=255) gCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTg < 1:4121258/76‑1 (MQ=255) gCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTg < 2:3789274/76‑1 (MQ=255) gCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTg > 1:5572157/1‑76 (MQ=255) cGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGc < 2:3840900/76‑1 (MQ=255) cGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGc < 2:3988177/76‑1 (MQ=255) gAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCGACCTTAAAGGTTGcc > 2:2605646/1‑75 (MQ=255) aCGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAggg < 2:6157581/76‑1 (MQ=255) cGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAgggg > 1:529219/1‑75 (MQ=255) tggtggTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAACGGTTGCAGgggggt > 2:4993375/1‑76 (MQ=255) tggtggTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAggggggg > 2:4146147/1‑75 (MQ=255) ggtggtAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGgtggtg < 2:5026566/76‑1 (MQ=255) ggtggtAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGgtgctg < 2:1795616/76‑1 (MQ=255) gtggtAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGGtggtgg < 2:4498873/76‑1 (MQ=255) tAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGGTGGTGGGGGt > 2:1519291/1‑76 (MQ=255) aGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGGTGGTGGGGGtt < 1:5265099/76‑1 (MQ=255) gCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGGTGGTGGGGGTTg < 2:3909523/76‑1 (MQ=255) gCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGGTGGTGGGGGTTg < 2:4244189/76‑1 (MQ=255) cTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCCAACTTAAAGGTTGCAGGGTGGGGGGGGGTGc > 2:3633689/1‑76 (MQ=255) | CCAGGCTTTACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGCGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGGTGGTGGGGGTTGC > REL606/1489533‑1489678 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |