| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,505,141 | A→G | intergenic (+175/‑7) | ydcD → / → ECB_01416 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,505,141 | 0 | A | G | 98.7% | 617.9 / ‑1.4 | 148 | intergenic (+175/‑7) | ydcD/ECB_01416 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (71/75); total (73/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ATTTTCATCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGACGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATACGACAACAAGGAAAGGTT > REL606/1505068‑1505213 | aTTTTCATCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCg < 2:4576660/76‑1 (MQ=255)aTTTTCATCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCg > 1:3953128/1‑76 (MQ=255) ttCATCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCACCa < 1:2515280/76‑1 (MQ=255) tCATCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAg > 1:75007/1‑76 (MQ=255) cATCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAgg > 1:1028516/1‑76 (MQ=255) aTCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGt > 2:550515/1‑76 (MQ=255) aTCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGt < 2:5370362/76‑1 (MQ=255) aTCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGt < 1:1649925/76‑1 (MQ=255) aTCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGt > 2:2619785/1‑76 (MQ=255) tCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTg < 2:1485902/76‑1 (MQ=255) tttGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAg > 1:5925786/1‑76 (MQ=255) ttGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAga > 1:5435471/1‑75 (MQ=255) cTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTAtt < 1:1213073/76‑1 (MQ=255) cTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTAtt > 2:4136711/1‑76 (MQ=255) tttAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTc < 2:2387732/76‑1 (MQ=255) tttAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTc > 2:3103868/1‑76 (MQ=255) ttAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCa > 2:2719792/1‑76 (MQ=255) 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> 1:1004638/1‑76 (MQ=255) tGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGAtt < 1:1089663/76‑1 (MQ=255) gATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATta < 1:4621954/76‑1 (MQ=255) aTCAAAATTTCCCCTTTGGAATAACTAAAAAGATACAAACGGACGCCAGGCGAGACACCGAAGTTTGCTTGATtat > 2:2634520/1‑76 (MQ=255) aTCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATtat < 2:6102972/76‑1 (MQ=255) aTCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATtat > 1:6116563/1‑76 (MQ=255) aaaaTTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATAtt < 2:1999890/76‑1 (MQ=255) aaaaTTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATAtt > 1:2644592/1‑76 (MQ=255) aaaTTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATAttt < 2:5360686/76‑1 (MQ=255) aaTTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTc < 1:3863192/76‑1 (MQ=255) aaTTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTc > 1:5090688/1‑76 (MQ=255) aTTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCa > 1:3527752/1‑76 (MQ=255) aTTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCa > 1:1674131/1‑76 (MQ=255) aTTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCa < 2:4496979/76‑1 (MQ=255) tttAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAg > 1:3169202/1‑76 (MQ=255) ttAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGt < 2:4754330/76‑1 (MQ=255) ttAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGt < 2:1111007/76‑1 (MQ=255) tAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTg < 1:4050556/76‑1 (MQ=255) ccTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTGTATTTCAGTGAcc > 1:2949366/1‑76 (MQ=255) cTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGAccc < 2:585563/76‑1 (MQ=255) ttGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCt > 1:1251932/1‑76 (MQ=255) tGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTg < 1:3672751/76‑1 (MQ=255) aTAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGatat < 2:1032342/76‑1 (MQ=255) aTAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGatat < 1:3251435/76‑1 (MQ=255) tAACTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGAtata > 2:870312/1‑76 (MQ=255) aaCTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATAc < 1:6236973/76‑1 (MQ=255) aaCTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATAc > 2:2915531/1‑76 (MQ=255) aCTAAAAAGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATACg < 1:1501489/76‑1 (MQ=255) 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< 1:1973800/76‑1 (MQ=255) aaGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATACGacaaca > 2:4285672/1‑76 (MQ=255) aaGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATACGacaaca < 1:3492802/76‑1 (MQ=255) aaGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATACGacaaca > 2:549169/1‑76 (MQ=255) aaGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATACGacaaca < 1:320496/76‑1 (MQ=255) aaGATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATACGacaaca < 2:3898399/76‑1 (MQ=255) gATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATACGACAACAAg < 1:5121445/76‑1 (MQ=255) gATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATACGACAACAAg < 1:686038/76‑1 (MQ=255) gATAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATACGACAACAAg < 2:5595542/76‑1 (MQ=255) aTAAAAAAGGGCGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATACGACAACAAgg < 1:1473514/76‑1 (MQ=255) 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ATTTTCATCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGACGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATACGACAACAAGGAAAGGTT > REL606/1505068‑1505213 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |