| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,512,877 | T→C | N43S (AAC→AGC) | narY ← | nitrate reductase 2 (NRZ), beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,512,877 | 0 | T | C | 99.4% | 638.8 / ‑4.3 | 153 | N43S (AAC→AGC) | narY | nitrate reductase 2 (NRZ), beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (71/81); total (71/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
GACCCAGCCGCCTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGTTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGTATGGC > REL606/1512804‑1512949 | gACCCAGCCGCCTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACgctg < 2:4531717/76‑1 (MQ=255) aCCCAGCCGCCTTGCCCCTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACgctgt < 1:3105302/76‑1 (MQ=255) ccAGCCGCCTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTa < 2:4241628/76‑1 (MQ=255) ccAGCCGCCTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTa < 2:2362072/76‑1 (MQ=255) aGCCGCCTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTaaa < 1:5937688/76‑1 (MQ=255) ccgccTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAAcc < 2:4136757/76‑1 (MQ=255) ccgccTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAAcc < 2:2059856/76‑1 (MQ=255) gccTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCAt < 2:3090064/76‑1 (MQ=255) 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> 1:1090515/1‑76 (MQ=255) tGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCtt > 1:6007165/1‑76 (MQ=255) tGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCtt > 2:1753395/1‑76 (MQ=255) gATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTc > 1:4025812/1‑76 (MQ=255) gATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTc < 1:5835423/76‑1 (MQ=255) aTCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTcg > 1:4893127/1‑76 (MQ=255) aTCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTcg < 2:5502768/76‑1 (MQ=255) aTCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTcg > 2:1753981/1‑76 (MQ=255) cTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTcgcg < 1:897667/76‑1 (MQ=255) ttCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCgcgc > 2:1960090/1‑76 (MQ=255) 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> 2:1246924/1‑76 (MQ=255) aTAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttt > 2:1184894/1‑76 (MQ=255) aTAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttt > 2:688526/1‑76 (MQ=255) aTAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttt > 2:2686294/1‑76 (MQ=255) aTAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttt > 1:3817664/1‑76 (MQ=255) aTAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttt < 1:1971222/76‑1 (MQ=255) tAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGtttt < 1:5674672/76‑1 (MQ=255) tAACCAATGCCCGGTTTGGTTGCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGtttt < 2:5880479/76‑1 (MQ=255) aaCCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttttt < 2:5820849/76‑1 (MQ=255) aaCCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGCTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGttttt < 2:2722220/76‑1 (MQ=255) 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GACCCAGCCGCCTTGCCACTCTTCCTGATCTTCCCAGTTTTTCGGATAACCAATGCCCGGTTTGGTTTCGACGTTGTTAAACCATGCGTACTCCATGCCTTCGCGCCCGGTCCAGACGTTTTTACAGGTCACCGAACAGGTATGGC > REL606/1512804‑1512949 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |