| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 283,483 | T→C | intergenic (‑526/‑1054) | ykgM ← / → eaeH | 50S ribosomal protein L31/attaching and effacing protein, pathogenesis factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 283,483 | 0 | T | C | 97.7% | 878.5 / 4.7 | 213 | intergenic (‑526/‑1054) | ykgM/eaeH | 50S ribosomal protein L31/attaching and effacing protein, pathogenesis factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/1); new base C (120/88); total (124/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAA > REL606/283410‑283558 | tATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGctt > 2:3926404/1‑76 (MQ=255)tATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGctt > 2:28349/1‑76 (MQ=255) aTTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGCTTg > 1:4819606/1‑76 (MQ=255) aTTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGCTTg > 2:1231588/1‑76 (MQ=255) aTTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGCTTg > 2:5982224/1‑76 (MQ=255) ttCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGCTTgg > 1:379876/1‑76 (MQ=255) ttCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGCTTgg > 1:342120/1‑76 (MQ=255) ttCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGCTTgg < 1:3396956/76‑1 (MQ=255) 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TATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTTAAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAA > REL606/283410‑283558 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |