| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 2,708,572 | G→A | W366* (TGG→TGA) | emrB → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 2,708,572 | 0 | G | A | 98.8% | 614.9 / ‑4.3 | 167 | W366* (TGG→TGA) | emrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (88/77); total (89/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
TTATGTATGCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGGCCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTGGTTTG > REL606/2708499‑2708644 | tatgtatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGAATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCg > 1:4682875/1‑76 (MQ=255) atgtatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGc < 1:2918862/76‑1 (MQ=255) tgtatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGcc > 1:1596343/1‑75 (MQ=255) gtatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAg > 1:1484547/1‑76 (MQ=255) gtatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAg > 2:3586010/1‑76 (MQ=255) gtatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAg > 1:2317794/1‑76 (MQ=255) tatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGt > 2:1869749/1‑76 (MQ=255) tatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGt > 2:2456612/1‑76 (MQ=255) tatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCCCAGt > 2:2030718/1‑76 (MQ=255) tatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTAGGTCTGACCGCAGt > 1:4254525/1‑76 (MQ=255) tatgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGCATGGGTTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGt > 1:3993246/1‑76 (MQ=255) atgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGtt < 2:6205099/76‑1 (MQ=255) tgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGttt > 2:255287/1‑76 (MQ=255) tgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGttt < 1:5082113/76‑1 (MQ=255) tgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGttt < 2:5212322/76‑1 (MQ=255) tgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGttt > 2:729120/1‑76 (MQ=255) tgCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGttt < 2:1085680/76‑1 (MQ=255) gCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTa < 1:278655/76‑1 (MQ=255) gCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTa < 1:160791/76‑1 (MQ=255) ccGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTAt > 2:567675/1‑76 (MQ=255) ccGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTAt < 2:5050186/76‑1 (MQ=255) cGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATc > 1:1882190/1‑76 (MQ=255) gTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATcc < 2:4111447/76‑1 (MQ=255) gTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATcc > 2:2142427/1‑76 (MQ=255) gTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATcc > 2:3439905/1‑76 (MQ=255) gTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATcc > 2:3000458/1‑76 (MQ=255) tCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCa > 1:5684108/1‑76 (MQ=255) cTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAg < 1:3015285/76‑1 (MQ=255) tGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAgg < 1:3247686/76‑1 (MQ=255) tGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGGTTATCCAgg > 1:222612/1‑76 (MQ=255) gCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAggg > 2:2676482/1‑76 (MQ=255) gCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAATTTATCCAggg > 1:744232/1‑76 (MQ=255) cTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAgggg < 2:2642475/76‑1 (MQ=255) ttCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGt > 1:5155237/1‑76 (MQ=255) ttCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGt < 2:3314521/76‑1 (MQ=255) tCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGtt < 1:3713074/76‑1 (MQ=255) tCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGAGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAgggggt > 1:3536695/1‑74 (MQ=255) cTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGttt < 2:1380013/76‑1 (MQ=255) cTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGttt < 2:1216520/76‑1 (MQ=255) cTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGttt > 1:5930484/1‑76 (MQ=255) cTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGttt > 2:1505120/1‑76 (MQ=255) cTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGttt < 2:2729187/76‑1 (MQ=255) cTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGctt > 2:847451/1‑76 (MQ=255) tACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTg < 1:550403/76‑1 (MQ=255) tACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTg > 1:4509461/1‑76 (MQ=255) tACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTg < 2:5486021/76‑1 (MQ=255) aCTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGCATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCCGTTTATCCCGCGGTTCGc > 1:24656/1‑76 (MQ=255) cTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCg < 1:4413968/76‑1 (MQ=255) gCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTg < 2:5818489/76‑1 (MQ=255) cGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTgg > 1:569656/1‑76 (MQ=255) cGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTgg > 1:1056029/1‑76 (MQ=255) gTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGc < 1:2027811/76‑1 (MQ=255) tGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGcc > 2:4345157/1‑76 (MQ=255) gCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCt > 1:5532885/1‑76 (MQ=255) gCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCt > 1:2273001/1‑76 (MQ=255) gCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCt < 2:6025699/76‑1 (MQ=255) tataCCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGct < 2:4483221/76‑1 (MQ=255) tataCCTTTGAACCAGGAATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGct > 1:2567031/1‑76 (MQ=255) taCCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGcttc > 1:4871279/1‑76 (MQ=255) aCCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGcttct < 1:5990657/76‑1 (MQ=255) aCCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGcttct < 2:2193183/76‑1 (MQ=255) ccTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGcttctt < 2:5920497/76‑1 (MQ=255) ccTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCCGcttctt > 1:538997/1‑76 (MQ=255) cTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCttt > 1:5052596/1‑76 (MQ=255) cTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCttt < 1:3581931/76‑1 (MQ=255) tGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATg < 2:322036/76‑1 (MQ=255) tGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATg < 1:863821/76‑1 (MQ=255) cAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCCTCGTTATGccccg > 2:882159/1‑73 (MQ=255) aGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTTCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGATg > 1:6314654/1‑76 (MQ=255) aGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTg < 1:3997811/76‑1 (MQ=255) ggTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGa < 1:904732/76‑1 (MQ=255) ggTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGa > 1:6069155/1‑76 (MQ=255) gTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGac < 1:5007787/76‑1 (MQ=255) tATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGacc > 1:1743234/1‑76 (MQ=255) tATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGacc > 1:3435449/1‑76 (MQ=255) aTGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGacca < 1:4822235/76‑1 (MQ=255) aTGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGaaca > 2:3262290/1‑76 (MQ=255) tGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGaccac < 2:4006676/76‑1 (MQ=255) ggATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGGCTGCTTCTTTATGCCGCTGaccccc > 1:1895522/1‑76 (MQ=255) ggATTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGaccacc < 2:122725/76‑1 (MQ=255) aTTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCAt < 2:5324337/76‑1 (MQ=255) aTTTTGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCAt < 2:5233873/76‑1 (MQ=255) tttGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTa < 2:162332/76‑1 (MQ=255) tttGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTa > 2:5110222/1‑76 (MQ=255) tttGGCGCCACGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTa < 2:4190879/76‑1 (MQ=255) ttGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTAc > 1:4670380/1‑76 (MQ=255) tgggCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTAc < 2:3154656/74‑1 (MQ=255) tGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACg > 1:3126651/1‑76 (MQ=255) tGGCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACg > 1:488994/1‑76 (MQ=255) ggCGCGTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGc > 2:3865546/1‑76 (MQ=255) gcgcGGCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCt < 1:247379/76‑1 (MQ=255) cgcgTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTg > 1:4135832/1‑76 (MQ=255) gTCGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCCTTACGCCGTCt > 1:3155339/1‑76 (MQ=255) cGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTgg > 2:2303970/1‑76 (MQ=255) cGGCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTgg < 1:5617965/76‑1 (MQ=255) ggCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTGGt < 1:1112070/76‑1 (MQ=255) gCCTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTGGtt < 1:4969559/76‑1 (MQ=255) ccTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGGTTCTTTATGCCGCTGTACCCCATTACGCTGTCTGGttt > 2:3690193/1‑76 (MQ=255) ccTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTGGttt < 1:78610/76‑1 (MQ=255) ccTGACCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTGGttt < 2:1717461/76‑1 (MQ=255) | TTATGTATGCCGTCTGCTTCTACTGGCGTGCCTATACCTTTGAACCAGGTATGGATTTTGGCGCGTCGGCCTGGCCGCAGTTTATCCAGGGGTTTGCGGTGGCCTGCTTCTTTATGCCGCTGACCACCATTACGCTGTCTGGTTTG > REL606/2708499‑2708644 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |