| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 2,776,287 | A→G | V176A (GTA→GCA) | cysH ← | phosphoadenosine phosphosulfate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 2,776,287 | 0 | A | G | 99.3% | 531.1 / ‑5.3 | 138 | V176A (GTA→GCA) | cysH | phosphoadenosine phosphosulfate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (74/63); total (75/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
TTTCAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATACGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAGCAAACC > REL606/2776214‑2776359 | tttCAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCg < 2:333596/76‑1 (MQ=255) tCAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGcc > 1:5373087/1‑76 (MQ=255) cAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCa < 2:3539593/76‑1 (MQ=255) cAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCa < 2:5881434/76‑1 (MQ=255) cAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCa < 2:1541401/76‑1 (MQ=255) cAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCa > 1:3961881/1‑76 (MQ=255) cAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCa < 1:2399705/76‑1 (MQ=255) cAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAAAACGCCa > 1:5120279/1‑76 (MQ=255) 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aaaTAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAAtt > 2:5374054/1‑76 (MQ=255) aTAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTgg > 1:1457178/1‑76 (MQ=255) aGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGgcg > 2:4294047/1‑76 (MQ=255) gTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGgcgc < 2:1729691/76‑1 (MQ=255) ggTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCt < 1:379485/76‑1 (MQ=255) gTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTg < 1:5939277/76‑1 (MQ=255) tATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGcc < 1:5796181/76‑1 (MQ=255) tATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGcc > 1:1505300/1‑76 (MQ=255) tATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAACTGGCGCGGCTGcc > 1:900963/1‑76 (MQ=255) 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> 1:5726306/1‑73 (MQ=255) caCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCa < 2:2075055/76‑1 (MQ=255) aCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGGTTGTTCGCGGCGCAGGcccg > 1:2926950/1‑74 (MQ=255) aCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGGAGGcccg > 2:1697664/1‑74 (MQ=255) aCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCac > 1:1704142/1‑75 (MQ=255) aCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAg < 1:691908/76‑1 (MQ=255) aCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAg < 1:1356522/76‑1 (MQ=255) aCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAg < 1:2031657/76‑1 (MQ=255) cTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTTGGGGCGGCGGcccac > 2:5430078/1‑73 (MQ=255) cTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGAATGCTTACCGCGCGGGCCAgg > 2:1242696/1‑75 (MQ=255) 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aaTGCGCCACGCTAAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAGCAAAcc < 2:5689546/76‑1 (MQ=255) | TTTCAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATACGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAGCAAACC > REL606/2776214‑2776359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |