| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,278,072 | A→G | G39G (GGT→GGC) | fdhF ← | formate dehydrogenase‑H, selenopolypeptide subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,278,072 | 0 | A | G | 98.9% | 718.0 / ‑2.5 | 179 | G39G (GGT→GGC) | fdhF | formate dehydrogenase‑H, selenopolypeptide subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (119/58); total (121/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
TTTTCAGGCGCGGGGTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTACCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGATTTTG > REL606/4277999‑4278144 | tCAGGGGGGGGTTCAGAATCTGGTTA‑TCGTTAATGAAGCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtg < 1:5745171/76‑1 (MQ=255) tCAGGCGCGGGGTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtg > 1:2981403/1‑76 (MQ=255) tCAGGCGCGGGGTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtg > 1:661175/1‑76 (MQ=255) tCAGGCGCGGGGTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtg > 1:4733680/1‑76 (MQ=255) ccgggCGCGGGGTCGGGATTTGGGTA‑GTTTAAGGGAAGCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtg < 1:6302717/73‑1 (MQ=255) aGGCGCGGGGTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtggt > 1:2110990/1‑76 (MQ=255) aGGCGCGGGGTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtggt > 2:4671094/1‑76 (MQ=255) ggCGGGGGGTCAGGTTCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtggtt < 1:4479181/76‑1 (MQ=255) ggCGGGGGGGCGGGATCTGGTTA‑TCTTTAATAAAGCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtggtt < 1:518891/76‑1 (MQ=255) gggggggTCAGGCTCTGGGTT‑TTTTTAACGAAGCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtggttgg < 1:4915608/73‑1 (MQ=255) ggggTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGTAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGgtt > 2:3497828/1‑76 (MQ=255) ggTAAGGATGTGGGTA‑TCGTTAATGAAGCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTc < 2:3858311/76‑1 (MQ=255) gTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTcc > 2:1457705/1‑76 (MQ=255) tCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTccc > 1:2244791/1‑76 (MQ=255) cAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTcccc > 2:2514810/1‑76 (MQ=255) aGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCt > 2:794827/1‑76 (MQ=255) aGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCt > 1:265410/1‑76 (MQ=255) aGGATCGGGGTA‑TCGTAAATGACCCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCt < 1:1026170/76‑1 (MQ=255) tggtGGGTA‑TCTTTAATAAAGCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTgcg < 2:5574621/73‑1 (MQ=255) aTCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTgcg > 2:6169453/1‑76 (MQ=255) tCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTgcgc > 2:1064658/1‑76 (MQ=255) attGGGTATTCGTTAATGAACCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTgcg < 2:1341226/74‑1 (MQ=255) tGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTg > 1:2919450/1‑76 (MQ=255) ggTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGcc > 1:3006937/1‑76 (MQ=255) tA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTc > 1:4631952/1‑76 (MQ=255) tA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTc > 1:406032/1‑76 (MQ=255) a‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTcc > 2:3172045/1‑76 (MQ=255) tCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCg > 2:2796565/1‑76 (MQ=255) cGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGc > 1:4829610/1‑76 (MQ=255) tAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCg > 2:3389495/1‑76 (MQ=255) aaTGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCgg > 1:3229180/1‑76 (MQ=255) aTGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGa > 2:2931635/1‑76 (MQ=255) tGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGAc > 2:3491330/1‑76 (MQ=255) tGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGAc > 1:543347/1‑76 (MQ=255) gAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACg > 1:1195814/1‑76 (MQ=255) ccccAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGAttt < 2:5469805/75‑1 (MQ=255) ccccAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGAttt < 1:2796565/75‑1 (MQ=255) cccAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGAtttt > 2:690524/1‑76 (MQ=255) cccAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGAtttt > 1:5864853/1‑76 (MQ=255) cccAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGAtttt > 1:1771417/1‑76 (MQ=255) cccAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGGTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGAtttt > 1:2764589/1‑76 (MQ=255) ccAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTg > 1:1332786/1‑76 (MQ=255) aGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGcc < 2:114534/76‑1 (MQ=255) aGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGcc > 2:1726608/1‑76 (MQ=255) aGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGcc > 1:4238702/1‑76 (MQ=255) gCCATAATACCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCg < 2:889489/76‑1 (MQ=255) cATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGtt < 2:4327763/76‑1 (MQ=255) cATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGtt > 1:1862368/1‑76 (MQ=255) ataataACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTa > 1:4173399/1‑76 (MQ=255) taataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTAt > 1:5273432/1‑76 (MQ=255) taataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTAt > 1:967642/1‑76 (MQ=255) taataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTAt > 1:1373267/1‑76 (MQ=255) aatacCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATc < 2:1804066/76‑1 (MQ=255) aataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATc > 1:6123446/1‑76 (MQ=255) aataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATc > 2:843003/1‑76 (MQ=255) aataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATc > 1:2149425/1‑76 (MQ=255) ataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcg < 1:146749/76‑1 (MQ=255) ataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcg < 2:572137/76‑1 (MQ=255) ataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcg > 2:5198346/1‑76 (MQ=255) ataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcg < 2:4761956/76‑1 (MQ=255) taaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcga > 1:154488/1‑76 (MQ=255) taaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcga > 2:3712477/1‑76 (MQ=255) taaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcga < 1:14947/76‑1 (MQ=255) taaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcga > 1:2937463/1‑76 (MQ=255) aaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcgac < 1:4297513/76‑1 (MQ=255) aCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcgacg < 1:752844/76‑1 (MQ=255) aCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcgacg > 1:4555620/1‑76 (MQ=255) cTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGAcc > 1:1081188/1‑76 (MQ=255) ttCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCa < 2:2064218/76‑1 (MQ=255) ttCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCa > 1:5552938/1‑76 (MQ=255) tCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAg > 2:1273086/1‑76 (MQ=255) tCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAg < 1:6146508/76‑1 (MQ=255) tCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAg < 2:2324070/76‑1 (MQ=255) tCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAg < 2:424373/76‑1 (MQ=255) tCAGACACAGGGGGGCGTGGTTGGTTTTATCCTGCACTGACTACGTACGCACGATTTCGTCGTTCTCGGCGACCAg > 2:2641871/1‑76 (MQ=255) cAGACACAGGGTGCCCTGGTTGTTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAgg < 2:5929163/76‑1 (MQ=255) cAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAgg < 1:130545/76‑1 (MQ=255) cAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAgg > 2:1526331/1‑76 (MQ=255) cAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAgg < 1:5277303/76‑1 (MQ=255) cAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAgg > 2:4131803/1‑76 (MQ=255) cAGACACAGGGCGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGACCGGGCGATTTTGCCGTTCTCGACGCCCaag > 2:5867398/1‑74 (MQ=255) gACACGGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGtt < 2:6005321/76‑1 (MQ=255) gACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGtt < 1:6007378/76‑1 (MQ=255) acccaGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTg < 2:4509454/73‑1 (MQ=255) acacAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTg < 1:5857086/76‑1 (MQ=255) acacAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTg > 1:4658750/1‑76 (MQ=255) acacAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTg < 1:6276535/76‑1 (MQ=255) acacAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTg < 1:2417057/76‑1 (MQ=255) acaGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAt > 2:1763547/1‑76 (MQ=255) caGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAtt < 2:3588230/76‑1 (MQ=255) caGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAtt > 2:1038770/1‑76 (MQ=255) caGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAtt > 1:3577733/1‑76 (MQ=255) aGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAttt < 1:3684891/76‑1 (MQ=255) aGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAttt > 1:3636308/1‑76 (MQ=255) aGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAttt > 1:3313723/1‑76 (MQ=255) aGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAttt > 1:2516163/1‑76 (MQ=255) aGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAttt < 2:93856/76‑1 (MQ=255) gggTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAtttt < 1:4893656/76‑1 (MQ=255) gggTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAtttt > 2:3243419/1‑76 (MQ=255) ggTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGATTTTg > 1:5363898/1‑76 (MQ=255) | TTTTCAGGCGCGGGGTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTACCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGATTTTG > REL606/4277999‑4278144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |