| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 539,303 | A→G | C97R (TGC→CGC) | ECB_00490 ← | putative DNA N‑6‑adenine‑methyltransferase of bacteriophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 539,303 | 0 | A | G | 98.2% | 659.4 / 0.2 | 166 | C97R (TGC→CGC) | ECB_00490 | putative DNA N‑6‑adenine‑methyltransferase of bacteriophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/3); new base G (85/78); total (85/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
ATGCAGCCTCCCGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCAGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCACTGACGTGTTTCCCGGT > REL606/539228‑539375 | aGCCTCCCGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGCGGCGgtgt > 1:1015858/1‑76 (MQ=255) ccTCCCGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGgtgtgt > 1:5378456/1‑76 (MQ=255) ccTCCCGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGgtgtgt > 2:304695/1‑76 (MQ=255) ccTCCCGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGgggtgt > 1:3722271/1‑76 (MQ=255) cTCCCGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑a < 1:1679991/76‑1 (MQ=255) tCCCGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑Ac < 1:1209708/76‑1 (MQ=255) tCCCGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑Ac < 1:3615366/76‑1 (MQ=255) tCCCGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑Ac < 2:510037/76‑1 (MQ=255) cccGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACg > 2:985209/1‑76 (MQ=255) cccGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACg > 2:23538/1‑76 (MQ=255) cccGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACg > 1:1418917/1‑76 (MQ=255) cccGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACg < 2:5998726/76‑1 (MQ=255) ccGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACgg > 1:748695/1‑76 (MQ=255) ccGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGGGTGT‑ACgg > 2:2843233/1‑76 (MQ=255) aCGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACggggg > 1:3444114/1‑76 (MQ=255) aCGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACggggg > 1:1667189/1‑76 (MQ=255) cGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGt < 2:1929662/76‑1 (MQ=255) gggCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCACCTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTa < 1:813624/76‑1 (MQ=255) ggCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTAt < 1:2143609/76‑1 (MQ=255) gCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGGATg > 2:3799409/1‑76 (MQ=255) gCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGGATg > 2:2078530/1‑76 (MQ=255) gCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATAAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGGATg > 1:2486307/1‑76 (MQ=255) aaGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGGATggg > 2:3866418/1‑76 (MQ=255) aGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGt < 1:3210172/76‑1 (MQ=255) gAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTg < 2:1495869/76‑1 (MQ=255) aaTCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGGGc > 2:2892007/1‑76 (MQ=255) aTCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTggc > 1:5893717/1‑74 (MQ=255) aTCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGcc < 2:5199949/76‑1 (MQ=255) aTCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGGGTGT‑ACGGGGGGATGGGGGcc > 1:3220805/1‑76 (MQ=255) tCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCa < 2:2616044/76‑1 (MQ=255) tCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGGGTGG‑ACGGGGGGATGGGTGCCa > 1:1840771/1‑76 (MQ=255) ccTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAg > 1:449509/1‑76 (MQ=255) ccTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAg < 1:4962800/76‑1 (MQ=255) ccTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGGGCCAg > 2:5827217/1‑76 (MQ=255) ccTTGAGCCAAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAg < 1:4020319/76‑1 (MQ=255) ccTGGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAg < 2:63380/76‑1 (MQ=255) cTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGa < 1:691247/76‑1 (MQ=255) cTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGGGTGG‑ACGGGGGAATGGGTGCCAGa > 1:923396/1‑76 (MQ=255) ttGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGAt < 2:1076543/76‑1 (MQ=255) ttGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGAt < 1:1300904/76‑1 (MQ=255) gAGCCGAACAGCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATaa < 2:1503565/76‑1 (MQ=255) aGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAAt < 2:3444826/76‑1 (MQ=255) aGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAAt < 1:884387/76‑1 (MQ=255) aGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGGATGGGTGCCAGATAAt > 1:5047693/1‑76 (MQ=255) cGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATTAg > 2:5460118/1‑76 (MQ=255) cGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAg < 1:6295895/76‑1 (MQ=255) cGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGGGGGT‑ACGGGGGTATGGGGGCCAACTAATGAg > 2:4690006/1‑76 (MQ=255) aaCGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCa < 2:4361067/76‑1 (MQ=255) aaCGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGGATGGGTGCCAGATAATGAGcc > 2:2354224/1‑75 (MQ=255) aaCGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGAGGGGATGGGTTCCAGATAAAGAGCa > 2:162259/1‑76 (MQ=255) aCGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCAt > 1:2196226/1‑76 (MQ=255) aCGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCAt < 1:4113602/76‑1 (MQ=255) gCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCg < 1:3804261/76‑1 (MQ=255) gCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGCGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCg > 1:5127554/1‑76 (MQ=255) ccATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGa < 2:5716197/76‑1 (MQ=255) ccATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGa > 2:1251662/1‑76 (MQ=255) ccATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGGATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGa > 1:502113/1‑76 (MQ=255) ccATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGGGT‑ACGGGGGGATGGGTGCCAGGTAATGAGCACCgg > 2:1397644/1‑75 (MQ=255) cATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAg < 2:3674678/76‑1 (MQ=255) cATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAg < 2:6159046/76‑1 (MQ=255) cATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAg < 1:5647194/76‑1 (MQ=255) cATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGGATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAg > 2:857337/1‑76 (MQ=255) cATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGGATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAg > 2:4756947/1‑76 (MQ=255) cAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCt > 1:6270235/1‑76 (MQ=255) cAACTATCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGGGT‑ACGGGGGTATGGGGGCCAGATGATAGGCATCGAGCCt > 2:6286133/1‑76 (MQ=255) aaCTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGTAACGGGGGCA‑GGGGGCCAGATAATCAACATCCAGcgct > 2:2441984/1‑73 (MQ=255) aaCTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGGCAGATAATAAGCACCGAGCCtt > 2:3730347/1‑76 (MQ=255) aaCTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCtt > 1:2314745/1‑76 (MQ=255) aaCTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCtt > 2:226338/1‑76 (MQ=255) aCTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCttt < 1:3352235/76‑1 (MQ=255) aCTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCttt < 2:3313816/76‑1 (MQ=255) ctctCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTtta < 2:2516637/76‑1 (MQ=255) tctcCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTttat > 1:532419/1‑76 (MQ=255) ctcCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTttatt < 1:1480874/76‑1 (MQ=255) ctcCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGGGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTttatt > 1:113933/1‑76 (MQ=255) ctcCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGGATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTttatt > 1:3379710/1‑76 (MQ=255) tcCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTttatta < 2:417443/76‑1 (MQ=255) tcCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTttatta > 1:4235356/1‑76 (MQ=255) ccACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTtattat > 1:4952996/1‑76 (MQ=255) ccACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTtattat < 2:1895425/76‑1 (MQ=255) cGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTc < 1:1615699/76‑1 (MQ=255) cGATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGGGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTc > 1:5053062/1‑76 (MQ=255) gATCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGGATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTcc > 1:3749123/1‑76 (MQ=255) aTCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCa < 1:2614277/76‑1 (MQ=255) aTCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCa < 1:981726/76‑1 (MQ=255) aTCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCa < 2:4620678/76‑1 (MQ=255) aTCAACGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGGGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTTCa > 1:2894550/1‑76 (MQ=255) aaCGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCACTg < 1:595464/76‑1 (MQ=255) aCGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTTCACTGa > 2:4076460/1‑76 (MQ=255) aCGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCACTGa < 2:4291151/76‑1 (MQ=255) cGGTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCACTGAc > 1:3193022/1‑76 (MQ=255) gTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCCTTATTATTTCCACTGACgt > 2:5252899/1‑76 (MQ=255) gTCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGGATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCACTGACgt > 2:905515/1‑76 (MQ=255) tCGTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCACTGACgtg < 2:3417665/76‑1 (MQ=255) gTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCACTGACGTGtt > 2:5676460/1‑76 (MQ=255) gTAAAGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGGATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCACTGACGTGtt > 2:964516/1‑76 (MQ=255) aaaGTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGGATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCACTGACGTGTTTc > 2:6159913/1‑76 (MQ=255) gTGGCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCACTGACGTGTTTCCCg > 1:3207581/1‑76 (MQ=255) ggCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCACTGACGTGTTTCCCGGt < 1:3719058/76‑1 (MQ=255) ggCGGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCACTGACGTGTTTCCCGGt > 1:2677930/1‑76 (MQ=255) | ATGCAGCCTCCCGACGGGCAAGAATCCTTGAGCCGAACGCCATCAACTCTCCACGATCAACGGTCGTAAAGTGGCAGTGTGT‑ACGGGGGTATGGGTGCCAGATAATGAGCATCGAGCCTTTATTATTTCCACTGACGTGTTTCCCGGT > REL606/539228‑539375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |