| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,164,589 | C→T | A1245V (GCG→GTG) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,164,589 | 0 | C | T | 98.6% | 245.3 / NA | 72 | A1245V (GCG→GTG) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (38/33); minor base A (0/1); total (38/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCA > REL606/4164517‑4164658 | tCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAGCAGAACCACCAGGTCGACGACAGGATNCAcgtgcg > 2:338206/1‑76 (MQ=255) cGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACCGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCa > 1:1701187/1‑76 (MQ=255) gTCCGGTAACCGTTNGTTACATGTGCATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCAc > 1:2041/1‑76 (MQ=255) gTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCAc > 2:267208/1‑76 (MQ=255) cGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCgg > 1:1246992/1‑76 (MQ=255) tAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTc < 2:98285/76‑1 (MQ=255) aaCCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACGACCTGGNCGACGACAAGATGCACGTNCGNTCCACCGGTTCt > 1:1670847/1‑76 (MQ=255) cGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTAc < 2:1333552/76‑1 (MQ=255) cGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTAc > 1:601650/1‑76 (MQ=255) cGTTGGTTACATGTACAGGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTAc > 1:2023000/1‑76 (MQ=255) gTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACa < 1:1820202/76‑1 (MQ=255) tGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGc > 1:1055735/1‑76 (MQ=255) tGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGc > 2:568245/1‑76 (MQ=255) ttACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTg > 1:1094687/1‑76 (MQ=255) ttACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTg < 1:937096/76‑1 (MQ=255) tacatgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTgg > 1:1337674/1‑76 (MQ=255) tacatgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTgg > 1:1200333/1‑76 (MQ=255) acatgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGt > 2:1003179/1‑76 (MQ=255) acatgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGt > 2:1862558/1‑76 (MQ=255) catgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGtt < 2:1593110/76‑1 (MQ=255) catgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGtt > 2:774947/1‑76 (MQ=255) catgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCAACGGTTCTTACAGCCTGGtt < 1:1722234/76‑1 (MQ=255) atgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTa > 2:1214741/1‑76 (MQ=255) tgtacatgCTTAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTAc > 1:1921321/1‑76 (MQ=255) gtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTNGACGACAAAATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACt > 1:1785554/1‑76 (MQ=255) tacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTc < 2:1908998/76‑1 (MQ=255) acatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTca < 2:1283594/76‑1 (MQ=255) acatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGAGCGTTCCACCGGTTCTTACAGACTGGATACCca < 1:1863322/76‑1 (MQ=255) atgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTcagc < 2:155590/76‑1 (MQ=255) atgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTcagc < 2:503810/76‑1 (MQ=255) atgCTGAAACTGAACCACCTCGTCGACGACAAGATTCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTcagc < 2:1615872/76‑1 (MQ=255) tgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTcagca > 2:1274701/1‑76 (MQ=255) tgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTcagca > 1:908907/1‑76 (MQ=255) cTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCagcagc < 1:204874/76‑1 (MQ=255) gAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACATCCTGGTTACTCAGCAGCCg < 1:1739258/76‑1 (MQ=255) gAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCg > 2:950640/1‑76 (MQ=255) gAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTAGTTACTCAGCAGCCg > 1:1678479/1‑76 (MQ=255) gAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGAGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTAAGCAGCCg > 2:577104/1‑76 (MQ=255) aaCTGAACCCCCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCt < 2:965017/76‑1 (MQ=255) aCTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTg < 2:1171811/76‑1 (MQ=255) cTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTgg > 2:728916/1‑76 (MQ=255) tGAACCACNTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACACCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTggg > 1:1966337/1‑76 (MQ=255) tGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTggg > 1:1537353/1‑76 (MQ=255) tGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTggg > 2:1804364/1‑76 (MQ=255) gAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTgggg > 2:1542613/1‑75 (MQ=255) gAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggt > 1:211876/1‑76 (MQ=255) accaccTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtgg < 2:875994/76‑1 (MQ=255) ccaccTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtggt < 1:933404/76‑1 (MQ=255) acnTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGANaa < 2:1660396/76‑1 (MQ=255) ncTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGGGGTAAg > 1:344897/2‑76 (MQ=255) cTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCATCCGCTGGGCGGAAAgg > 1:43194/1‑76 (MQ=255) cTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAgg < 1:582799/76‑1 (MQ=255) ggTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGca > 1:1559355/1‑76 (MQ=255) gTCGCCGACAAGAGGCACTTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcac < 2:362912/76‑1 (MQ=255) gTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcac < 2:362931/76‑1 (MQ=255) gTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcac < 2:1587490/76‑1 (MQ=255) gTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcac < 1:338207/76‑1 (MQ=255) gcgacgaCAAGATGCCCGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcaca < 1:579940/75‑1 (MQ=255) cgacgaCAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAg < 1:1103299/76‑1 (MQ=255) gacgacAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGt > 1:400159/1‑76 (MQ=255) acgacAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGtt < 2:1715149/76‑1 (MQ=255) acgacAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGtt > 1:1503662/1‑76 (MQ=255) cggcAAGCTGCACGGGCGGTCCACCGGTTCTTACAGCATGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTc < 2:24272/73‑1 (MQ=255) cgacAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTc > 1:520379/1‑76 (MQ=255) cgacAAGATGCACCTGCGTTNCACCGGTTCGTACAGNCTGGTTACTCAGCTGACGCTGCGTGGTAAGGCACAGTTc < 2:2017221/76‑1 (MQ=255) acAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCgg > 2:1358636/1‑76 (MQ=255) acAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCgg > 1:1460217/1‑76 (MQ=255) aaGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCggtg < 1:231424/76‑1 (MQ=255) gATGCACGTGCGTTNCACCGGTTCATACAGCCTGGTACCTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCggtgtc > 1:4257/1‑74 (MQ=255) aTGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTc < 2:1778858/76‑1 (MQ=255) aTGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTc < 2:555117/76‑1 (MQ=255) tGCACGTGGGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCa < 2:368705/76‑1 (MQ=255) tGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCa < 1:1358637/76‑1 (MQ=255) tGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCa < 2:1151448/76‑1 (MQ=255) tGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCa < 1:1544908/76‑1 (MQ=255) | TCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCA > REL606/4164517‑4164658 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |