| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 3,531,050 | C→T | R140H (CGT→CAT) | rpoH ← | RNA polymerase sigma factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 3,531,050 | 0 | C | T | 98.5% | 1342.6 / 4.6 | 331 | R140H (CGT→CAT) | rpoH | RNA polymerase sigma factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/3); new base T (171/155); total (173/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
GGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGGACGT > REL606/3530977‑3531122 | gTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCa > 2:4900956/1‑76 (MQ=255) ttACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAg > 1:7590913/1‑76 (MQ=255) tACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAgg > 2:6324049/1‑76 (MQ=255) aCGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGt > 2:5797340/1‑76 (MQ=255) gCCGAGTTCATGGGCCACCATTTCGACTCCATCTTGGTTACACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTg < 1:1193835/76‑1 (MQ=255) gCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTg < 2:5061195/76‑1 (MQ=255) cccAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTga > 2:4248257/1‑76 (MQ=255) ccAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTgaa < 1:2327703/76‑1 (MQ=255) ccAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTgaa < 1:363368/76‑1 (MQ=255) cAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTgaag > 1:1374354/1‑76 (MQ=255) cAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTgaag < 2:6976018/76‑1 (MQ=255) cAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTCCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTgaag < 1:6121517/76‑1 (MQ=255) atctCAGGGCCCGCCATTCCGACTTCATCCTGCTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTgaaga < 1:1552071/73‑1 (MQ=255) aGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTgaaga < 2:8045174/76‑1 (MQ=255) gTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTgaagaa < 1:3886120/76‑1 (MQ=255) ttCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAAc > 2:2324730/1‑76 (MQ=255) cACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAg > 1:7853503/1‑76 (MQ=255) cACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAg > 1:6426550/1‑76 (MQ=255) cACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAg > 2:2475372/1‑76 (MQ=255) cGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGtt < 1:7007247/76‑1 (MQ=255) cGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGtt < 1:8925971/76‑1 (MQ=255) cGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGtt < 2:8362854/76‑1 (MQ=255) cGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGtt > 2:6833913/1‑76 (MQ=255) ggCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtg < 1:8784715/76‑1 (MQ=255) ggCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtg < 1:5743743/76‑1 (MQ=255) ccaccaTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcg > 2:1080459/1‑76 (MQ=255) accaTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgct < 2:8179755/76‑1 (MQ=255) ccaTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgctg < 1:3195107/76‑1 (MQ=255) caTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgctgc > 1:8483599/1‑76 (MQ=255) aTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgctgcg > 2:5274714/1‑76 (MQ=255) aTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgctgcg < 2:1724509/76‑1 (MQ=255) aTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgctgcg < 2:7887958/76‑1 (MQ=255) aTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgctgcg < 1:3085039/76‑1 (MQ=255) aTTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTtgcgctgcg < 1:3293009/76‑1 (MQ=255) ttCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTgcgctgcgct > 2:1189366/1‑76 (MQ=255) tCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCtt > 2:2177863/1‑76 (MQ=255) cGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCttt < 2:4621464/76‑1 (MQ=255) cGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGATTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCttt > 1:3368729/1‑76 (MQ=255) aCTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTtgg > 1:5916642/1‑76 (MQ=255) cTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTtggt > 2:2802134/1‑76 (MQ=255) ttCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTtggtg > 2:5732294/1‑76 (MQ=255) tCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTtggtgg > 2:3672951/1‑76 (MQ=255) tCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTtggtgg > 1:4377077/1‑76 (MQ=255) cATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTggtggt > 1:1140080/1‑76 (MQ=255) cATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTggtggt > 1:2147883/1‑76 (MQ=255) cATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTggtggt > 1:6866666/1‑76 (MQ=255) ttCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTc < 2:7497567/75‑1 (MQ=255) aTCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTc < 1:5834792/76‑1 (MQ=255) aTCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGATGCGCTTTGGTGGTc > 2:8784238/1‑76 (MQ=255) tCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCg < 2:2639581/76‑1 (MQ=255) tCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCg > 2:2010641/1‑76 (MQ=255) ccTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGc > 2:8922449/1‑76 (MQ=255) cTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCa > 1:8342529/1‑76 (MQ=255) cTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCa > 2:8574654/1‑76 (MQ=255) cTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGCGGTCGCa > 2:1542317/1‑76 (MQ=255) tGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCaa > 2:2442379/1‑76 (MQ=255) tGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCaa < 2:1908086/76‑1 (MQ=255) tGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCaa > 2:3178989/1‑76 (MQ=255) ggTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAAc < 2:7281826/76‑1 (MQ=255) ggTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAAc > 1:6556349/1‑76 (MQ=255) gTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACt > 2:397300/1‑76 (MQ=255) tAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACttt > 1:5216289/1‑76 (MQ=255) aaaCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTg > 2:6935431/1‑76 (MQ=255) aaaCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTg < 2:5396606/76‑1 (MQ=255) aaaCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTg > 2:3819533/1‑76 (MQ=255) aaaCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTg > 1:7713175/1‑76 (MQ=255) aaCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGa < 1:1671305/76‑1 (MQ=255) aaCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGa > 2:3096830/1‑76 (MQ=255) aaCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGa > 2:8474601/1‑76 (MQ=255) aCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGAc < 2:8432377/76‑1 (MQ=255) aCCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGAc > 2:3468456/1‑76 (MQ=255) cgCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGAt < 2:446423/75‑1 (MQ=255) aGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGAt < 2:5936913/76‑1 (MQ=255) aGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGAt < 2:6696836/76‑1 (MQ=255) gCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATa < 1:4993267/76‑1 (MQ=255) gCCCAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATa < 1:1977528/76‑1 (MQ=255) cAGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGc > 1:3582727/1‑76 (MQ=255) aGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGcc > 2:8641074/1‑76 (MQ=255) aGACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGcc < 1:2769787/76‑1 (MQ=255) gACGCTGCTTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCa < 1:188470/76‑1 (MQ=255) ctgctTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTa < 2:392474/76‑1 (MQ=255) ctgctTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTa < 2:6044045/76‑1 (MQ=255) gctTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACg < 2:5835224/76‑1 (MQ=255) ctTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGc > 1:8134437/1‑76 (MQ=255) ctTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGc < 1:2564174/76‑1 (MQ=255) ctTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGc > 1:2260620/1‑76 (MQ=255) ctTGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGc > 2:6201108/1‑76 (MQ=255) ttGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTTGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCa < 1:8654091/76‑1 (MQ=255) ttGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCa > 2:7432453/1‑76 (MQ=255) ttGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCa < 1:4547406/76‑1 (MQ=255) ttGGTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCa < 1:6279812/76‑1 (MQ=255) ggTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGAc < 2:1355720/57‑1 (MQ=255) ggTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAgg > 2:5602154/1‑76 (MQ=255) ggTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAgg < 1:5571125/76‑1 (MQ=255) ggTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAgg < 2:3023302/76‑1 (MQ=255) gTTTTATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGGa < 1:8072913/76‑1 (MQ=255) ttttATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGGAc < 1:6163846/76‑1 (MQ=255) tttATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGGACg > 1:2461388/1‑76 (MQ=255) tttATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGGACg > 2:4384344/1‑76 (MQ=255) ttATGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGGACGt > 1:1003878/1‑76 (MQ=255) | GGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGATACGCCAGTTACGCAGGACGT > REL606/3530977‑3531122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |