| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 309 (1.290) | 116/144 | 0.0 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 284 (1.190) | 112/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Only 100 of 405 total aligned reads displayed.
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772931‑2772854‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAAC < REL606/4524527‑4524453 GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:690997/76‑1GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:5239251/76‑1GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:5420652/76‑1GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:1602118/76‑1GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:5012340/76‑1GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:4130257/76‑1GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:3072281/1‑76GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATAACACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:7846537/76‑1 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:4661219/1‑76 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:1523881/76‑1 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:2414035/1‑76 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:3929640/76‑1 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:3342427/1‑76 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:1454038/1‑76 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:6714239/1‑76 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:2531983/76‑1 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:7473467/76‑1 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGGACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:1014327/76‑1 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:1380685/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:6113506/76‑1 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:5940519/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:5855089/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:5656505/76‑1 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:912211/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:103490/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:7029248/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:4830573/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:854604/76‑1 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 2:3940154/1‑76 ATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT > 2:3250162/1‑76 ATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT > 2:669446/1‑76 CGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG < 1:7034331/76‑1 GTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC > 2:7231558/1‑76 GTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC > 2:2737789/1‑76 TGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG > 1:6328276/1‑76 TGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG > 2:8088307/1‑76 AGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC > 1:2348517/1‑76 GTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC > 1:3779135/1‑76 GTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCC > 2:4471190/1‑76 AATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG > 1:5906065/1‑76 TCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTG > 1:5239366/1‑76 CATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC > 2:5696709/1‑76 CGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAA < 1:7743626/76‑1 GCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT < 2:5106079/76‑1 GCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT > 2:2897387/1‑76 CACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGGCCCGGTTGCAAAAT‑A > 1:1744782/1‑76 TTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGC > 2:3809513/1‑76 TTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGC > 1:7406903/1‑76 TAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCG > 2:3001894/1‑76 TCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTG < 2:2571626/76‑1 CATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGG < 1:4041055/76‑1 TATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAA > 2:2166380/1‑76 ATCAGGCGTAATACCACAACCC‑TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGGTGCAAAATAAACGCCCCTGGAcg > 2:4670720/1‑74 CAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGG > 1:5143357/1‑76 AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGA > 2:5854839/1‑76 GCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAAT > 1:4312159/1‑76 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATG > 2:2029865/1‑76 GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGG < 1:1853571/76‑1 TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGT < 1:827628/76‑1 TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGT > 1:6386309/1‑76 TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGT > 1:4911685/1‑76 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTA > 1:2092400/1‑76 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTA > 1:1586999/1‑76 AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTA < 2:3405673/76‑1 ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT > 2:78932/1‑76 ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT > 2:5994981/1‑76 ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT > 2:4178709/1‑76 ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT < 1:6247976/76‑1 TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATT < 2:6233984/76‑1 TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATT < 1:8124062/76‑1 CCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGG < 2:5547994/76‑1 ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTT < 2:6479112/76‑1 ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTT < 2:180892/76‑1 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTC > 2:7402989/1‑76 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTC < 1:2185904/76‑1 CAACCCGTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTC < 2:3699184/76‑1 AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGCACGGAATGGTATTGGTTCC > 1:5564544/1‑76 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTT > 2:4949135/1‑76 CTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTA > 2:6953931/1‑76 CTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTA < 2:3169953/76‑1 TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTAT > 2:2494535/1‑76 TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGGTCCGTTAT > 1:1101179/1‑76 TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATT < 2:4060123/76‑1 TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATT < 1:1296539/76‑1 TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATT < 1:2977107/76‑1 AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTC < 2:3605226/76‑1 GTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAG > 1:3170752/1‑76 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TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTG > 2:1310640/1‑76 TGGGTTGCGGCCCCAGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTG < 1:4552998/76‑1 GTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAAC > 2:6123727/1‑76 GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772931‑2772854‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT‑AACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAAC < REL606/4524527‑4524453 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |