| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 242,440 | A→T | intergenic (+58/‑373) | ECB_00212 → / → yhhI | hypothetical protein/predicted transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 242,440 | 0 | A | T | 95.8% | 736.2 / 11.4 | 190 | intergenic (+58/‑373) | ECB_00212/yhhI | hypothetical protein/predicted transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/6); new base T (110/71); total (113/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.44e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
CGAATTGCATCAATGAAAAATATAGTTAAATAGAGGAGGTTATTAATAGCAGGAAAAGCATCACGTGATGCTGATTTTTTGCACTAAATAATTCGCGCTAATGTTCAATAGTTAATATATCCCTCATCAGGGAAAGATCACCGGTG > REL606/242367‑242512 | cGAATTGCATCAATGAAAAATATAGTTAAATAGAGGAGGTTATTAATAGCAGGAAAAGCATCACGTGATGCTGttt < 2:3158755/76‑1 (MQ=255) aaTTGCATCAATGAAAAATATAGTTAAATAGAGGAGGTTATTAATAGCAGGAAAAGCATCACGTGATGCTGTtttt > 1:4482525/1‑76 (MQ=255) ttGCATCAATGAAAAATATAGTTAAATAGAGGAGGTTATTAATAGCAGGAAAAGCATCACGTGATGCTGTtttttt < 2:6878065/76‑1 (MQ=255) ttGCATCAATGAAAAATATAGTTAAATAGAGGAGGTTATTAATAGCAGGAAAAGCATCACGTGATGCTGTtttttt > 2:7532412/1‑76 (MQ=255) ttGCATCAATGAAAAATATAGTTAAATAGAGGAGGTGATTAATAGCAGGAAAAGCATCACGTGATGCTGTtttttt > 1:6831217/1‑76 (MQ=255) tGCATCAATGAAAAATATAGTTAAATAGAGGAGGTTATTAATAGCAGGAAAAGCATCACGTGATGCTGTTTTTTTg < 1:4533155/76‑1 (MQ=255) tGCATCAATGAAAAATATAGTTAAATAGAGGAGGTTATTAATAGCAGGAAAAGCATCACGTGATGCTGTTTTTTTg > 2:700652/1‑76 (MQ=255) tCAATGAAAAATATAGTTAAATAGAGGAGGTTATTAATAGCAGGAAAAGCATCACGTGATGCTGTTTTTTTGCACt < 2:273984/76‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |