| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 43 (1.180) | 38/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 46 (1.260) | 43/144 | 0.0 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
ATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGG > REL606/4524448‑4524593 | gaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggcc < 1:910347‑M2/2‑1 (MQ=255)gaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggcc > 2:633699‑M2/75‑76 (MQ=255)aTTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGcc < 2:759998/76‑1 (MQ=255) ttAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGc < 1:439494/76‑1 (MQ=255) ggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcggttatgggCCGc < 2:324924‑M2/4‑1 (MQ=255) catcgtcttaacgaggcaccgaggcgttgcaatcntcagctgnctnaanccttcagtcagcgcttatgggCCGCaa > 1:1055155‑M2/71‑76 (MQ=255) catcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCaa < 1:662695‑M2/6‑1 (MQ=255) atcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAc > 1:310674‑M2/70‑76 (MQ=255) tcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcc < 2:354772‑M2/8‑1 (MQ=255) cAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCACccca < 1:288451‑M2/76‑5 (MQ=255) cAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccca < 1:948051‑M2/76‑5 (MQ=255) cttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCgg < 2:830278‑M2/12‑1 (MQ=255) cttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCgg > 1:974813‑M2/65‑76 (MQ=255) taacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt < 2:272583‑M2/14‑1 (MQ=255) aacaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataag > 1:879623‑M2/1‑68 (MQ=255) aacaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataag > 2:934086‑M2/1‑68 (MQ=255) acaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagc > 2:764885‑M2/1‑67 (MQ=255) aacgaggcaccgaggcgtcgcattcttccgatggttcaacacttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtg > 2:757676‑M2/62‑76 (MQ=255) cancCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGAGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcgcataancg > 2:992439‑M2/1‑66 (MQ=255) cgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcacttatgggCCGCAACCCCGGGtgct > 1:194192‑M2/60‑76 (MQ=255) aacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgc < 2:658744‑M2/76‑12 (MQ=255) aacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgc < 2:29156‑M2/76‑12 (MQ=255) ggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCTCAACCCGGGGTgctgct < 1:98768‑M2/20‑1 (MQ=255) ccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccatcagcgctaa < 1:225742‑M2/76‑15 (MQ=255) tGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaact < 2:227129‑M2/76‑17 (MQ=255) caccgaggcgtctcattctacagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTaa < 2:26958‑M2/22‑1 (MQ=255) caccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTaa < 2:506636‑M2/22‑1 (MQ=255) ccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATg < 1:819686‑M2/24‑1 (MQ=255) gaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCg > 2:668081‑M2/51‑76 (MQ=255) aaCGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagg < 2:641081‑M2/76‑22 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 1:370779‑M2/29‑1 (MQ=255) ggAACCAANACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagtgtt < 1:1159108‑M2/76‑25 (MQ=255) gtngcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAGGCGGGNGc < 2:996250‑M2/31‑1 (MQ=255) tcgcattcttcagatggttcaacccttaatttagcgctaatgggCCGACACCCCGGGTGCTGCTAATTCGGATGCg > 1:1173358‑M2/45‑76 (MQ=255) aCCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtg > 2:1105798‑M2/1‑49 (MQ=255) cattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAcc > 2:909255‑M2/42‑76 (MQ=255) cattcttcagatggttcaacccctaagttagcgcttatgggCCGCAACCTCGGGGGCTGCTAATGCGGATGCGGcc > 2:248394‑M2/42‑76 (MQ=255) cAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggt < 2:1049312‑M2/76‑30 (MQ=255) cAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggt > 2:271222‑M2/1‑47 (MQ=255) attcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGGTGCTAATGCGGATGCGACCt > 1:1208899‑M2/41‑76 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 2:323267‑M2/37‑1 (MQ=255) cttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCa < 1:736943‑M2/39‑1 (MQ=255) tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAg < 1:918729‑M2/41‑1 (MQ=255) cATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacg < 1:350012‑M2/76‑36 (MQ=255) cATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGCGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacg < 2:480171‑M2/76‑36 (MQ=255) cagatggtttaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAgg > 1:95644‑M2/35‑76 (MQ=255) ttCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcc < 1:222586‑M2/76‑38 (MQ=255) gatggttcaacccttaagttagcgcttctggcCCNCAACGCCNGGNGCNGCTATTGCAGATGCGACCTTCAAGGtt > 1:1050059‑M2/33‑76 (MQ=255) tggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCa < 1:313527‑M2/46‑1 (MQ=255) gTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagtgttgtggtattacgcctgat > 2:66837‑M2/1‑35 (MQ=255) gTTCCAGGCGCGTTAATTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgat < 2:105296‑M2/76‑42 (MQ=255) ttCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgata < 1:928134‑M2/76‑43 (MQ=255) gttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGt > 1:537190‑M2/29‑76 (MQ=255) tcaaccctnaaggtagcgcttattggCGGCAACTTGGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTAt < 2:198089‑M2/50‑1 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCGGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg < 1:1075307‑M2/76‑45 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg > 2:147391‑M2/1‑32 (MQ=255) ggCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattactcctgatatgatt > 2:89936‑M2/1‑29 (MQ=255) cccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAAt < 1:758533‑M2/54‑1 (MQ=255) cgcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattta > 2:669672‑M2/1‑27 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc < 1:559428‑M2/57‑1 (MQ=255) ttaaattagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc > 2:295341‑M2/20‑76 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg > 1:576322‑M2/1‑24 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg < 2:610994‑M2/76‑53 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATANATAACCt < 2:982771‑M2/59‑1 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaatggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg > 2:225742‑M2/1‑22 (MQ=255) agttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTa > 1:841403‑M2/17‑76 (MQ=255) gttagcgcttatgggCCGCAACCCCTGGGGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAc < 1:190709‑M2/61‑1 (MQ=255) ttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTACGTATCAATAACCTAcc > 2:663100‑M2/15‑76 (MQ=255) tttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccg > 1:734536‑M2/1‑19 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAccc < 1:317373‑M2/63‑1 (MQ=255) agcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCTAGGTTCAGTATCAATAAACTACTCa > 2:551111‑M2/13‑76 (MQ=255) cgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCagt < 1:211110‑M2/66‑2 (MQ=255) cgcttatgggCAGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCGAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAgg > 1:68264‑M2/11‑76 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga < 1:982169‑M2/76‑62 (MQ=255) cttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGtt < 2:707896‑M2/68‑1 (MQ=255) aaCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaa > 1:481083‑M2/1‑14 (MQ=255) aaCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgcggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaa < 2:538217‑M2/76‑63 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc > 1:939701‑M2/8‑76 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc < 1:689785‑M2/69‑1 (MQ=255) aCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaat < 1:641588‑M2/76‑64 (MQ=255) aCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaat < 2:681963‑M2/76‑64 (MQ=255) aaggggccGCAAcccataagcgctaactgaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatt > 1:182814‑M2/3‑12 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta < 1:708717‑M2/76‑66 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta > 2:662141‑M2/1‑11 (MQ=255) atgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAg > 2:349724‑M2/6‑76 (MQ=255) ggggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattac > 2:503706‑M2/1‑10 (MQ=255) | ATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGG > REL606/4524448‑4524593 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |