Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 1,332,157 | A→G | intergenic (+140/‑70) | topA → / → cysB | DNA topoisomerase I/DNA‑binding transcriptional dual regulator, O‑acetyl‑L‑serine‑binding |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,332,157 | 0 | A | G | 96.7% | 968.2 / 9.8 | 241 | intergenic (+140/‑70) | topA/cysB | DNA topoisomerase I/DNA‑binding transcriptional dual regulator, O‑acetyl‑L‑serine‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/5); new base G (159/74); total (162/79) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
TTTTTTCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAATCGTATTAGTCACCCGCCAGGTGTGACGAAAAAACGATGTTCTGATGGCGTCTAAGTGGATGGTTTAACATG > REL606/1332084‑1332229 | ttttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTc > 1:1739531/1‑76 (MQ=255) tttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCg > 1:6978444/1‑76 (MQ=255) tttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCg > 1:3047438/1‑76 (MQ=255) tttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCg > 1:1928205/1‑76 (MQ=255) ttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGt > 1:6946824/1‑76 (MQ=255) ttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGt > 1:2357258/1‑76 (MQ=255) ttttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGt > 2:7393967/1‑76 (MQ=255) tttCTTCACACCTATACACTAAGGCTATAAATGATATAGTGGTTATAGTTAGCACCTTTTTTATTATTAAGTCGTa > 1:6393171/1‑76 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |