| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,014,635 | (T)7→8 | intergenic (‑32/‑324) | ssuE ← / → ycbQ | NAD(P)H‑dependent FMN reductase/predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,014,628 | 1 | . | T | 95.0% | 624.4 / 21.3 | 160 | intergenic (‑25/‑331) | ssuE/ycbQ | NAD(P)H‑dependent FMN reductase/predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/1); new base T (74/78); total (81/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
GCTGGAGCGAGAAGGAAAGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTC‑TTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATAAATTTTGTG > REL606/1014553‑1014702 | cTGGAGCGAGAAGGAAAGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTC‑t > 2:3357671/1‑76 (MQ=255) ggAGCGAGAAGGAAAGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTC‑ttt > 2:2868666/1‑76 (MQ=255) aGCGAGAAGGAAAGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTC‑ttttt < 1:818879/76‑1 (MQ=255) aGCGAGAAGGAAAGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATAATCTCTCCTTATAACCAATTGTTC‑ttttt < 1:4636730/76‑1 (MQ=255) cGAGAAGGAAAGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTC‑ttttttt > 2:2659589/1‑76 (MQ=255) gagaAGGAAAGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTC‑tttttttt > 2:877340/1‑75 (MQ=255) gagaAGGAAAGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTC‑tttttttt > 2:2565472/1‑75 (MQ=255) agaAGGAAAGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTC‑ttttttttg < 1:2942971/76‑3 (MQ=255) agaAGGAAAGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTC‑ttttttttg > 1:1139939/1‑74 (MQ=255) ggAAAGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTaa < 1:3986136/76‑1 (MQ=255) gAAAGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAAc < 2:2161966/76‑1 (MQ=255) gAAAGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAAc < 1:3827128/76‑1 (MQ=255) aaaGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACa < 2:4995617/76‑1 (MQ=255) aaaGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACa < 1:1910710/76‑1 (MQ=255) aaaGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACa > 2:3201784/1‑76 (MQ=255) aaaGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACa < 2:3451403/76‑1 (MQ=255) aaGCGAGGCCTACCCGCCAGGGTGATGCCCCGCAT‑CCCCCCCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACAtt < 2:4712553/76‑1 (MQ=255) aaGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACAt < 1:3523543/76‑1 (MQ=255) aaGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACAt > 2:187304/1‑76 (MQ=255) gCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTg < 1:3184055/76‑1 (MQ=255) cGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGa < 2:372108/76‑1 (MQ=255) gAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGAt > 1:147372/1‑76 (MQ=255) gAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGAt < 1:1853537/76‑1 (MQ=255) aGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATa < 1:1512746/76‑1 (MQ=255) aGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTC‑TTTTTTTGTTAACATTGATaa > 2:3968942/1‑76 (MQ=255) ggACGACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATaa < 1:1551004/76‑1 (MQ=255) gACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAAc < 1:275083/76‑1 (MQ=255) gACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAAc < 2:3300438/76‑1 (MQ=255) gACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAAc < 1:3329410/76‑1 (MQ=255) aCTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACa < 2:1023078/76‑1 (MQ=255) cTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACaa > 1:1100778/1‑76 (MQ=255) cTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACaa > 1:1942447/1‑76 (MQ=255) tACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAAt > 1:1666321/1‑76 (MQ=255) aCCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAAtt > 2:4376903/1‑76 (MQ=255) cccGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTC‑TTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCg < 2:1673083/76‑1 (MQ=255) cGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCgg > 1:2452900/1‑76 (MQ=255) ccAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTc < 2:1417957/76‑1 (MQ=255) cAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCa < 2:2406147/76‑1 (MQ=255) cAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCa < 2:4565739/76‑1 (MQ=255) aGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAg > 2:647755/1‑76 (MQ=255) aGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAg > 1:1454970/1‑76 (MQ=255) aGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAg < 1:2506409/76‑1 (MQ=255) gTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCt < 2:54353/76‑1 (MQ=255) atgaCACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTc > 1:382270/1‑76 (MQ=255) atgaCACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTc > 1:1592258/1‑76 (MQ=255) gaCACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCgg < 2:3007474/76‑1 (MQ=255) acacGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGga > 2:3595491/1‑76 (MQ=255) acacGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGga > 2:3882867/1‑76 (MQ=255) cGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGgagag < 1:411000/76‑1 (MQ=255) cGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGgagag < 1:4144818/76‑1 (MQ=255) cATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGAc > 2:4478194/1‑76 (MQ=255) cATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGAc > 1:4927282/1‑76 (MQ=255) cATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGAc > 2:3834114/1‑76 (MQ=255) aTACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACa < 1:1321582/76‑1 (MQ=255) aCTCTCTCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAg < 2:586007/76‑1 (MQ=255) ctctctCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGa < 1:685743/76‑1 (MQ=255) ctctctCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGa < 1:4181941/76‑1 (MQ=255) ctctctCCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGa > 2:4376783/1‑76 (MQ=255) ctctcCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGaaa < 1:2140495/76‑1 (MQ=255) ctctcCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGaaa > 2:407482/1‑76 (MQ=255) ctctcCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGaaa < 2:429770/76‑1 (MQ=255) ctctcCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGGCGGAGAGACAAGaaa < 1:2370088/76‑1 (MQ=255) ctctcCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCAGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGaaa < 1:2543378/76‑1 (MQ=255) ctctcCTTATAACCAATTGTTC‑TTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGaaaa > 1:4383889/1‑76 (MQ=255) tctcCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGaaaa < 2:2258406/76‑1 (MQ=255) tctcCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGaaaa < 2:1932975/76‑1 (MQ=255) ctcCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAAt < 2:3547505/76‑1 (MQ=255) ctcCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAAt < 2:1983085/76‑1 (MQ=255) ctcCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAAt > 2:3837730/1‑76 (MQ=255) tcCTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAAtt > 1:1103845/1‑76 (MQ=255) ccTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTc < 2:48790/76‑1 (MQ=255) ccTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTc > 2:1769552/1‑76 (MQ=255) ccTTATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTc > 2:712140/1‑76 (MQ=255) ttATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCa > 2:3720752/1‑76 (MQ=255) ttATAACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCa > 2:3930971/1‑76 (MQ=255) tataACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCaa < 2:1643481/76‑1 (MQ=255) ataACGCATTGTTCTTTTTTTTGTTACCATTGATAACAATTAGGTCAGTCTGTCGGCGAGCAAAGAAAATTCCcaa > 2:3607134/1‑76 (MQ=255) ataACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCaaa > 2:1915427/1‑76 (MQ=255) ataACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCaaa < 2:738055/76‑1 (MQ=255) taACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTTAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAat < 1:5019291/76‑1 (MQ=255) taACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAat > 2:2002389/1‑76 (MQ=255) taACCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAat > 1:4460811/1‑76 (MQ=255) aaCCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAata > 2:179680/1‑76 (MQ=255) aaCCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAata > 2:4315113/1‑76 (MQ=255) aaCCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAata < 2:599996/76‑1 (MQ=255) aaCCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAata > 2:1264259/1‑76 (MQ=255) aCCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAatat < 2:1570340/76‑1 (MQ=255) aCCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAatat < 1:3284592/76‑1 (MQ=255) aCCAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAatat < 2:4708896/76‑1 (MQ=255) cAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATaa > 1:327082/1‑76 (MQ=255) cAATTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATaa > 1:4192903/1‑76 (MQ=255) aTTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATAAAt < 1:480250/76‑1 (MQ=255) aTTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATAAAt < 1:3667274/76‑1 (MQ=255) aTTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATAAAt > 2:2922050/1‑76 (MQ=255) aTTGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATAAAt > 2:293246/1‑76 (MQ=255) aTTGTTC‑TTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATAAAtt > 2:4313068/1‑76 (MQ=255) ttGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATAAAtt < 1:4579281/76‑1 (MQ=255) ttGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATAAAtt > 2:4501535/1‑76 (MQ=255) tGTTCTTTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATAAAttt > 2:2255434/1‑76 (MQ=255) tC‑TTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATAAATTTtgtg > 2:1459470/1‑76 (MQ=255) | GCTGGAGCGAGAAGGAAAGCGAGGACTACCCGCCAGGGTGATGACACGCATACTCTCTCCTTATAACCAATTGTTC‑TTTTTTTGTTAACATTGATAACAATTCGGTCAGTCTGTCGGAGAGACAAGAAAATTCCAAATATAAATTTTGTG > REL606/1014553‑1014702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |