| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,906,430 | 0 | A | C | 36.1% | 119.2 / 33.4 | 72 | V329G (GTG→GGG) | ptrB | protease II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/5); new base C (0/26); total (41/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGT > REL606/1906356‑1906504 | cAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAaccac > 2:2967594/1‑76 (MQ=255) aaTACCAATGACTTCCCGGGTCTTTCGGTTTATGTGGCACAAACTGGTTCACCACTGCTGCCACTCCTCAagcagc > 2:2789329/1‑74 (MQ=255) aaTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAaccacc > 1:4156094/1‑76 (MQ=255) aaTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAaccacc < 1:4413931/76‑1 (MQ=255) aaTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAaccacc > 2:2789328/1‑76 (MQ=255) aTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAAccacca < 1:4337581/76‑1 (MQ=255) ccAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCAccagcc < 2:3512539/76‑1 (MQ=255) ccAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCAccagcc < 1:2448370/76‑1 (MQ=255) cAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCAccagcca < 2:113351/76‑1 (MQ=255) aaTGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCAccagccag > 1:4903269/1‑76 (MQ=255) aaTGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCAccagccag < 1:2668739/76‑1 (MQ=255) ctccccGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTACCCCGCGCTGACGCTTTTCACCCCCCAGCCAGTCGGt < 2:2242882/73‑1 (MQ=255) cTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGt > 2:3213757/1‑76 (MQ=255) cTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCACTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGt > 2:4202723/1‑76 (MQ=255) ttCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTa > 1:604184/1‑76 (MQ=255) ttCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTa > 1:4165605/1‑76 (MQ=255) cccGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTaaa > 1:2029945/1‑76 (MQ=255) cggggTTTTGCGTTTAATTGGGCCAAAACGGTTTACCCCCCGCTGACCCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAAc < 2:20678/74‑1 (MQ=255) cggggTCTTGCGGTTAATTTGGGCCAAACTGTTTACCCGCCGCTGACGCTCTTAACCCCCCAGCCAGTCGGTAAAc < 2:5021084/74‑1 (MQ=255) ccGGGTCTTGCGTTTAATTTGGCGCAAACTGTTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAAc < 1:2179411/76‑1 (MQ=255) gggTCTTGGGTTTAATTTGGCGCAACCTGTTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAg < 2:4309533/76‑1 (MQ=255) gggTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGCCGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGAAAACAg > 2:1832256/1‑76 (MQ=255) ggTCTTGGGGTTAATTTGGCCAAAACGGGTAACCCCGCGCTGTCGCTTTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGc < 2:4078918/76‑1 (MQ=255) tCTTGTGGTTAATTTGGCGCAAACTGTTTACCCCCCCCTGACCCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGt < 2:3721132/76‑1 (MQ=255) tCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGt > 1:4212340/1‑76 (MQ=255) tCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGt > 1:672097/1‑76 (MQ=255) cTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTa > 1:2347499/1‑76 (MQ=255) ttGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTaa > 1:3696133/1‑76 (MQ=255) tGCGGTTATTTTGGCGCAAACTGGTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTaaa < 1:4739751/76‑1 (MQ=255) gCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAAc > 1:3301203/1‑76 (MQ=255) ggTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAAccc > 2:2880461/1‑76 (MQ=255) gTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCt > 1:1390137/1‑76 (MQ=255) tattttGGCAAAAACTGTTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTc < 2:2686570/73‑1 (MQ=255) tAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTc > 2:592600/1‑76 (MQ=255) aTTTGGCGCAAACTGTTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCa < 1:3437573/76‑1 (MQ=255) aTTGGGCGAAAACTGTTTACCCCGCGCTGACCCTCTCCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCa < 1:2111398/76‑1 (MQ=255) tttGGCGAAAACTGGTAACCCCGCGCTGACTCTCTCCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAg < 2:634207/76‑1 (MQ=255) tttGGCGAAAACGGTTTACCCCGCGCGGACGCTTTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAg < 2:3079543/76‑1 (MQ=255) ttGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGc > 2:3825473/1‑76 (MQ=255) tgggCCCAAACTGGTTACCCCGCGCTGCCGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGc < 1:3015353/74‑1 (MQ=255) cAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCatgatg > 2:1544765/1‑76 (MQ=255) aaaCTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGt > 2:3739921/1‑76 (MQ=255) aaaCTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGt > 2:4178611/1‑76 (MQ=255) accTGGTTACCCCGCGCTGACGCTCTCCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGtt < 2:3799968/74‑1 (MQ=255) aaCTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGtt > 2:2740361/1‑76 (MQ=255) aaCTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGtt > 2:2740362/1‑76 (MQ=255) aaCTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGtt > 2:3224055/1‑76 (MQ=255) cTGGTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGtttt < 1:4999520/76‑1 (MQ=255) cTGGTTACCCCCCGCTGCCCCCCTCCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGtttt < 1:748637/76‑1 (MQ=255) tGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTc > 2:3579775/1‑76 (MQ=255) gTTACCCCGCCCTGACCCCCTCCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTcgc < 1:978274/76‑1 (MQ=255) tAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGt > 2:4118594/1‑76 (MQ=255) tAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGt > 2:1150438/1‑76 (MQ=255) aaCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTg > 1:1633771/1‑76 (MQ=255) ccccGCGCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTgg < 2:2448646/75‑1 (MQ=255) aCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTgg > 2:3227539/1‑76 (MQ=255) aCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTgg > 2:4200528/1‑76 (MQ=255) cccGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGc > 1:614544/1‑76 (MQ=255) cgcgcgGCCGCTTTCCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCgg < 2:3343343/76‑1 (MQ=255) cgcgcgGCCGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCgg < 1:3408842/76‑1 (MQ=255) gcgcGGACGCTCTCCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGa < 1:584620/76‑1 (MQ=255) cgcgGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGaa < 1:4946211/76‑1 (MQ=255) gACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTaa > 2:314749/1‑76 (MQ=255) ccctctCCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAAct < 1:2805444/74‑1 (MQ=255) gCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAActc > 1:569096/1‑76 (MQ=255) cttctcCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAActc < 2:3100561/74‑1 (MQ=255) ctctTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAActct < 2:3164138/76‑1 (MQ=255) ctctTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAActct < 2:1646590/76‑1 (MQ=255) ctctTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAActct > 2:835011/1‑76 (MQ=255) ctctCCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAActct < 1:3854778/76‑1 (MQ=255) tctcCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCtt < 2:1498435/76‑1 (MQ=255) tctcCACCCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCtt < 2:2679451/76‑1 (MQ=255) tctTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCtt < 2:402394/76‑1 (MQ=255) tctTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCtt > 1:1388790/1‑76 (MQ=255) ctTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGTGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTc > 2:704643/1‑76 (MQ=255) ctTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTc > 2:2390304/1‑76 (MQ=255) ttCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTcc > 2:3292345/1‑76 (MQ=255) tCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTccc < 1:3707188/76‑1 (MQ=255) tCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTccc < 1:4812934/76‑1 (MQ=255) tCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTccc > 2:418772/1‑76 (MQ=255) cAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCa > 2:4546880/1‑76 (MQ=255) cAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCa > 2:4920707/1‑76 (MQ=255) cAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTACCa > 2:1975188/1‑76 (MQ=255) aaCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCAc < 2:3573054/76‑1 (MQ=255) aaCCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCAc > 2:3658830/1‑76 (MQ=255) caccaGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGt > 2:3260943/1‑76 (MQ=255) | CAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTGT > REL606/1906356‑1906504 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |