| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 254,043 | 0 | T | G | 34.0% | 84.9 / 17.5 | 53 | pseudogene (588/1710 nt) | fhiA | b0229; flagellar system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/14); new base G (18/0); total (39/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTA > REL606/253968‑254116 | cttctCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGt < 1:6515730/73‑1 (MQ=255) gctCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGttt < 2:973917/76‑1 (MQ=255) gctCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGttt < 2:4773727/76‑1 (MQ=255) gctCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGttt < 1:307102/76‑1 (MQ=255) gctCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGgtt > 2:5794335/1‑76 (MQ=255) gctCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGgtt > 2:2173204/1‑76 (MQ=255) gctCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCCCCGCCGCCAGCGGCTGttt < 2:4266151/76‑1 (MQ=255) ctCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTg < 1:2604661/76‑1 (MQ=255) tCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTgt > 2:377993/1‑75 (MQ=255) tCGCTGGTTGCGTTGTTGTTGCGGGTCAGCGTTTCGAGTTTTTTCTCTCCCGCCCCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGc < 2:1259938/76‑1 (MQ=255) tCGCTGGTGTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGc < 1:6773391/76‑1 (MQ=255) cGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCCGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCCGCGGTTGGGTGCt > 1:1889244/1‑76 (MQ=255) gCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTtctc > 1:711647/1‑76 (MQ=255) gCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGTTc > 1:1480908/1‑76 (MQ=255) gCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTCCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTc < 2:3561593/76‑1 (MQ=255) gCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTCCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTc < 2:1158334/76‑1 (MQ=255) cTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTTCTCa > 2:960729/1‑76 (MQ=255) tGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTCCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCAt < 2:5092160/76‑1 (MQ=255) tGGTTTCGGTGAGGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTCCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCAt < 2:6192626/76‑1 (MQ=255) tGGTGTCGGGGTTGGTGCGGGTCCCCGTTTCAAGGCTTTTCTCTGCCGCTCCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCAt < 2:4772933/76‑1 (MQ=255) ggTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCCGCGGCTGGTTTctcctc > 1:3657119/1‑76 (MQ=255) ggTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGGTCATc > 1:5853296/1‑76 (MQ=255) ggTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGctcctc > 1:2763717/1‑76 (MQ=255) gTTTCGGTGAGGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATcc < 2:4611491/76‑1 (MQ=255) tttGGGTGATGGTGCGGGTCAGCTTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCg < 2:6356124/76‑1 (MQ=255) tttCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCTCCTCCg > 1:933592/1‑76 (MQ=255) tttCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTCCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCg < 1:838860/76‑1 (MQ=255) tCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCTCATTCGcc > 1:2696777/1‑76 (MQ=255) cGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCTCATCCGccc > 1:3699771/1‑75 (MQ=255) cGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCCCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCa < 1:485916/76‑1 (MQ=255) ggTGATGGTGCGGGTCTGCGTTTCGAGGCTTTGCTCTCCCTCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAg < 1:5994137/76‑1 (MQ=255) ggTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCTTCACCGCCAg > 2:2333757/1‑76 (MQ=255) gTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGCGTGGTCAGCCGCCacc > 2:3772604/1‑74 (MQ=255) tGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGGTCATTCGCCCG‑ca > 2:3937053/1‑75 (MQ=255) tGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGGTGATCAACCTCCCG‑cc > 2:1897987/1‑76 (MQ=255) gATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCTCATCCGCCAG‑CCg > 1:946563/1‑76 (MQ=255) ttGGGGCGGGCCAGCTTTTCGAGTCTTTTCTCTCCCCCCCCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCgg < 1:6266555/75‑1 (MQ=255) aTGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGGCCATCCGCCAA‑CCgg > 1:945557/1‑76 (MQ=255) aTGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCTCATCCGCCAG‑CCgg > 1:4018910/1‑76 (MQ=255) tGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCTCATCCGCCCG‑CCGGt > 1:763560/1‑76 (MQ=255) gTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGGCCGTCCGCCAG‑GCGGGaa > 2:1482885/1‑76 (MQ=255) gTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCTCATCCGCCAG‑GCGGtga > 1:1834630/1‑74 (MQ=255) cGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCTCATCCCCCAGACCGGAaaaa > 2:4415991/1‑76 (MQ=255) gggTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCCCATTCGCCCG‑CCCGGaaaaac > 2:6620052/1‑74 (MQ=255) ggTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGGTGCTCATCCCCCCA‑CCCGGAAAACCa > 2:6036642/1‑76 (MQ=255) gTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTTCTCTTTCGCCCG‑CCCGGAAAAccca > 1:2860699/1‑74 (MQ=255) cAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGGTCATCCGCCAG‑CCCGGAAAACCAAGc > 2:4243239/1‑76 (MQ=255) aGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCCG‑GCGGTAAAACCAAACa > 2:1682945/1‑76 (MQ=255) aGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTTCTCATCCGCCAG‑CCGGGCAAAACaaaga > 2:4056576/1‑73 (MQ=255) aGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGGTTCTTCGCCCG‑CCCGTAAAAACAAggc > 1:4286371/1‑74 (MQ=255) cGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAgg > 1:5234815/1‑76 (MQ=255) gTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGGAAAAACCAGCAcgg > 2:214665/1‑76 (MQ=255) tttCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAACAGGgc > 1:2121209/1‑76 (MQ=255) tttCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCTCATTCACCCG‑CCGGTAAAACCAAGCAgggt > 1:2093754/1‑75 (MQ=255) 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ttttCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATTCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAg > 1:1688594/1‑76 (MQ=255) ttttCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAg > 1:4498449/1‑76 (MQ=255) tttCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGc > 1:3284351/1‑76 (MQ=255) tttCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGGTCATCCCCCCG‑ACGGTAAAAACCAACAGGGGGCTGAAAAGc > 2:7058537/1‑76 (MQ=255) tctcTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTTGTCCTCCGCCAG‑CGCGTAAAATACAGCGGGGCCCTCAACAGcga > 1:3798072/1‑74 (MQ=255) ctctTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAAACAAGCAGGGCGCTGAACAGCaaa > 1:3575623/1‑76 (MQ=255) tctTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCaaaa > 1:5543731/1‑76 (MQ=255) tctTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAAGGGGCCGAACAGCaaaa > 1:2143969/1‑76 (MQ=255) tctTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCTCATACGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCCGGGGGCTGAACAGCaaaa > 2:388889/1‑76 (MQ=255) ttCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGGTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCCAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAAc > 2:870435/1‑76 (MQ=255) tccgcctccgccGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACg > 1:6060293/1‑76 (MQ=255) tccgcctccgccGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACg > 1:3640509/1‑76 (MQ=255) cgcctccgccGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGc > 1:3020770/1‑76 (MQ=255) gcctccgccGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCa > 1:2385945/1‑76 (MQ=255) cctccgccGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAAACAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAg > 2:5580381/1‑76 (MQ=255) cctccgccGCCAGCGGCTGGTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAg > 2:796771/1‑76 (MQ=255) ctccgccGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAAAAGCAgg > 1:765003/1‑76 (MQ=255) ctccgccGCCAGCGGCTGGTTGCTCATCCGCCCG‑CCGGGAAAACCAAGCCGGGCGCTGAAAAGCAACAACGGCCgg > 2:5651250/1‑76 (MQ=255) tccgccGCCAGCGGCTGTTTTCGCATCCGCCAG‑CCGGTAAAAACAAGCAGGGCGGTGAACCAGAAAAACCGCCggg > 2:2878623/1‑75 (MQ=255) tccgccGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAggg > 1:5751105/1‑75 (MQ=255) tccgccGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGGAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAggg > 2:4796777/1‑75 (MQ=255) ccgccgCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGGCCG‑GCGGTAAAAACAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAgggg > 2:715035/1‑74 (MQ=255) ccgccgCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAgggg > 1:4414938/1‑74 (MQ=255) ccgccgCCAGCGGCTGGTTGTTCATCCCCCCA‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAAAAGCAAAAACAGCAgggg > 2:971436/1‑74 (MQ=255) cgccgcCAGCGGCTGTTTGCTCCACCGCCAG‑CCGGGAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAAACGCAggggg > 2:2007673/1‑73 (MQ=255) tGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGGGGCACTTCCGGtc > 2:5864789/1‑75 (MQ=255) | CTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAG‑CCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCATTCCCGGTA > REL606/253968‑254116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |