| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 3,367,986 | G→A | R317C (CGC→TGC) | rpoA ← | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 3,367,986 | 0 | G | A | 98.9% | 1452.2 / NA | 377 | R317C (CGC→TGC) | rpoA | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); major base A (162/209); minor base C (0/4); total (164/213) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 388 total aligned reads displayed.
CCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGG > REL606/3367913‑3368058 | ccTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGcaca > 2:7106903/1‑76 (MQ=255) cTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACAt < 1:4075961/76‑1 (MQ=255) ttCTCAGTAAAACCTTACCCTGGAATCCGGTTACTGGCCAGCAATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACAtc > 2:589476/1‑75 (MQ=255) tctcAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGACAGTTTTCCAGGCACATGc > 2:6745319/1‑76 (MQ=255) ctcAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGcc > 1:9687154/1‑76 (MQ=255) cAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCa < 1:6827540/76‑1 (MQ=255) aGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCag < 1:1647082/76‑1 (MQ=255) gTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCaga < 1:5919019/76‑1 (MQ=255) tAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCagag > 2:5573743/1‑76 (MQ=255) aaaaCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAgaga > 2:1431557/1‑76 (MQ=255) aaaaCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAgaga < 2:9938724/76‑1 (MQ=255) aaaaCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAgaga > 1:986159/1‑76 (MQ=255) aaaCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGAc < 2:1312013/76‑1 (MQ=255) aaCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACa < 2:5339094/76‑1 (MQ=255) cTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTc > 2:1045445/1‑76 (MQ=255) cTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTc < 1:927439/76‑1 (MQ=255) cTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTc > 2:2615722/1‑76 (MQ=255) tAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTccc > 1:4735492/1‑75 (MQ=255) aaCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCAc > 1:9575892/1‑76 (MQ=255) aaCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCAc < 2:4208220/76‑1 (MQ=255) aaCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCAc > 2:8671878/1‑76 (MQ=255) aaCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCAc > 1:5326467/1‑76 (MQ=255) aaCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCAc > 1:869639/1‑76 (MQ=255) tgtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGa < 1:3537755/76‑1 (MQ=255) tgtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGa > 2:7648936/1‑76 (MQ=255) gtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGaa > 1:307481/1‑76 (MQ=255) gtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGaa < 1:3911849/76‑1 (MQ=255) gtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGACCACGGGaa > 2:7485279/1‑76 (MQ=255) tgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAg > 2:493872/1‑76 (MQ=255) gATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCGAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGc < 1:1414615/76‑1 (MQ=255) gATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGc < 1:8176903/76‑1 (MQ=255) aTCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGcc > 2:6905081/1‑76 (MQ=255) aTCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGcc > 2:929821/1‑76 (MQ=255) tCCTGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCa < 2:2698770/76‑1 (MQ=255) tCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCa < 2:1774008/76‑1 (MQ=255) tCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCa > 2:6361044/1‑76 (MQ=255) ccGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAg < 1:9127710/76‑1 (MQ=255) ccGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAg > 2:5197686/1‑76 (MQ=255) ggTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCa > 2:7312652/1‑76 (MQ=255) ggTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCa < 1:258328/76‑1 (MQ=255) gTTCCTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCAc < 2:3685516/76‑1 (MQ=255) gTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCAc < 2:7586319/76‑1 (MQ=255) ttACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACg > 2:6987854/1‑76 (MQ=255) ttACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACg > 1:6118907/1‑76 (MQ=255) tACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGt > 2:5072625/1‑76 (MQ=255) tACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGt < 1:2893603/76‑1 (MQ=255) aCTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTc > 2:852256/1‑76 (MQ=255) cTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCt > 2:6801551/1‑76 (MQ=255) cTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCt < 2:5667405/76‑1 (MQ=255) tCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCtt < 1:8068153/76‑1 (MQ=255) aagTCAGCGAGGCTTGCCGGTGGCCAGTTTCCCAGGCACACGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCtt < 2:8059568/74‑1 (MQ=255) cGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCttt < 1:1006152/76‑1 (MQ=255) cGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCttt > 1:3381001/1‑76 (MQ=255) cGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCttt > 2:379310/1‑76 (MQ=255) gTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTa < 2:9092997/76‑1 (MQ=255) gTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTa < 2:8895714/76‑1 (MQ=255) tCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTaa > 2:2414357/1‑76 (MQ=255) tCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTaa < 2:6531798/76‑1 (MQ=255) tCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTaa > 2:4436038/1‑76 (MQ=255) ccAGAGACGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTaa < 2:8635932/75‑1 (MQ=255) cAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAt > 2:1948904/1‑76 (MQ=255) aGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtc > 1:2028337/1‑76 (MQ=255) aGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtc < 1:1196144/76‑1 (MQ=255) gCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtct > 1:5754507/1‑76 (MQ=255) cGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtctc > 2:7179119/1‑76 (MQ=255) cGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtctc > 1:4968086/1‑76 (MQ=255) gATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCa > 2:10063429/1‑76 (MQ=255) aTGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAg > 2:6031166/1‑76 (MQ=255) aTGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAg < 2:1609598/76‑1 (MQ=255) gCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTa < 1:3788015/76‑1 (MQ=255) gCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTa > 1:2816044/1‑76 (MQ=255) gCTCGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTa < 1:8390710/76‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAag < 1:10168013/76‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAag < 1:4342424/76‑1 (MQ=255) ttGCCGCTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAag < 1:2432687/76‑1 (MQ=255) tGCGGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAaga < 1:9417034/76‑1 (MQ=255) gCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAagcg > 1:7478530/1‑74 (MQ=255) gCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAagag > 2:3944819/1‑76 (MQ=255) ccGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAgaga > 1:5575826/1‑76 (MQ=255) ccGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAgaga > 1:9339449/1‑76 (MQ=255) cGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAt > 1:7308603/1‑76 (MQ=255) ggTGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAtt < 1:7042047/76‑1 (MQ=255) tGGCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAtttt < 2:9569200/76‑1 (MQ=255) ggCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAttttt > 1:7869695/1‑76 (MQ=255) gCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAtttttt < 2:466695/76‑1 (MQ=255) gCCAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAtttttt < 2:9776356/76‑1 (MQ=255) cAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTAc > 1:9967195/1‑76 (MQ=255) cAGTTTTCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTAc < 1:4427662/76‑1 (MQ=255) ttttCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCaa < 1:4634419/76‑1 (MQ=255) ttttCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCaa > 2:5825899/1‑76 (MQ=255) tttCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAg < 1:6456497/76‑1 (MQ=255) tCCAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGt > 2:4522964/1‑76 (MQ=255) ccAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGtt < 1:8917003/76‑1 (MQ=255) ccAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGtt > 2:2133033/1‑76 (MQ=255) ccAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGtt < 2:3024580/76‑1 (MQ=255) cAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTa < 2:2299711/76‑1 (MQ=255) cAGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTa < 1:6316186/76‑1 (MQ=255) aGGCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAg < 2:3307988/76‑1 (MQ=255) ggCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAgg < 1:509039/76‑1 (MQ=255) ggCACATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAgg < 2:938462/76‑1 (MQ=255) | CCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGG > REL606/3367913‑3368058 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |