| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 44 (1.000) | 33/144 | 0.3 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 47 (1.070) | 38/144 | 0.2 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
CATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGAC > REL606/4524447‑4524596 | cgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggc < 1:336060‑M2/1‑1 (MQ=255)cATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGc > 1:1102449/1‑76 (MQ=255)cATTTAGTTCAGAAACAACCATGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGTCGAGTTAGTTTGCAACCGGGGc > 1:71695/1‑76 (MQ=255) aTTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGcc > 2:771142/1‑76 (MQ=255) tttAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCg > 2:1313521/1‑76 (MQ=255) tttAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTCGCAACCGGGGCCg < 1:331738/76‑1 (MQ=255) atcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAc > 2:985819‑M2/70‑76 (MQ=255) ttCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcc > 1:276804‑M2/1‑74 (MQ=255) nagAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGCTATTTTGCAACCGGGGCCGCAGccca < 1:562812‑M2/75‑5 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc > 2:1124109‑M2/67‑76 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc > 1:1156736‑M2/67‑76 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc < 1:207342‑M2/10‑1 (MQ=255) aGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccat > 2:907560‑M2/1‑71 (MQ=255) gAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccata < 1:754512‑M2/76‑7 (MQ=255) ttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCggg > 2:344275‑M2/64‑76 (MQ=255) aaaCAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGAGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataa > 1:1032589‑M2/1‑69 (MQ=255) taacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt < 1:399869‑M2/14‑1 (MQ=255) aacaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataag > 1:515213‑M2/1‑68 (MQ=255) acaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagc < 2:987279‑M2/76‑10 (MQ=255) acgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaccccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgc > 1:1239407‑M2/61‑76 (MQ=255) acgaggcaccgaggcgtcgcatcctncggatggttctacccttaagcnagcccttatgggCCGCAACCCCGGGtgc < 1:222066‑M2/16‑1 (MQ=255) cgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgct > 1:1091467‑M2/60‑76 (MQ=255) cgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgct < 1:555371‑M2/17‑1 (MQ=255) tccctGAATAACGGAACCAATACCAATCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgct > 1:226826‑M2/2‑64 (MQ=255) aggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctgc < 2:715940‑M2/19‑1 (MQ=255) ggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTgctgct < 1:698120‑M2/20‑1 (MQ=255) ggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTgctgct < 2:501562‑M2/20‑1 (MQ=255) ggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTgctgct < 2:282326‑M2/20‑1 (MQ=255) gcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTa < 2:870249‑M2/21‑1 (MQ=255) gcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTa < 2:660137‑M2/21‑1 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt > 1:755900‑M2/1‑59 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATAACATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcctataagcgctaactt < 1:120760‑M2/76‑18 (MQ=255) accgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAt > 1:807534‑M2/54‑76 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa < 1:775923‑M2/76‑20 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa > 2:739367‑M2/1‑57 (MQ=255) aggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg > 2:1036548‑M2/50‑76 (MQ=255) aggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg > 2:425039‑M2/50‑76 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 1:57894‑M2/29‑1 (MQ=255) cGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggt < 2:41613‑M2/76‑24 (MQ=255) cGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataaacgctaacttaagggt < 2:944516‑M2/76‑24 (MQ=255) tcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg < 2:1122027‑M2/32‑1 (MQ=255) gcattcttctgagggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCNGCTAATGCGGATGCGAc < 1:189940‑M2/34‑1 (MQ=255) gcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc > 1:397206‑M2/43‑76 (MQ=255) ccAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCNGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtgg > 1:1440777‑M2/1‑48 (MQ=255) ccAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtgg < 2:577958‑M2/76‑29 (MQ=255) cAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggt < 1:821350‑M2/76‑30 (MQ=255) cAATACCATTCCGTNCCAGGCGCGGTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagagctaacttaagggttgtggt < 1:8465‑M2/76‑30 (MQ=255) attcttcanatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCt > 1:1428379‑M2/41‑76 (MQ=255) attcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCt > 1:196100‑M2/41‑76 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 2:77142‑M2/37‑1 (MQ=255) tcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTc > 2:173057‑M2/39‑76 (MQ=255) tACCATTCCGTNCCNGGCGCGTTATTCTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctagattaagggatggggtatt > 2:233524‑M2/1‑44 (MQ=255) aCCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatta > 2:680027‑M2/1‑43 (MQ=255) aCCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatta > 2:1036722‑M2/1‑43 (MQ=255) ttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGTGACCTTCaa > 2:93628‑M2/37‑76 (MQ=255) cATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacg < 2:933852‑M2/76‑36 (MQ=255) cATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacg < 1:1078326‑M2/76‑36 (MQ=255) cagatggttcaccccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCACgg > 1:46810‑M2/35‑76 (MQ=255) cagatggttcaacccttaagttagcgcttatggaCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAgg > 2:409011‑M2/35‑76 (MQ=255) aTTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgc < 1:1085288‑M2/76‑37 (MQ=255) gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGtt > 2:583706‑M2/33‑76 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctg > 2:1102447‑M2/1‑37 (MQ=255) gTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGAGCCGCANcccagaancgntcncttacgggatgtggtattacgcctgat < 1:1288852‑M2/76‑42 (MQ=255) gTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACAGGGNGCGCAAcccataagcgctaacntaagggttgtggtattacgcctgat < 1:211946‑M2/76‑42 (MQ=255) gttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCTGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGt > 1:1245643‑M2/29‑76 (MQ=255) gttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTTCTGCTAATGCGGATGCGACCTGCAAGGTTCTGt < 1:1357433‑M2/48‑1 (MQ=255) tCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatat > 2:733092‑M2/1‑33 (MQ=255) tCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactgaagggttgtggtattacgcctgatat > 2:426407‑M2/1‑33 (MQ=255) tcaacccttaagttngcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCGGCTAATGCGGATGCGACCTTAAAGGTTCAGTAt < 1:1265710‑M2/50‑1 (MQ=255) tcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTAt > 1:494109‑M2/27‑76 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg > 2:756898‑M2/1‑32 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgata > 2:981952‑M2/1‑32 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaaggggtgtgggattacgcctgata < 1:981954‑M2/74‑43 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATc > 2:1047483‑M2/26‑76 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATc < 1:944191‑M2/51‑1 (MQ=255) aGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgat > 1:930016‑M2/1‑30 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCaa < 2:798509‑M2/53‑1 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATa < 1:1082858‑M2/55‑1 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaa > 1:762685‑M2/1‑26 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaa > 1:94471‑M2/1‑26 (MQ=255) cttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATaa < 2:445350‑M2/56‑1 (MQ=255) cttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATaa < 2:1156734‑M2/56‑1 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg < 1:393657‑M2/76‑53 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg < 2:206838‑M2/76‑53 (MQ=255) ttATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgt < 2:417948‑M2/76‑54 (MQ=255) ttATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgt < 2:289515‑M2/76‑54 (MQ=255) ttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAcc < 2:203631‑M2/62‑1 (MQ=255) tGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgat < 2:926633‑M2/76‑60 (MQ=255) gcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAg < 2:329716‑M2/65‑1 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc > 1:949328‑M2/8‑76 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta < 1:1083799‑M2/76‑66 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAgg > 2:1387538‑M2/5‑76 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAgg > 2:874972‑M2/5‑76 (MQ=255) gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAGTAACCTACCCAGGTTCAggg > 1:1468347‑M2/4‑76 (MQ=255) gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAggg > 2:781414‑M2/4‑76 (MQ=255) gCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactct < 1:520806‑M2/76‑70 (MQ=255) | CATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGAC > REL606/4524447‑4524596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |