| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 296 (1.260) | 117/144 | 0.0 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 249 (1.060) | 107/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
ACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/2774119‑2774196‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGAC > REL606/4524522‑4524596 ACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:5875607/76‑1ACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:1551290/76‑1ACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:2280832/1‑76ACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 1:2639286/76‑1 CGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:1464535/76‑1 CGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:6354812/1‑76 GCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:1014689/1‑76 GCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:7510459/76‑1 GCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:943933/1‑76 GCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:6399567/76‑1 AGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCG > 2:3949968/1‑76 TCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACC < 2:6596666/76‑1 CGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCC > 1:6300997/1‑76 CGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCC > 1:1323996/1‑76 GTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC < 1:4563307/76‑1 GTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC < 1:80157/76‑1 TCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCG < 2:492265/76‑1 TCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCG < 2:319175/76‑1 CTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG > 1:1520898/1‑76 TTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGG > 2:5134008/1‑76 TTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCAGCAACCCCGGG > 2:876218/1‑76 AACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTG > 2:5576566/1‑76 AACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTG < 1:4837086/76‑1 AACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTG > 1:1606745/1‑76 AACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTG > 2:7705958/1‑76 ACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGC > 1:3499446/1‑76 CGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCT < 2:6904789/76‑1 CGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCT < 2:7398924/76‑1 AGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC < 2:7337775/76‑1 GGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT < 2:530904/76‑1 GCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA < 2:1127125/76‑1 GCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA < 2:2608183/76‑1 GCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA < 1:3048586/76‑1 ACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT < 1:4394572/76‑1 ACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT < 1:6618909/76‑1 CCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG > 1:6701051/1‑76 GAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCG < 1:1018610/76‑1 GAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCG < 1:1273568/76‑1 AGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGG < 2:5878821/76‑1 GCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT < 1:6031402/76‑1 GCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT < 2:4241051/76‑1 GTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGC < 1:2908884/76‑1 TCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCG < 1:381923/76‑1 TCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCG < 1:5707413/76‑1 CGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGA > 1:3244392/1‑76 CGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGA < 2:6951923/76‑1 GCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC < 1:2769452/76‑1 GCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC < 1:7122410/76‑1 CATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACC > 1:2101461/1‑76 ATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCT < 1:7226627/76‑1 TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTT < 1:491795/76‑1 TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTC > 1:6205439/1‑76 CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCA > 1:7320933/1‑76 CTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCA < 1:2941393/76‑1 TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGCTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAA < 1:626511/76‑1 CAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGG > 1:5543707/1‑76 CAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGG < 1:3672126/76‑1 ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTC < 1:5382138/76‑1 TGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCA > 2:3851335/1‑76 GGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAG < 1:7432801/76‑1 GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCACGGCTCAGT > 2:4674180/1‑76 GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGT > 2:2706324/1‑76 TTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTA < 1:7672016/76‑1 TCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTAT < 1:5104801/76‑1 TCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTAT > 2:134817/1‑76 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATC > 2:6766373/1‑76 CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATC < 1:3334797/76‑1 AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCA > 1:3439318/1‑76 AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCA > 2:3577244/1‑76 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAAT > 2:1928573/1‑76 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAAT < 1:6961106/76‑1 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAAT > 1:5029827/1‑76 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAAT < 1:120714/76‑1 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAAT < 1:6529589/76‑1 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATA < 1:6091350/76‑1 CTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAA > 2:415575/1‑76 CTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAA < 2:4904843/76‑1 TTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAC < 2:7473374/76‑1 TTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAC > 1:545664/1‑76 TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACC > 1:3592261/1‑76 AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGCTGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCT < 2:6054202/76‑1 AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCT < 1:4205279/76‑1 AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTA > 1:1125025/1‑76 AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTA < 2:2918650/76‑1 GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAC > 2:3401620/1‑76 TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACC > 1:2020873/1‑76 TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACC > 2:6586617/1‑76 TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCC < 2:4805024/76‑1 TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCC < 1:7009787/76‑1 TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCC < 1:4685090/76‑1 CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTT < 1:2199444/76‑1 CTTATGGGCCCCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTT > 2:5667490/1‑76 TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTC > 2:3616883/1‑76 TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTC > 2:5919561/1‑76 ATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAG < 1:268842/76‑1 ATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAG > 2:6269254/1‑76 ATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAG < 1:4077124/76‑1 TGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGG > 2:15853/1‑76 GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGG < 1:2259297/76‑1 GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGG > 2:3476252/1‑76 ACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/2774119‑2774196‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGAC > REL606/4524522‑4524596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |