Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | REL606 | 3,894,997 | Δ6,934 bp | IS150‑mediated | rbsD–[yieO] | rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | REL606 | 3893612–3894994 | 3901930 | 6937–8319 | 97 [92] | [0] 328 | [insJ‑5]–[yieO] | [insJ‑5],insK‑5,rbsD,rbsA,rbsC,rbsB,rbsK,rbsR,[yieO] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 3652533 | NA (NA) | 312 (1.310) | 111/146 | 0.1 | 100% | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
? | REL606 | 3901931 = | 0 (0.000) | coding (489/1428 nt) | yieO | predicted multidrug or homocysteine efflux system |
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
ATTGGGCATATGTTTGCGCGCGTAAAGAAGGCCTGCAATACCTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACAAAA > REL606/3901856‑3902006 | tctgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacag > 1:2371308‑M2/76‑76 (MQ=255) tctgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacag > 2:550617‑M2/76‑76 (MQ=255) ctgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagg > 1:1328811‑M2/75‑76 (MQ=255) ctgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagg > 2:3593230‑M2/75‑76 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt < 2:5463509‑M2/3‑1 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt < 2:4040391‑M2/3‑1 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt > 1:7436397‑M2/74‑76 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt 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aattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAg < 2:2200120‑M2/10‑1 (MQ=255) attgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAgg > 2:3125708‑M2/66‑76 (MQ=255) attgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAgg > 1:6756449‑M2/66‑76 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg < 2:6607424‑M2/13‑1 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg < 2:6126113‑M2/13‑1 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg > 1:1230183‑M2/64‑76 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg < 2:7397109‑M2/13‑1 (MQ=255) aatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAc < 2:513530‑M2/15‑1 (MQ=255) aatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAc > 1:7573182‑M2/62‑76 (MQ=255) aatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAc > 2:1561968‑M2/62‑76 (MQ=255) atatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAcc < 2:4172571‑M2/16‑1 (MQ=255) atatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAcc < 2:7475432‑M2/16‑1 (MQ=255) atatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGCGAcc > 2:7110522‑M2/61‑76 (MQ=255) tatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCa > 2:1829278‑M2/60‑76 (MQ=255) atcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg < 1:3510300‑M2/18‑1 (MQ=255) atcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg < 2:7331321‑M2/18‑1 (MQ=255) atcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg > 2:599176‑M2/59‑76 (MQ=255) atcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg > 1:6101541‑M2/59‑76 (MQ=255) 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agacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACgccgcc > 1:7148342‑M2/50‑76 (MQ=255) gacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCa < 2:6999848‑M2/28‑1 (MQ=255) gacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCa < 1:1869756‑M2/28‑1 (MQ=255) acctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCaa < 1:3103603‑M2/29‑1 (MQ=255) ctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGa < 1:7731930‑M2/31‑1 (MQ=255) ctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGa < 1:2037347‑M2/31‑1 (MQ=255) tatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGaa > 1:2305575‑M2/45‑76 (MQ=255) tatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGaa > 1:640109‑M2/45‑76 (MQ=255) tatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGGGACCAGCACGCCGCCAAGaa > 2:6231734‑M2/45‑76 (MQ=255) 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cgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTa > 2:1232198‑M2/36‑76 (MQ=255) tgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTaaa < 1:2871649‑M2/43‑1 (MQ=255) tgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTaaa < 1:4613397‑M2/43‑1 (MQ=255) gtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTaaaa < 2:130366‑M2/44‑1 (MQ=255) gtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTaaaa > 1:1030669‑M2/33‑76 (MQ=255) tttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAAt > 2:7804517‑M2/32‑76 (MQ=255) tttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAAt > 2:2816475‑M2/32‑76 (MQ=255) taactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTg > 1:5478490‑M2/30‑76 (MQ=255) gtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGcccc < 1:399723‑M2/52‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |