Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 1,886,204 | G→A | intergenic (‑34/+635) | yobF ← / ← yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,886,204 | 0 | G | A | 98.3% | 1201.0 / 4.1 | 302 | intergenic (‑34/+635) | yobF/yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base A (161/136); total (164/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 |
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
CGTGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATAC > REL606/1886131‑1886276 | cgtGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTAtt < 2:1267683/76‑1 (MQ=255) tgtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCtattat < 2:3007555/76‑1 (MQ=255) tgtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCtattat > 1:272643/1‑76 (MQ=255) tgtTTACTCAGGACTTCTTTACTG‑AAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATc < 1:3077042/76‑1 (MQ=255) gtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATc > 2:1148025/1‑76 (MQ=255) tttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATca > 2:7780210/1‑76 (MQ=255) tttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATca > 1:7634285/1‑76 (MQ=255) tttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATca > 2:3814655/1‑76 (MQ=255) tACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATcaca > 2:2308525/1‑76 (MQ=255) tACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATcaca > 1:7246663/1‑76 (MQ=255) aCTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACAt > 1:4472500/1‑76 (MQ=255) aCTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACAt < 1:4166562/76‑1 (MQ=255) cgcAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATa < 1:1980601/74‑1 (MQ=255) cTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATa < 1:6215167/76‑1 (MQ=255) cAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACa < 1:2397582/76‑1 (MQ=255) cAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACa > 2:3330905/1‑76 (MQ=255) cAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACa < 1:6319088/76‑1 (MQ=255) aGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACaa < 2:3096725/76‑1 (MQ=255) aGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACaa > 2:3227404/1‑76 (MQ=255) aGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACaa > 2:7442586/1‑76 (MQ=255) ggACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAAc < 1:5608951/76‑1 (MQ=255) ggACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAAc > 2:190069/1‑76 (MQ=255) ggACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAAc > 2:2018594/1‑76 (MQ=255) ggACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAAc > 2:5340974/1‑76 (MQ=255) gACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACg < 1:5826185/76‑1 (MQ=255) gACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACg < 1:7156263/76‑1 (MQ=255) gACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACg < 1:6088023/76‑1 (MQ=255) aCTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGt > 2:7814136/1‑76 (MQ=255) cttcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGtt > 2:4315055/1‑76 (MQ=255) ttcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTa > 2:7697053/1‑76 (MQ=255) ttcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTa > 2:1453422/1‑76 (MQ=255) tcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTaa > 2:7614061/1‑76 (MQ=255) cttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAt > 1:3793305/1‑76 (MQ=255) cttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAt < 1:1553915/76‑1 (MQ=255) cttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAt < 2:1546570/76‑1 (MQ=255) cttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGCACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAt < 2:6589638/76‑1 (MQ=255) ttACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTa > 1:427645/1‑76 (MQ=255) tACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTAt > 2:2248866/1‑76 (MQ=255) tACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTAt > 1:2941887/1‑76 (MQ=255) tACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTAt > 2:5691907/1‑76 (MQ=255) tACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTAt < 1:4117498/76‑1 (MQ=255) tGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGc > 2:6300345/1‑76 (MQ=255) gAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCa < 2:2704993/76‑1 (MQ=255) gAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCa < 1:5774988/76‑1 (MQ=255) gAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCa < 1:5170676/76‑1 (MQ=255) aaaaTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCaa < 1:1843685/76‑1 (MQ=255) aaaTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAg > 1:4593076/1‑76 (MQ=255) aaTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGc > 2:5471998/1‑76 (MQ=255) aTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGcc < 2:4294404/76‑1 (MQ=255) tGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCa < 1:4678047/76‑1 (MQ=255) tGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCa < 1:6139140/76‑1 (MQ=255) gCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAt < 1:4887326/76‑1 (MQ=255) acacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAtttt < 2:2082502/76‑1 (MQ=255) cacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAttttt < 1:836149/76‑1 (MQ=255) caTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTaa < 1:6854084/76‑1 (MQ=255) aTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTaac > 2:1077071/1‑75 (MQ=255) aTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTaaa > 2:5000081/1‑76 (MQ=255) aaaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACa > 1:2012116/1‑76 (MQ=255) aCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATg > 2:4842933/1‑76 (MQ=255) gAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtct < 1:3259147/76‑1 (MQ=255) aaaCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtct < 2:453383/75‑1 (MQ=255) aCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCg > 2:4180780/1‑76 (MQ=255) aCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCg < 1:1786029/76‑1 (MQ=255) tGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGAt > 1:3394459/1‑76 (MQ=255) tGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGAt > 2:4718188/1‑76 (MQ=255) tGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGAt > 1:1872964/1‑76 (MQ=255) gTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATc > 2:5292518/1‑76 (MQ=255) tACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCa < 2:3517894/76‑1 (MQ=255) aCCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAg > 2:2830425/1‑76 (MQ=255) aCCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAg < 1:1476367/76‑1 (MQ=255) aCCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAg < 1:1113575/76‑1 (MQ=255) aCCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAg < 1:4781251/76‑1 (MQ=255) aCCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAg < 2:5133595/76‑1 (MQ=255) ccTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGa > 2:7187711/1‑76 (MQ=255) cTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGAc > 1:1012583/1‑76 (MQ=255) tCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACg < 2:6843999/76‑1 (MQ=255) tCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACg > 2:5728861/1‑76 (MQ=255) cGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGc > 1:6562668/1‑76 (MQ=255) gTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGca > 1:4007858/1‑76 (MQ=255) gTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGca > 1:5419826/1‑76 (MQ=255) tttAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGcac > 1:1236498/1‑76 (MQ=255) tttAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGcac < 2:6773115/76‑1 (MQ=255) tttAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGcac > 2:5371960/1‑76 (MQ=255) ttAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGcaca > 2:7082434/1‑76 (MQ=255) taccccGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACaa < 2:4636681/73‑1 (MQ=255) aaCCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACaaa > 2:2882157/1‑76 (MQ=255) aaCCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACaaa < 1:2156173/76‑1 (MQ=255) aaCCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACaaa < 2:7282131/76‑1 (MQ=255) aaCCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACaaa < 1:743045/76‑1 (MQ=255) aCCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAt > 2:4455620/1‑76 (MQ=255) cccGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAtc > 2:6496472/1‑76 (MQ=255) cccGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAtc < 2:6432896/76‑1 (MQ=255) cGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAtctc < 2:6813568/76‑1 (MQ=255) cGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAtctc < 1:1187371/76‑1 (MQ=255) gAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCg > 1:57217/1‑76 (MQ=255) gAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCg > 1:6416366/1‑76 (MQ=255) aaTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGAt < 2:1839694/76‑1 (MQ=255) aaTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGAt < 1:5302733/76‑1 (MQ=255) aTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa > 1:3636395/1‑76 (MQ=255) tCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATAc > 2:5895899/1‑76 (MQ=255) | CGTGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATAC > REL606/1886131‑1886276 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |