| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 322 (1.300) | 118/144 | 0.0 | 99.7% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 1 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 255 (1.030) | 110/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Only 100 of 602 total aligned reads displayed.
AGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524452‑4524602 | catcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCaa < 1:6562447‑M2/6‑1 (MQ=255)catcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCaa > 1:1757968‑M2/71‑76 (MQ=255) tcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcc > 2:2851778‑M2/69‑76 (MQ=255) tCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccc > 2:5541598‑M2/1‑73 (MQ=255) tCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcca < 2:5472391‑M2/76‑4 (MQ=255) cgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaaccctcaagttagcgcttatgggCCGCAAccc > 2:7230676‑M2/68‑76 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc > 1:3675819‑M2/67‑76 (MQ=255) tcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAATCCCg > 1:264488‑M2/66‑76 (MQ=255) tcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCg > 2:7326872‑M2/66‑76 (MQ=255) ttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCggg > 1:1917063‑M2/64‑76 (MQ=255) aaccaaccCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCACCCGGGGCCGCAAcccataa > 1:4379755‑M2/1‑69 (MQ=255) aaaCAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataa > 1:5758632‑M2/1‑69 (MQ=255) taacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt > 1:2078944‑M2/63‑76 (MQ=255) taacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt > 2:2459620‑M2/63‑76 (MQ=255) acaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagc > 2:1538588‑M2/1‑67 (MQ=255) caacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcg < 2:1883425‑M2/76‑11 (MQ=255) caacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcg > 2:7721554‑M2/1‑66 (MQ=255) aacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgc < 1:4549732‑M2/76‑12 (MQ=255) aacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgc < 1:6456424‑M2/76‑12 (MQ=255) gaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctg > 1:4137994‑M2/59‑76 (MQ=255) acCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgct > 1:5037369‑M2/1‑64 (MQ=255) acCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgct > 1:1647988‑M2/1‑64 (MQ=255) cccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgcta > 2:6819657‑M2/1‑63 (MQ=255) ccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaa < 2:6548235‑M2/76‑15 (MQ=255) gcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTa < 2:4877731‑M2/21‑1 (MQ=255) taaataACGGAGCGAATACCATTCCGTTCCAGGCTCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaact > 1:1556087‑M2/3‑60 (MQ=255) ccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATg < 1:3307037‑M2/24‑1 (MQ=255) ccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATg > 1:3885985‑M2/53‑76 (MQ=255) aaTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactta < 2:4147097‑M2/76‑19 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa > 2:372926‑M2/1‑57 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa < 1:2987387‑M2/76‑20 (MQ=255) ggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGa < 1:3153361‑M2/28‑1 (MQ=255) aCGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaaggg < 1:4032762‑M2/76‑23 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 1:1393042‑M2/29‑1 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 1:124359‑M2/29‑1 (MQ=255) ggAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggtt < 1:7125245‑M2/76‑25 (MQ=255) gAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttg < 1:2143102‑M2/76‑26 (MQ=255) aaCCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgt > 2:2726158‑M2/1‑50 (MQ=255) cAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggt < 2:4757165‑M2/76‑30 (MQ=255) cAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggt > 1:7451324‑M2/1‑47 (MQ=255) cAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggt > 1:8306120‑M2/1‑47 (MQ=255) cAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACAGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttatgggttgtggt < 2:6290394‑M2/76‑30 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt > 2:7094858‑M2/40‑76 (MQ=255) tcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTc < 1:7796565‑M2/38‑1 (MQ=255) tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAg < 2:1481840‑M2/41‑1 (MQ=255) tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAg < 1:6139023‑M2/41‑1 (MQ=255) aTTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgc > 2:575968‑M2/1‑40 (MQ=255) agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGt < 1:5928848‑M2/43‑1 (MQ=255) tCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcct < 2:2024767‑M2/76‑39 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctg > 1:6638489‑M2/1‑37 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctg > 1:5563876‑M2/1‑37 (MQ=255) ggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAg > 1:7583777‑M2/30‑76 (MQ=255) gTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgat < 1:3217068‑M2/76‑42 (MQ=255) gTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgat > 1:6353200‑M2/1‑35 (MQ=255) ttCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgata < 1:4248043‑M2/76‑43 (MQ=255) tCCAGGCGCGTTATTTTGCATCGGGGGCCGCAGcccataagcgctaacttaagggttgtggtatttcgcctgatat > 2:1378245‑M2/1‑33 (MQ=255) tCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatat > 1:6258179‑M2/1‑33 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCa < 2:112615‑M2/52‑1 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCa > 1:7289734‑M2/25‑76 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCa < 1:6898170‑M2/52‑1 (MQ=255) aGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgat < 1:5172066‑M2/76‑47 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCaa < 1:4644458‑M2/53‑1 (MQ=255) cccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAAt < 1:7676499‑M2/54‑1 (MQ=255) cgcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattta > 1:7993231‑M2/1‑27 (MQ=255) cgcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattta > 2:8129542‑M2/1‑27 (MQ=255) cgcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattta > 2:7967853‑M2/1‑27 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATa < 1:1010956‑M2/55‑1 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATa < 2:3443759‑M2/55‑1 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaa > 2:7431019‑M2/1‑26 (MQ=255) cgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaac < 2:5909271‑M2/76‑52 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg > 2:3595258‑M2/1‑24 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg < 1:2762440‑M2/76‑53 (MQ=255) ttATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgt > 2:5068756‑M2/1‑23 (MQ=255) ttATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgt < 1:4705225‑M2/76‑54 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt < 2:5200958‑M2/59‑1 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt > 2:7545705‑M2/18‑76 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAGcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg < 1:1846787‑M2/76‑55 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg < 1:3414621‑M2/76‑55 (MQ=255) gttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCGAGGTTCAGTATCAATAACCTAc < 2:172945‑M2/61‑1 (MQ=255) gttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAc < 2:6983939‑M2/61‑1 (MQ=255) ttttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgcc < 2:6183540‑M2/76‑57 (MQ=255) tGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggcattacgcctgatatgatttaacgtgccgat < 2:395670‑M2/76‑60 (MQ=255) gcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAg < 1:970975‑M2/65‑1 (MQ=255) gcgcttatgggCCGAAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTGCCCAg < 2:4369434‑M2/65‑1 (MQ=255) cAACCGGGGCCGTAAtccataggcgctagcttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga < 2:3233413‑M2/76‑62 (MQ=255) cttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGtt > 2:5977085‑M2/9‑76 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc < 1:8092954‑M2/69‑1 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCCAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCa > 1:5463196‑M2/7‑76 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCa > 2:4547005‑M2/7‑76 (MQ=255) ccGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgcggatgaatt > 2:5238873‑M2/1‑12 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta > 1:2340197‑M2/1‑11 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAgg < 2:1255174‑M2/72‑1 (MQ=255) gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAggg < 2:3013065‑M2/73‑1 (MQ=255) gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAggg < 1:6962347‑M2/73‑1 (MQ=255) gggCCGCAACCCCGGGGGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAggg > 2:2216877‑M2/4‑76 (MQ=255) gCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactct > 2:8270855‑M2/1‑7 (MQ=255) ccGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctc < 1:2476618‑M2/76‑71 (MQ=255) aaCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAt > 2:5350139/1‑76 (MQ=255) aaCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAt < 1:2879017/76‑1 (MQ=255) acccataagcgctaacttaagggttgtggtattgcgccatatatgatttaacgtgccgatgaattgctctcacgat > 2:4596414‑M2/1‑1 (MQ=255) | AGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524452‑4524602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |