| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,505,284 | 0 | A | G | 35.1% | 201.7 / 69.1 | 111 | E46G (GAA→GGA) | ECB_01416 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/64); new base G (39/0); total (47/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-22 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
GGTTAAACATAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAATGGCATTCCGGTC > REL606/1505210‑1505357 | ggTTAAACATAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGaa > 2:4072591/1‑76 (MQ=255) gTTAAACATAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGaaa < 1:981635/76‑1 (MQ=255) ttAAACATAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGgaaa > 2:927456/1‑75 (MQ=255) ttAAACATAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAAt > 1:7317862/1‑76 (MQ=255) ttAAACATAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAAt > 2:7340930/1‑76 (MQ=255) ttAAACATAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAAt > 2:4212232/1‑76 (MQ=255) tAAACATAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAAtt < 2:2023264/76‑1 (MQ=255) aaaCATAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAAtta > 2:2203402/1‑75 (MQ=255) aCATAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGaa < 2:5713767/76‑1 (MQ=255) cATAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAg < 1:4041394/76‑1 (MQ=255) cATAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAg < 1:3337155/76‑1 (MQ=255) aTAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGa > 2:2051270/1‑76 (MQ=255) tAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTAGGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAAATGAAGAt > 1:6685439/1‑76 (MQ=255) aaaTTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGGATTGAAGAtt > 1:8346052/1‑76 (MQ=255) aaaTTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGaat > 1:2244215/1‑74 (MQ=255) aaaTTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAAATGAAGAtt > 2:6767696/1‑76 (MQ=255) aaaTTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGAtt < 2:1196911/76‑1 (MQ=255) ttATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGGAATTAAGAttttt > 2:7480643/1‑75 (MQ=255) tATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGAtttttg > 1:8008114/1‑74 (MQ=255) aTCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGa > 1:255731/1‑76 (MQ=255) cTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCAGGGGAATGGAAAATTTTggca > 1:513109/1‑74 (MQ=255) cTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTTAAGATTTTTGACa > 1:7597141/1‑76 (MQ=255) cTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAAATGAAGATTTTTGACa > 2:5555548/1‑76 (MQ=255) tGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGACAt > 2:247692/1‑76 (MQ=255) tGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACAt < 2:5751129/76‑1 (MQ=255) tGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACAt < 2:4834517/76‑1 (MQ=255) gCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGGATTGAAGAATTTTGGCATg > 1:3469154/1‑76 (MQ=255) gCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGGCATg > 1:3962792/1‑76 (MQ=255) tATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTGGACATGaa > 2:4762916/1‑76 (MQ=255) tATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAAATGAAGATTTTGGACATGaa > 1:862791/1‑76 (MQ=255) aTTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGGATTGAAGAATTTtgaaatgaaa > 1:4370877/1‑76 (MQ=255) aTTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTTAAGAATTTTGACCTGaaa > 1:2486368/1‑76 (MQ=255) aTTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTGGGCATGaaa > 1:2071937/1‑76 (MQ=255) ttttttttCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGAATTTTGGGATGaaaa > 1:162181/1‑75 (MQ=255) ttttGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGGGATGAAAg > 2:4229639/1‑76 (MQ=255) ttttGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGAATTTGGGTATGaaaa > 2:302167/1‑75 (MQ=255) ttttGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAg < 1:138734/76‑1 (MQ=255) tttGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTGGGCATGAAAGa > 2:4410131/1‑76 (MQ=255) tGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGGAAATTTTTGGTATGAAAGACt > 2:58930/1‑76 (MQ=255) tGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACt > 2:7956976/1‑76 (MQ=255) tGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGACTTTGTGCATGGAAGaat > 1:4839566/1‑74 (MQ=255) tGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACt < 2:1766093/76‑1 (MQ=255) gTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACtt > 1:1924688/1‑76 (MQ=255) gTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAAATTAAGGTTTTTGACATGAAAGACtt > 1:6471659/1‑76 (MQ=255) gTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACtt < 1:2973902/76‑1 (MQ=255) gTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACtt < 2:4584682/76‑1 (MQ=255) tttCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGTCATGAAAGACTTg > 1:6474845/1‑76 (MQ=255) ttCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGGATTGAAGATTTTTGACATGAAAGACTTGa > 1:115255/1‑76 (MQ=255) ttCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGACATGAAAGACttta > 2:129148/1‑74 (MQ=255) tctcACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGACATGAAAGAATTGaa > 1:5827103/1‑76 (MQ=255) ctcACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGACATGAAAAACTTTAAt > 2:5221255/1‑76 (MQ=255) tcACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTTAAAATTTTTGACATGAAAGAATTGaaag > 1:4728398/1‑74 (MQ=255) cACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGACATGAAAAAATTGAATgg > 2:3170690/1‑76 (MQ=255) cACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGAAATGAAAGACTTGAATgg > 2:4286921/1‑76 (MQ=255) cACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAAATGAAGAATTTTGGCATGAAAGACTTGAATgg > 1:7122445/1‑76 (MQ=255) aCCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTTAAGATTTTTGGCATGAAAGACTTGAATGGc > 2:274894/1‑76 (MQ=255) ccGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGACATGAAAGACTTTAATgggt > 2:2910388/1‑74 (MQ=255) ccGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCt < 1:1767528/76‑1 (MQ=255) ccGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCt < 2:3336642/76‑1 (MQ=255) cGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTTAAGATTTTTGACATGAAAAACTTGAATGGCTa > 1:5275932/1‑76 (MQ=255) gTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGGCATGAAAAACTTTAATGGCTaa > 1:5469660/1‑76 (MQ=255) gTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGGTaa > 2:5777087/1‑76 (MQ=255) gTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTaa > 2:914958/1‑76 (MQ=255) gTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAAATTTTTGACATGAAAGAATTGAATGGCTaa > 2:3567943/1‑76 (MQ=255) gTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTaa < 2:1986667/76‑1 (MQ=255) tATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGACATGAAAGACTTTAATGGGTaaa > 1:4989546/1‑76 (MQ=255) tATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTaaa < 2:4562832/76‑1 (MQ=255) aTGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTTAAGATTTTGGACATGAAAGAATTGAATGGGTaaaa > 2:4331770/1‑75 (MQ=255) aTGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGGTaaaa > 2:8041537/1‑75 (MQ=255) aTGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAg < 1:6157191/76‑1 (MQ=255) aTGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑CGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAg > 1:4440293/1‑76 (MQ=255) tgtgCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGa < 2:8149739/76‑1 (MQ=255) tgCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTTAAGATTTTTGACATGAAAAACTTTAATGGCTAaaaaaa > 1:7844900/1‑76 (MQ=255) tgCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTTAATGGGTAAAGaaa > 1:8228563/1‑76 (MQ=255) cAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAaaaaaaaa > 2:1104430/1‑74 (MQ=255) gTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATg < 2:887497/76‑1 (MQ=255) aTTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGACATGAAAGACTTTAATGGCTAAAGAAAAATtgtg > 2:1259071/1‑76 (MQ=255) gCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGAtt > 1:2699686/1‑76 (MQ=255) gCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGAtt < 1:1979706/76‑1 (MQ=255) cAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAAAAAAATGGTGGttt > 1:7004624/1‑76 (MQ=255) cAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAAAATGGGGAttt > 2:6331993/1‑76 (MQ=255) gTGCCGATGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGGTAAAGAAATATTGTGATTTTGa > 1:7133598/1‑76 (MQ=255) tGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGAt < 1:7499842/76‑1 (MQ=255) tGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGAt < 1:5271836/76‑1 (MQ=255) gCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATa < 1:3296917/76‑1 (MQ=255) cGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAAt < 2:3422620/76‑1 (MQ=255) aTGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAAAAATATAGGGATTTTTATaaaag > 2:1379018/1‑73 (MQ=255) tGAGTGGCA‑GGGAATTGAAGATTTTTGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAAAATGGGGATTTTTTTAATAGc > 2:1873217/1‑76 (MQ=255) tGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAATGGc < 1:6019972/76‑1 (MQ=255) tGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAATGGc < 1:3658032/76‑1 (MQ=255) gAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAATGGCa > 1:1091549/1‑76 (MQ=255) aGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAATGGCAt < 1:348546/76‑1 (MQ=255) gTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAATGGCAtt < 2:5336109/76‑1 (MQ=255) ggCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAATGGCATTcc < 1:4116680/76‑1 (MQ=255) ggCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAATGGCATTcc > 1:2762850/1‑76 (MQ=255) gCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAATGGCATTCCg < 1:7192063/76‑1 (MQ=255) gCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAATGGCATTCCg > 2:4669538/1‑76 (MQ=255) cA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAATGGCATTCCgg < 2:6953463/76‑1 (MQ=255) a‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAATGGCATTCCGGt > 1:1614088/1‑76 (MQ=255) ggAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAATGGCATTCCGGTc < 1:1020224/76‑1 (MQ=255) | GGTTAAACATAAATTATCTGCTATTTTGTTTCTCACCGTATGTGCAGTAATTGCAGGTGCCGATGAGTGGCA‑GGAAATTGAAGATTTTGGACATGAAAGACTTGAATGGCTAAAGAAATATGGTGATTTTGATAATGGCATTCCGGTC > REL606/1505210‑1505357 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |