| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,982,697 | 0 | T | G | 38.0% | 451.4 / 10.0 | 200 | intergenic (+74/‑165) | asnT/yeeJ | tRNA‑Asn/adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/92); new base G (76/0); total (108/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-29 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTC > REL606/1982622‑1982772 | cAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGt < 1:187471/76‑1 (MQ=255) aaaTTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGtt < 2:2987955/76‑1 (MQ=255) aaaTTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGtt < 2:4118898/76‑1 (MQ=255) ttCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGttttt < 2:1449531/76‑1 (MQ=255) ttCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGttttt < 1:5697293/76‑1 (MQ=255) tCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTa < 2:614009/76‑1 (MQ=255) tCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTa < 1:5841987/76‑1 (MQ=255) tCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAACGGGgttttt > 1:7198818/1‑75 (MQ=255) tAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAAc < 1:4246783/76‑1 (MQ=255) tAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAAc < 1:1096392/76‑1 (MQ=255) aaaaaTTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAACGGGGTTTTAACa > 1:1959302/1‑76 (MQ=255) aaaaaTTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAACGGGGTTTTAACa > 1:7331140/1‑76 (MQ=255) aaaaTTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACAt < 2:6475296/76‑1 (MQ=255) aaaTTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTATCGGATAGCGGGTTTTTAACATc > 2:3563577/1‑76 (MQ=255) aTTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCtt < 1:4743252/76‑1 (MQ=255) ttCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTa < 2:1648301/76‑1 (MQ=255) ttCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTa > 2:7907317/1‑76 (MQ=255) cGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAg < 1:3181231/76‑1 (MQ=255) cGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTaaa > 1:1131799/1‑75 (MQ=255) gCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAgc < 2:3530640/76‑1 (MQ=255) ttttttAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTTACATCTTAAgcgc > 1:1417039/1‑76 (MQ=255) ttttAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTTAAATCTTAAGCGccc > 1:6001699/1‑76 (MQ=255) ttttAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAACGGGTTTTTAACATCTTAAGCGccc > 2:3383332/1‑76 (MQ=255) tttAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTTACATCTTAAGCGcccc > 1:6624663/1‑75 (MQ=255) tttAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGcccc > 1:5088879/1‑75 (MQ=255) tAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCg < 2:7138296/76‑1 (MQ=255) tAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCg < 1:7015705/76‑1 (MQ=255) tAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCg < 2:1996760/76‑1 (MQ=255) tAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCg < 1:3690602/76‑1 (MQ=255) tAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTTACATCTTAAGCGcccccc > 1:4866177/1‑73 (MQ=255) tAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAACGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTcc > 1:7992104/1‑75 (MQ=255) aGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGa < 2:6202910/76‑1 (MQ=255) cAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCCAccct > 2:1383288/1‑74 (MQ=255) aaTGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCttt > 2:3960347/1‑76 (MQ=255) aaTGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCttt > 2:8118620/1‑76 (MQ=255) aaTGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCCACCttt > 2:3297053/1‑76 (MQ=255) aaTGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCCCGACCttt > 2:6948292/1‑76 (MQ=255) aTGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTa > 1:8128300/1‑76 (MQ=255) tGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTAt > 1:1624526/1‑76 (MQ=255) tCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGa > 1:6262380/1‑67 (MQ=255) tCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATgg > 2:887187/1‑76 (MQ=255) tCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAACGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCCTTATgg > 2:2595400/1‑76 (MQ=255) cACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGt > 2:3362936/1‑76 (MQ=255) aCTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGtt < 1:5367885/76‑1 (MQ=255) aCTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGtt > 1:3831901/1‑76 (MQ=255) cTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTg < 1:5531317/76‑1 (MQ=255) cTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTg < 2:231658/76‑1 (MQ=255) gACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAg < 2:4057429/76‑1 (MQ=255) aCCTTAGTTGAACATTGTGTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAgg < 1:1297561/76‑1 (MQ=255) cTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGc < 1:4186640/76‑1 (MQ=255) ttAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAggggg > 1:2886614/1‑74 (MQ=255) tAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTTAGCGCCCTCGACCTTTTTGGTTGggggggg > 2:368624/1‑73 (MQ=255) tAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTTAGCGCCCTCGACCTTTATTGTTGAGGGCGt > 1:8203152/1‑76 (MQ=255) tAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAgggggg > 1:6394566/1‑73 (MQ=255) tAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAACGGGGTTTTTACATCTTTAGAGGCGCCGACCTTTTTGGTTTTGGGCGt > 1:6856303/1‑76 (MQ=255) tAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAACGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGt > 2:5347745/1‑76 (MQ=255) aGTTGAACATTTTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGtt < 2:170089/76‑1 (MQ=255) aGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCggt > 1:5646470/1‑74 (MQ=255) aGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAACGGGGTTTTAACATTCTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCggt > 2:2776181/1‑74 (MQ=255) gTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCATGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGTCCTTTATGGTTGAGGGCGttt < 2:2213730/76‑1 (MQ=255) gTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAACGGGGTTTTTAAATCTTAAGCCCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGGGttt > 2:4443038/1‑76 (MQ=255) ttGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGtttt < 2:5535627/76‑1 (MQ=255) ttGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGgttt > 2:4908838/1‑76 (MQ=255) aaCATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCt < 2:1223960/76‑1 (MQ=255) aaCATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCt < 2:5996579/76‑1 (MQ=255) aaCATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCt < 2:6801670/76‑1 (MQ=255) aaCATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGGGGTTTGCt > 2:6110133/1‑76 (MQ=255) aCATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTa > 1:3353997/1‑76 (MQ=255) cATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGGTTTGCTAt > 2:1651704/1‑76 (MQ=255) aTTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATg < 2:740791/76‑1 (MQ=255) aTTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATg < 1:7751179/76‑1 (MQ=255) ttGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGa < 2:76292/76‑1 (MQ=255) tgttgtTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGaa < 2:6658869/76‑1 (MQ=255) tGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGaa < 2:5031421/76‑1 (MQ=255) gTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAAc < 1:3080448/76‑1 (MQ=255) gTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAAc < 2:6601279/76‑1 (MQ=255) gTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAAc < 2:3118919/76‑1 (MQ=255) ttttttAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACg < 1:7894217/76‑1 (MQ=255) ttttttAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACg < 2:6253625/76‑1 (MQ=255) ttttAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTTAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGGTTTGCTATGCACGcc > 2:7960516/1‑76 (MQ=255) ttAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCAt > 1:2071572/1‑76 (MQ=255) ttAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCAt > 2:8270416/1‑76 (MQ=255) tAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGGGGTTTTCTATGAACGCCATc > 2:6400609/1‑76 (MQ=255) tAACGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGGGGTTTGCTATGAACGCCacc > 1:4484310/1‑74 (MQ=255) aaCGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGGGGTTTGCTTTGAACGCCATCa > 2:4252257/1‑76 (MQ=255) aaCGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTTCTATGAACGCCCTCa > 2:7328050/1‑76 (MQ=255) aaCGGATAGCGGGGTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGTACGCCATCa > 2:5845369/1‑76 (MQ=255) ggATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCa < 1:2151385/76‑1 (MQ=255) gATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCAt > 2:1821244/1‑76 (MQ=255) aTAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCAtt > 1:3535981/1‑76 (MQ=255) aTAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCAtt > 1:2628588/1‑76 (MQ=255) tAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCAttt > 2:3754071/1‑76 (MQ=255) tAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCAttt > 2:2500198/1‑76 (MQ=255) aGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCAtttt > 2:3694839/1‑76 (MQ=255) aGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCAtttt < 2:4662504/76‑1 (MQ=255) gCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTc < 1:8064644/76‑1 (MQ=255) gggTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTccc > 1:4412562/1‑76 (MQ=255) ggTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTcccc > 1:95426/1‑76 (MQ=255) gTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCt > 2:4728765/1‑76 (MQ=255) tttttAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTc > 1:1711020/1‑76 (MQ=255) | CAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTC > REL606/1982622‑1982772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |