| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 390,957 | 0 | A | C | 34.6% | 497.8 / 74.3 | 229 | H7P (CAC→CCC) | malZ | maltodextrin glucosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (133/16); new base C (0/79); total (133/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-45 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
GAGTGATCCTGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTGACGGGCGAAGACCC > REL606/390882‑391032 | gaGTGATCCTGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCa < 2:8319385/76‑1 (MQ=255) aGTGATCCTGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCAc < 1:945281/76‑1 (MQ=255) gTGATCCTGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCAcc < 2:5591090/76‑1 (MQ=255) gTGATCCTGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCAcc > 1:2483094/1‑76 (MQ=255) tGATCCTGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCt > 1:4800966/1‑76 (MQ=255) gATCCTGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTg > 2:486676/1‑76 (MQ=255) gATCCTGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTg > 2:589420/1‑76 (MQ=255) gATCCTGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTg > 2:1999762/1‑76 (MQ=255) ccTGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCg > 2:1300023/1‑76 (MQ=255) cTGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCgg > 2:5357561/1‑76 (MQ=255) cTGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCgg < 2:2531919/76‑1 (MQ=255) tGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGt > 2:4714484/1‑76 (MQ=255) cATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGc > 2:551680/1‑76 (MQ=255) cATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGc > 2:2622586/1‑76 (MQ=255) cATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGc > 2:64498/1‑76 (MQ=255) tAGGCTATGGCAAGGTGATCAGTTTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGcccc < 1:2633576/76‑1 (MQ=255) tAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGcccc > 2:1498714/1‑76 (MQ=255) tAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGcccc > 1:2988010/1‑76 (MQ=255) tAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGaccc > 1:6493251/1‑76 (MQ=255) aGGCTGTGGCAAGGTGATCATATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGccccc < 2:7526850/76‑1 (MQ=255) aGGCTATGGCAAGGTGATCAGTTTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGccccc < 2:5677006/76‑1 (MQ=255) aGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGATTTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGccccc < 1:4524511/76‑1 (MQ=255) aGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGccccc > 2:6874862/1‑76 (MQ=255) ggCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTAAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCa < 2:2333050/76‑1 (MQ=255) gCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCAt < 1:6740430/76‑1 (MQ=255) cTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCAtt > 2:5233213/1‑76 (MQ=255) aTGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTg > 2:4208010/1‑76 (MQ=255) aTGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTg > 1:4654976/1‑76 (MQ=255) aTGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTg > 2:5991420/1‑76 (MQ=255) tGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGt > 1:3183711/1‑76 (MQ=255) tGGCAAGGGGATCATATTTTCATCACAGGGGAATTATGATTTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGt < 2:1832189/76‑1 (MQ=255) ggCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGtt < 2:7585870/76‑1 (MQ=255) gCAGGGTGATCATTTTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAACGCAGGCCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTa < 1:3555266/76‑1 (MQ=255) cagggTGATCATATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGCCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTaa < 2:3148151/73‑1 (MQ=255) cAAGGTGATCATTTTTTCATCACAGGGAAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTaa < 1:6145453/76‑1 (MQ=255) cAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTaa < 1:6191726/76‑1 (MQ=255) aaGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTaaa < 1:2378408/76‑1 (MQ=255) aaGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTaaa > 1:2163008/1‑76 (MQ=255) aaGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGAAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTaaa < 1:8206515/76‑1 (MQ=255) aGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAAc < 1:5625177/76‑1 (MQ=255) aGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAAc > 1:5108989/1‑76 (MQ=255) ggTGATCAGTTTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTAAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAAca < 1:6923326/76‑1 (MQ=255) gTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAAcaa > 2:3708656/1‑76 (MQ=255) tGATCATTTTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAAcaaa < 1:3944626/76‑1 (MQ=255) gATCAGTTTTTCATCACGGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAAcaaag < 1:5427933/76‑1 (MQ=255) agtttttCATCACAGGGAATTTAGGATGTAAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAAcaaagcaaa < 1:2745213/73‑1 (MQ=255) ttttttCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAAcaaagcaaag < 1:5525832/74‑1 (MQ=255) aTTTTCATCGAAGGGGAATTATGTTGTGAAATGCTTGGCTCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGa < 2:3833240/76‑1 (MQ=255) ttttCAGCAGGGGGGAATTATGATTTAAATTGCAGGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGAt < 1:1098160/76‑1 (MQ=255) tttCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATc > 1:7747614/1‑76 (MQ=255) ttCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCa > 1:7056850/1‑76 (MQ=255) ttCACCACAGGGGAATTATGATGTAAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCa < 1:4089188/76‑1 (MQ=255) tcatcaCAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCaa < 2:6103565/76‑1 (MQ=255) tcatcaCAGGGGAATTATGATGTAAAATGCATGCCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCaa < 1:2727431/76‑1 (MQ=255) tcaCGGGGAAATTATGATGTAAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTg < 1:1838425/76‑1 (MQ=255) cacaGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGc > 1:1025574/1‑76 (MQ=255) cacaGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGc > 2:671270/1‑76 (MQ=255) cacaGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGc > 2:6287677/1‑76 (MQ=255) cacaGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGc > 2:2131501/1‑76 (MQ=255) cacaGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGc > 1:1967192/1‑76 (MQ=255) caGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTc < 1:1374141/76‑1 (MQ=255) caGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTc > 2:8170372/1‑76 (MQ=255) caGGGGAATTATGATGTAAAAGGCAGGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTc < 2:4949665/76‑1 (MQ=255) aaGGGGAATTAGGATGTTAAATGCATGCCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTc < 2:331663/75‑1 (MQ=255) aGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCa > 2:4473925/1‑76 (MQ=255) aGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCa > 1:3856937/1‑76 (MQ=255) aGGGGAATTATGATGTAAAAGGCATGCCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCa < 1:3274757/76‑1 (MQ=255) gggAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATa > 1:8047343/1‑76 (MQ=255) ggAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATaa > 1:5283598/1‑76 (MQ=255) gAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAac > 1:5452960/1‑76 (MQ=255) gAATTATGATGTAAAAGCCAGGCCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAac < 1:7610189/76‑1 (MQ=255) aaTTATGTTGTAAAATGCAGGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAaca < 1:2558572/76‑1 (MQ=255) aaTTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAaca > 2:3904516/1‑76 (MQ=255) aaTTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAaca > 2:2737934/1‑76 (MQ=255) aaTTATGATGTAAAATGCAGGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAaca < 1:2857445/76‑1 (MQ=255) aTTATGATTTTAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAacac < 2:605558/76‑1 (MQ=255) aTTATGATGTTAAATGCATGCCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAacac < 2:7400871/76‑1 (MQ=255) aTTATGATGTAAAATGATGGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAacac < 2:2465304/76‑1 (MQ=255) ttATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACt > 2:6159099/1‑76 (MQ=255) taagatgTTAAAGCCAGGACAACTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACtg < 1:2101976/73‑1 (MQ=255) tATGATGTTAAATGCATGCCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACtg < 1:1538292/76‑1 (MQ=255) tggatgTAAAATGCATGCCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACtgt < 1:7283666/74‑1 (MQ=255) atgatgTAAAATGCATGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACtgt < 2:1060647/76‑1 (MQ=255) gatgTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTgg > 2:17235/1‑76 (MQ=255) tgTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCt < 2:5805619/76‑1 (MQ=255) tgTTAAATGCATGCCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCt < 2:7299481/76‑1 (MQ=255) gTTAAATGCCTGCCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTg < 2:2848386/76‑1 (MQ=255) ttAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTGa > 1:6817395/1‑76 (MQ=255) ttAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTGa > 2:7966601/1‑76 (MQ=255) taaaaTGCGTGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTGa < 1:1639088/74‑1 (MQ=255) tAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTGag > 2:1252576/1‑75 (MQ=255) tAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTGAc > 1:2752204/1‑76 (MQ=255) aaaTGGAGGGCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTGACg < 2:4118271/76‑1 (MQ=255) aaaTGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTGACg > 2:7747518/1‑76 (MQ=255) aaaTGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTGACg > 1:605329/1‑76 (MQ=255) tGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGCGGCTGgcgcgc > 2:1701494/1‑76 (MQ=255) tGCATGCCCCCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTGACGGGc < 2:7246572/76‑1 (MQ=255) aTGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTGACGGGGGaa > 2:5106585/1‑76 (MQ=255) aTGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTGACGGGCgga > 1:2361722/1‑74 (MQ=255) aTGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTGACGGGCGaa > 1:7895533/1‑76 (MQ=255) | GAGTGATCCTGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATAACACTGTGGCTGACGGGCGAAGACCC > REL606/390882‑391032 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |