| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,164,603 | T→C | S1250P (TCT→CCT) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,164,603 | 0 | T | C | 99.6% | 1156.9 / ‑4.9 | 276 | S1250P (TCT→CCT) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (168/107); total (169/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
AACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGG > REL606/4164530‑4164675 | aaCCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCt > 2:6434209/1‑76 (MQ=255) aCCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCtt > 2:4853997/1‑76 (MQ=255) ccGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTa > 2:3212015/1‑76 (MQ=255) ccGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTa < 1:3519550/76‑1 (MQ=255) gTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACa > 1:7764216/1‑76 (MQ=255) ttGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAg > 2:3877271/1‑76 (MQ=255) tGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGc > 1:6474593/1‑76 (MQ=255) gTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCt < 2:5702367/76‑1 (MQ=255) ttACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTg > 2:1073430/1‑76 (MQ=255) ttACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTg > 2:3571100/1‑76 (MQ=255) ttACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTg > 2:8238767/1‑76 (MQ=255) acatgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGt > 1:2002272/1‑76 (MQ=255) catgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGtt < 2:4211088/76‑1 (MQ=255) atgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCTCCGGTCCTTACAGCCTGGTTa < 2:4118494/76‑1 (MQ=255) atgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTa < 1:1003043/76‑1 (MQ=255) atgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTa > 1:6745865/1‑76 (MQ=255) atgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTa < 2:2158238/76‑1 (MQ=255) tgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTAc > 1:6765015/1‑76 (MQ=255) tgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTAc < 1:4104651/76‑1 (MQ=255) gtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACt > 2:4316105/1‑76 (MQ=255) gtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACt > 1:5926821/1‑76 (MQ=255) catgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTcag > 2:8065476/1‑76 (MQ=255) catgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcag < 2:7048502/76‑1 (MQ=255) catgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcag < 1:444811/76‑1 (MQ=255) catgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcag < 1:6314974/76‑1 (MQ=255) catgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcag > 1:50978/1‑76 (MQ=255) atgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcagc > 1:957071/1‑76 (MQ=255) tgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcagca > 2:2816013/1‑76 (MQ=255) tgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcagca < 1:3799600/76‑1 (MQ=255) tgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcagca < 1:896971/76‑1 (MQ=255) gCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcagcag > 2:7889329/1‑76 (MQ=255) gCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcagcag > 2:7406797/1‑76 (MQ=255) tGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCTACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGcc > 2:1353362/1‑76 (MQ=255) tGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGcc > 1:3351697/1‑76 (MQ=255) tGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGcc < 1:1355487/76‑1 (MQ=255) tGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGcc > 1:5211393/1‑76 (MQ=255) tGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGcc > 1:8104136/1‑76 (MQ=255) tGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGAACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGcc > 2:1894371/1‑76 (MQ=255) gAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCg > 2:8328298/1‑76 (MQ=255) gAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCg < 1:6862806/76‑1 (MQ=255) gAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCg > 1:849419/1‑76 (MQ=255) cTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTgg > 2:3370265/1‑76 (MQ=255) cTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTgg < 1:1938997/76‑1 (MQ=255) cTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTgg > 2:5301016/1‑76 (MQ=255) aaCCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtg < 2:2428382/76‑1 (MQ=255) aaCCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtg > 2:2291755/1‑76 (MQ=255) accaccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtgg > 2:1767466/1‑76 (MQ=255) cccccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtggt < 1:4974330/73‑1 (MQ=255) cccccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtggt < 1:2307506/73‑1 (MQ=255) ccaccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtggt < 1:3706118/76‑1 (MQ=255) caccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTa > 1:2758825/1‑76 (MQ=255) accTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTaa < 1:1787316/76‑1 (MQ=255) ccTGTTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAg < 2:5798858/76‑1 (MQ=255) ccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCTTTCCCCCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAg < 2:7201393/76‑1 (MQ=255) ccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCTTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAg < 2:5840567/76‑1 (MQ=255) ccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAg < 2:3506025/76‑1 (MQ=255) ccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAg > 1:7853445/1‑76 (MQ=255) ccTGGTCGACGACAAGAGGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGTTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAg < 2:917540/76‑1 (MQ=255) cTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAgg > 2:1541460/1‑76 (MQ=255) tGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGc < 1:5623260/76‑1 (MQ=255) ggTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGca > 1:2415813/1‑76 (MQ=255) ggTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGca > 1:7608569/1‑76 (MQ=255) gTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcac > 2:610895/1‑76 (MQ=255) tCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcaca < 1:4875588/76‑1 (MQ=255) tCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcaca > 2:3243919/1‑76 (MQ=255) tCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcaca < 1:8189453/76‑1 (MQ=255) tCGACGACAAGATGCACGCGCGTCCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcaca < 1:4823436/76‑1 (MQ=255) cgccgaaAAGATGCCCGCGCTTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAg < 2:6617292/73‑1 (MQ=255) gacgacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGt > 1:4368019/1‑76 (MQ=255) gacgacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGt > 2:5934516/1‑76 (MQ=255) acgacAAGATGCCCGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGtt < 2:6828132/76‑1 (MQ=255) acgacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCCCAGtt > 1:7151632/1‑76 (MQ=255) acgacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGtt < 1:2661897/76‑1 (MQ=255) cgacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACCGTTc > 2:7743985/1‑76 (MQ=255) cgacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTc < 1:3057991/76‑1 (MQ=255) cgacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTc < 2:3722679/76‑1 (MQ=255) gacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCg > 2:8150390/1‑76 (MQ=255) acAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCgg < 1:3975980/76‑1 (MQ=255) cAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCggt > 2:4012287/1‑76 (MQ=255) aaGATGCCCGCGCGTCCCCCCGGTCCTGACAGCCTGGTTCCTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCggtg < 1:3578739/76‑1 (MQ=255) gATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCggtggt < 1:2940847/76‑1 (MQ=255) gtGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTc < 2:4614524/75‑1 (MQ=255) tGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCa < 2:2385455/76‑1 (MQ=255) tGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGGCa > 2:5025526/1‑76 (MQ=255) gCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAg > 1:1676099/1‑76 (MQ=255) cACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGc > 2:2940187/1‑76 (MQ=255) cgcgcgTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGt > 1:2572283/1‑76 (MQ=255) cgcgTTCCCCCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGttt < 1:4654817/76‑1 (MQ=255) cgcgTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGttt > 2:5478123/1‑76 (MQ=255) cgcgTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGttt > 2:753674/1‑76 (MQ=255) ttCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCggg > 1:516138/1‑76 (MQ=255) tCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCgggg > 2:1284491/1‑76 (MQ=255) tCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCgggg > 1:4487250/1‑76 (MQ=255) ccACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGga < 1:1153287/76‑1 (MQ=255) ccccGGTCCTTCCAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGgag < 2:1154585/74‑1 (MQ=255) cACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCgggggg > 2:6327228/1‑74 (MQ=255) aCCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGggga > 1:549592/1‑76 (MQ=255) aCCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGgaga > 2:1721720/1‑76 (MQ=255) aCCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGgaga > 2:1214454/1‑76 (MQ=255) cGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATg < 2:3693081/76‑1 (MQ=255) | AACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGG > REL606/4164530‑4164675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |