| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 548,535 | T→A | intergenic (‑257/‑332) | nmpC ← / → ybcR | outer membrane porin, at locus of qsr prophage; b0553_1/predicted phage lysis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 548,535 | 0 | T | A | 98.1% | 672.6 / 2.0 | 161 | intergenic (‑257/‑332) | nmpC/ybcR | outer membrane porin, at locus of qsr prophage; b0553_1/predicted phage lysis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base A (73/85); total (74/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |