| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,202,635 | T→C | intergenic (‑76/‑124) | iclR ← / → metH | DNA‑binding transcriptional repressor/B12‑dependent methionine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,202,635 | 0 | T | C | 99.6% | 1122.0 / ‑4.3 | 257 | intergenic (‑76/‑124) | iclR/metH | DNA‑binding transcriptional repressor/B12‑dependent methionine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (154/102); total (154/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGT > REL606/4202562‑4202707 | aGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCg > 2:7043826/1‑76 (MQ=255) tctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGAt < 2:4036233/76‑1 (MQ=255) tctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGAt < 1:7480376/76‑1 (MQ=255) tctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGAt < 1:2111529/76‑1 (MQ=255) tctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGAt < 2:1418490/76‑1 (MQ=255) ctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATg < 1:7018328/76‑1 (MQ=255) ccTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAg > 2:5646719/1‑76 (MQ=255) ccTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAg > 1:3636399/1‑76 (MQ=255) 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ttttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtggt > 1:6131700/1‑76 (MQ=255) tttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtggtg > 1:5561714/1‑76 (MQ=255) tttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtggtg > 2:51796/1‑76 (MQ=255) tttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtggtg > 2:2996515/1‑76 (MQ=255) ttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGtggtgg > 2:4015509/1‑76 (MQ=255) ttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGtggtgg > 1:267365/1‑76 (MQ=255) ttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGtggtgg > 1:5986993/1‑76 (MQ=255) tATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTggtggt > 1:3951074/1‑76 (MQ=255) tATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTggtggt > 2:5360715/1‑76 (MQ=255) aTTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTc 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |