Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | REL606 | 3,894,997 | Δ6,934 bp | IS150‑mediated | rbsD–[yieO] | rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | REL606 | 3893603–3894994 | 3901930 | 6937–8328 | 100 [94] | [0] 273 | [insJ‑5]–[yieO] | [insJ‑5],insK‑5,rbsD,rbsA,rbsC,rbsB,rbsK,rbsR,[yieO] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 3652533 | NA (NA) | 259 (1.240) | 114/146 | 0.0 | 100% | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
? | REL606 | 3901931 = | 0 (0.000) | coding (489/1428 nt) | yieO | predicted multidrug or homocysteine efflux system |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
ATTGGGCATATGTTTGCGCGCGTAAAGAAGGCCTGCAATACCTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACAAAA > REL606/3901856‑3902006 | tctgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacag > 2:5309718‑M2/76‑76 (MQ=255) ctgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagg > 1:1526834‑M2/75‑76 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt > 1:4185701‑M2/74‑76 (MQ=255) actccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTg > 1:63144‑M2/72‑76 (MQ=255) ctccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGc > 1:100606‑M2/71‑76 (MQ=255) ctccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGc > 1:5986678‑M2/71‑76 (MQ=255) ctccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGc < 2:3621864‑M2/6‑1 (MQ=255) ctccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGc 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atcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg < 2:1303764‑M2/18‑1 (MQ=255) atcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg > 2:786663‑M2/59‑76 (MQ=255) cggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCa < 2:4350521‑M2/20‑1 (MQ=255) ggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAc > 1:6627575‑M2/56‑76 (MQ=255) ggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAc > 1:3241919‑M2/56‑76 (MQ=255) ggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAc > 2:3910534‑M2/56‑76 (MQ=255) gaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcg < 1:1036743‑M2/22‑1 (MQ=255) aatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgc > 2:1360905‑M2/54‑76 (MQ=255) tcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccg < 2:2224328‑M2/25‑1 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccgc > 1:4081215‑M2/51‑76 (MQ=255) agacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACgccgcc > 1:2367624‑M2/50‑76 (MQ=255) agacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACgccgcc > 1:4500302‑M2/50‑76 (MQ=255) gacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCa < 2:2437898‑M2/28‑1 (MQ=255) cctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAg > 2:3838785‑M2/47‑76 (MQ=255) cctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAg < 2:1812420‑M2/30‑1 (MQ=255) ctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGa > 2:904825‑M2/46‑76 (MQ=255) ctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGa < 1:6769894‑M2/31‑1 (MQ=255) ctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGa > 1:6012128‑M2/46‑76 (MQ=255) tatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGaa < 1:1782667‑M2/32‑1 (MQ=255) tatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGaa > 2:5990998‑M2/45‑76 (MQ=255) atatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc > 2:1646282‑M2/44‑76 (MQ=255) atatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc < 1:5406321‑M2/33‑1 (MQ=255) atatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc > 1:2409452‑M2/44‑76 (MQ=255) tatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACg < 2:318842‑M2/34‑1 (MQ=255) tgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACggg < 1:2928566‑M2/36‑1 (MQ=255) gcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACgggg > 2:4788065‑M2/40‑76 (MQ=255) gcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACgggg < 2:4067748‑M2/37‑1 (MQ=255) 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tgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGccc < 2:20282‑M2/51‑1 (MQ=255) gtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGaccc > 2:2335447‑M2/25‑76 (MQ=255) tccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCcca < 2:4601822‑M2/53‑1 (MQ=255) tccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCcca > 1:5060260‑M2/24‑76 (MQ=255) tccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCcca > 1:5580016‑M2/24‑76 (MQ=255) ccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccac < 1:5309718‑M2/54‑1 (MQ=255) ccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccac > 2:6240187‑M2/23‑76 (MQ=255) ccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccac < 1:4583843‑M2/54‑1 (MQ=255) ccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccac > 1:1973728‑M2/23‑76 (MQ=255) aacttgttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccacca < 2:1344169‑M2/56‑1 (MQ=255) actttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAg < 1:6091711‑M2/57‑1 (MQ=255) ctttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGa < 2:1163746‑M2/58‑1 (MQ=255) tttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGAc < 1:123198‑M2/59‑1 (MQ=255) tttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGAc > 2:6074667‑M2/18‑76 (MQ=255) ttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGAcc > 1:6484373‑M2/17‑76 (MQ=255) tttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGAccc < 1:1378666‑M2/61‑1 (MQ=255) tttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGAccc < 2:5579441‑M2/61‑1 (MQ=255) ttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCg < 2:4631081‑M2/62‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |