| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 3737261 | 195 (0.900) | 4 (0.020) | 4/142 | 21.0 | 2.3% | coding (566/1254 nt) | waaL | Lipid A‑core, surface polymer ligase |
| ? | REL606 | = 3737695 | 161 (0.790) | coding (132/1254 nt) | waaL | Lipid A‑core, surface polymer ligase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
ATGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAG > REL606/3737186‑3737336 | atGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTAt < 2:5176831/76‑1 (MQ=255)atGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTAt < 2:3172772/76‑1 (MQ=255)atGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTAt > 2:2474766/1‑76 (MQ=255) tGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATg < 1:2489136/76‑1 (MQ=255) ggCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGt > 1:4291555/1‑76 (MQ=255) gCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTc > 2:3442098/1‑76 (MQ=255) cTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCt < 1:1397137/76‑1 (MQ=255) tGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTa > 1:1194635/1‑76 (MQ=255) tGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTa < 2:4077957/76‑1 (MQ=255) gCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTaa > 2:6573921/1‑76 (MQ=255) gCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTaa < 2:6044081/76‑1 (MQ=255) gCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAACTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTaa < 2:5385580/76‑1 (MQ=255) cACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTaaa > 2:851229/1‑76 (MQ=255) cgcgTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGt < 2:2805274/76‑1 (MQ=255) cgTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCg < 1:5100769/76‑1 (MQ=255) gTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCgg < 1:2768269/76‑1 (MQ=255) tCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAtt > 1:3305199/1‑76 (MQ=255) cAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAttt < 1:5274969/76‑1 (MQ=255) cAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAttt < 2:4543271/76‑1 (MQ=255) cAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAttt > 1:354026/1‑76 (MQ=255) aGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAtttt < 1:3425267/76‑1 (MQ=255) aGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAtttt > 1:6367166/1‑76 (MQ=255) ttACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaa > 1:966550/1‑76 (MQ=255) ttACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaa > 1:3001193/1‑76 (MQ=255) tACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaaa > 1:6715771/1‑76 (MQ=255) tACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaaa > 1:4852722/1‑76 (MQ=255) aCTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaaaa < 1:2414102/76‑1 (MQ=255) aCTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaaaa > 1:1360633/1‑76 (MQ=255) aCTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTaaaa < 1:5320180/76‑1 (MQ=255) cTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAAt > 1:3042603/1‑76 (MQ=255) aTGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATga < 1:669759/76‑1 (MQ=255) aTGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATga < 1:3486298/76‑1 (MQ=255) aTGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGCCTAAAGTCGGATTTTAAAATga > 1:3227948/1‑76 (MQ=255) tGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATgag < 2:1827309/76‑1 (MQ=255) gACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATgaga < 1:768551/76‑1 (MQ=255) gACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATgaga < 1:1684041/76‑1 (MQ=255) cAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAAt > 2:5257506/1‑76 (MQ=255) cacaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGa < 1:3780935/76‑1 (MQ=255) acaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGAt < 2:4333943/76‑1 (MQ=255) acaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGAt > 2:6579898/1‑76 (MQ=255) acaTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGAt < 2:4666764/76‑1 (MQ=255) caTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATg < 1:4221084/76‑1 (MQ=255) aTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGc > 2:4138715/1‑76 (MQ=255) aTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGc > 2:6773434/1‑76 (MQ=255) aTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGc > 1:2603340/1‑76 (MQ=255) aagctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCa > 1:6039116/1‑76 (MQ=255) gctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGt < 1:4401540/76‑1 (MQ=255) ctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTa < 1:732478/76‑1 (MQ=255) taagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaa > 1:4882177/1‑76 (MQ=255) aagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaaa < 1:6103821/76‑1 (MQ=255) aagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaaa > 1:4568704/1‑76 (MQ=255) agcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaag < 1:6531685/76‑1 (MQ=255) gcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaaga > 1:6274116/1‑76 (MQ=255) cATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaagaa < 2:2230446/76‑1 (MQ=255) cATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaagaa > 1:349608/1‑76 (MQ=255) aTGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaagaag > 2:5070919/1‑76 (MQ=255) gAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAggg < 1:4703722/76‑1 (MQ=255) aaGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGa > 1:6206079/1‑76 (MQ=255) aaGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGa < 1:4751091/76‑1 (MQ=255) aGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaa < 2:6152064/76‑1 (MQ=255) aGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaa > 2:6783644/1‑76 (MQ=255) gTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaa < 1:5463404/76‑1 (MQ=255) gTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaa < 1:212002/76‑1 (MQ=255) gTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaaa > 1:2310446/1‑76 (MQ=255) tAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAg > 1:6331113/1‑76 (MQ=255) aTTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGga > 1:574381/1‑76 (MQ=255) aTTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGga < 1:1253038/76‑1 (MQ=255) ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat < 1:462345/76‑1 (MQ=255) ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAAGGAAAAGgat > 2:3621412/1‑76 (MQ=255) tGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatg > 2:2723362/1‑76 (MQ=255) gTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatga > 2:5767072/1‑76 (MQ=255) gTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatga < 2:1318474/76‑1 (MQ=255) tatataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatgat < 1:6378376/76‑1 (MQ=255) tatataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatgat > 1:145463/1‑76 (MQ=255) tatataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatgat > 1:5640819/1‑76 (MQ=255) tatataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgatgat > 1:5054410/1‑76 (MQ=255) atataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGatgatg > 1:1026015/1‑76 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa < 2:3298786/76‑1 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa < 2:2596716/76‑1 (MQ=255) ataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTa > 1:4081285/1‑76 (MQ=255) taATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAg < 2:1639149/76‑1 (MQ=255) aaTGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGc > 2:6735215/1‑76 (MQ=255) aaTGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGc > 2:6359965/1‑76 (MQ=255) aaTGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGc > 2:56083/1‑76 (MQ=255) tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct < 1:4302584/76‑1 (MQ=255) tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct > 1:6553645/1‑76 (MQ=255) gttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctg > 1:6807356/1‑76 (MQ=255) gttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGGAGCctg > 1:1427738/1‑76 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGGTGATGTAGCctgc > 1:1588943/1‑76 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc > 1:18246/1‑76 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc > 1:3880781/1‑76 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc > 1:1934254/1‑76 (MQ=255) gttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgctg > 2:1679432/1‑76 (MQ=255) gttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgctg > 2:4848591/1‑76 (MQ=255) gttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGActgctg > 1:6618662/1‑76 (MQ=255) ttttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgt > 2:2158347/1‑76 (MQ=255) tttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgtt > 1:3916174/1‑76 (MQ=255) ttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgttg > 1:4034546/1‑76 (MQ=255) ttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgttg > 1:3363931/1‑76 (MQ=255) tATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgttgt > 2:2241491/1‑76 (MQ=255) | ATGGCTGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAG > REL606/3737186‑3737336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |