| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,906,430 | 0 | A | C | 35.1% | 373.5 / 58.6 | 174 | V329G (GTG→GGG) | ptrB | protease II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (107/6); new base C (0/61); total (107/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-40 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
GCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTG > REL606/1906355‑1906503 | gCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAacca < 1:584900/76‑1 (MQ=255) cAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAaccac > 1:861709/1‑76 (MQ=255) cAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAaccac < 1:1928642/76‑1 (MQ=255) aaTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑GCCG‑CGCTGACGCTCTTCAaccacc > 2:5729952/1‑76 (MQ=255) aaTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAaccacc > 1:95343/1‑76 (MQ=255) aaTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAaccacc < 2:4864961/76‑1 (MQ=255) aTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAAccacca < 2:5156366/76‑1 (MQ=255) aTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAAccacca < 2:6894890/76‑1 (MQ=255) aTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAAccacca < 2:4773829/76‑1 (MQ=255) aTACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAAccacca < 2:4305495/76‑1 (MQ=255) tACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCAccag < 2:377499/76‑1 (MQ=255) tACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCAccag > 1:5145330/1‑76 (MQ=255) tACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCAccag > 1:2774596/1‑76 (MQ=255) tACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCAccag > 2:3398319/1‑76 (MQ=255) aCCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCAccagc > 1:4220138/1‑76 (MQ=255) cAATGACTGCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCCccagcca < 2:3550520/76‑1 (MQ=255) aaTGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCAccagccag > 2:6546625/1‑76 (MQ=255) aaTGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCAccagccag < 1:2641699/76‑1 (MQ=255) tGACTCCCCGGTTCTTGCGGTTAATTTGCCGAAAACTGGTTAA‑CCCG‑CCCTGACGCTTTTCACCCCCCAGCCAGTc < 2:2812567/76‑1 (MQ=255) gACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCg > 1:3501597/1‑76 (MQ=255) cTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGGGCAAACTGGTCAA‑CCCG‑GCCTGACGCTCTCAAACCGCCAGCCAGTCgga > 1:5497187/1‑75 (MQ=255) cTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGt > 2:857272/1‑76 (MQ=255) ttCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTa > 2:5336963/1‑76 (MQ=255) ttCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTa > 1:2338700/1‑76 (MQ=255) ttCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTa > 1:3890079/1‑76 (MQ=255) tCCCGGTTCTGGGGTTTATTTTGGCGCAAATTGTTTAA‑CCCC‑CCCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTaa < 2:5091884/76‑1 (MQ=255) tCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTaa > 1:3557668/1‑76 (MQ=255) cccGGGTTTGGCGTTTATTTGGGCGCAAATTGTTTAC‑CCCG‑CCCTGACGCTTTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTaaa < 2:4293043/76‑1 (MQ=255) cccGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTaaa > 2:5834095/1‑76 (MQ=255) ccGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAAc > 1:6064420/1‑76 (MQ=255) cGGTTCTGGCGGTTATTTTGGCACAAACTGTTTAC‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACa < 2:1919565/76‑1 (MQ=255) ggttCTGGCGGTTATTTTGGGGCAATCTGGTTAC‑CCCG‑CGCTGCCGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAg < 2:6481884/73‑1 (MQ=255) gggTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAC‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAg < 1:62774/76‑1 (MQ=255) gggTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAg > 2:1730615/1‑76 (MQ=255) gTCTGGCTGTAAATTTGGCGCAACCGGGTTAC‑CCCG‑CGCTGACCCTCTCCCCCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCg < 2:6109971/76‑1 (MQ=255) tCTTGGGTTTAATTGGGCGCAAACTGTTTAC‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGt < 1:2557132/76‑1 (MQ=255) tCTTGGGGTAAATGTGGCACAACCGGGTGAC‑CCCG‑CGCCGCCGCTCTCCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGt < 2:6350569/76‑1 (MQ=255) tCTTGCGTTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAC‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGt < 1:3610339/76‑1 (MQ=255) tCTTGCGTTTAATTTGGCGCAAACTGGTAAC‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGt < 1:982852/76‑1 (MQ=255) tCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGt > 2:6305488/1‑76 (MQ=255) tCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGt > 2:5316686/1‑76 (MQ=255) tCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGt > 1:1329808/1‑76 (MQ=255) ttggCGTTTATTTTGGCACAACCTGTTTAC‑CCCG‑CTCTGCCGCTTTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTa < 2:4648615/73‑1 (MQ=255) cTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTa > 1:2973735/1‑76 (MQ=255) ttGCGTTTAATTTGCCGAAAACTGGTTAC‑CCCG‑CGCGGCCCCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTaa < 1:4099943/76‑1 (MQ=255) tGCGTTTAATTGGGCGCAACCTGTTTAC‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTaaa < 1:6006372/76‑1 (MQ=255) tGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGTTAAC‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTaaa < 2:3944456/76‑1 (MQ=255) tGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTaaa > 1:5649390/1‑76 (MQ=255) tGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTaaa > 1:3721239/1‑76 (MQ=255) tGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTaaa > 1:2877746/1‑76 (MQ=255) gCGTTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAC‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAAc < 1:3409438/76‑1 (MQ=255) gTTATTTGGGCGCAAACTGTTTAC‑CCCG‑CGCTGCCTCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCt < 2:5957037/76‑1 (MQ=255) gTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCt > 1:2254970/1‑76 (MQ=255) attttGGCGAAACCTGGTTAC‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTcc < 2:3175381/74‑1 (MQ=255) aaTTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTcc > 1:1998003/1‑76 (MQ=255) aaTTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTcc > 1:323706/1‑76 (MQ=255) aaTTTGGCCAAAACTGGTTAC‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTcc < 1:3072618/76‑1 (MQ=255) ttttGGCGCAAACGGGTTAC‑CCCG‑CGCTGACCTCCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCa < 2:6684903/75‑1 (MQ=255) aTTGGGCGCAACCGGGTTAC‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCa < 1:1160846/76‑1 (MQ=255) tttGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAg > 1:1651781/1‑76 (MQ=255) tttGGCGAAAACTGTTCAC‑CCCC‑CGCGGACGCTCTTCACCCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAg < 2:1321029/76‑1 (MQ=255) gcccAAACGGGTTAC‑CCCG‑CGCTGCCGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCatg < 1:3444051/73‑1 (MQ=255) cAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAACCAGCGTAAACCCTTCCAGCatgatg > 1:6967564/1‑76 (MQ=255) aaaCTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGt > 2:6296109/1‑76 (MQ=255) aaCTGTTCAC‑CCCG‑CGCTGACGCTCTACACCCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGtt < 2:4967730/76‑1 (MQ=255) aaCCGGTTTA‑CCCGCCGCTGACGCTCTCCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGt < 2:4546348/76‑1 (MQ=255) aCTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGttt > 2:4099712/1‑76 (MQ=255) cTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGtttt > 2:989989/1‑76 (MQ=255) tGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTc > 1:4834831/1‑76 (MQ=255) ctgTTAACCCCG‑CGCTGCCGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGtttt < 1:2422302/74‑1 (MQ=255) gTTAACCCCG‑CGCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTcg < 2:1081734/76‑1 (MQ=255) ttAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTcgcg > 1:1089455/1‑76 (MQ=255) ttAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTcgcg > 1:5793143/1‑76 (MQ=255) tAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGt > 1:6596739/1‑76 (MQ=255) tAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGt > 2:4192154/1‑76 (MQ=255) ccG‑CGCTGCCGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCg < 2:6664811/76‑1 (MQ=255) ccG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCg > 2:3015675/1‑76 (MQ=255) g‑cgcTGCCCCTCTCCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGa < 1:4064864/76‑1 (MQ=255) g‑cgcTGACGCTTTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGa < 2:2783325/76‑1 (MQ=255) cgcTGCCTCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGaa < 2:3053792/76‑1 (MQ=255) cgcTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGaa > 2:1423547/1‑76 (MQ=255) gcTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAAt > 2:1519386/1‑76 (MQ=255) gcTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAAt > 1:2606679/1‑76 (MQ=255) cTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAAtt > 1:5113284/1‑76 (MQ=255) cTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAAtt > 1:1890972/1‑76 (MQ=255) cTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAAtt > 2:5517829/1‑76 (MQ=255) tGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTa > 2:6186755/1‑76 (MQ=255) ggACGCTCTACACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTa < 1:400162/75‑1 (MQ=255) gACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTaa < 1:3353965/76‑1 (MQ=255) gACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTaa > 2:784109/1‑76 (MQ=255) cccctcaTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAAc < 2:2508179/73‑1 (MQ=255) accctctCCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAAc < 1:4493168/73‑1 (MQ=255) ctctctCCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAAct < 1:249998/74‑1 (MQ=255) gCTCTTCACCCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAActc < 2:1660245/76‑1 (MQ=255) ctctTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAActct > 1:2709337/1‑76 (MQ=255) tctTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGAGGAATTAACTCtt > 2:6518824/1‑76 (MQ=255) ttaaCCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTccc > 2:3990828/3‑76 (MQ=255) tCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTccc > 1:4667351/1‑76 (MQ=255) aacccaccaGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCa < 1:5039935/73‑1 (MQ=255) ccaccaGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTg > 2:2082311/1‑76 (MQ=255) | GCAATACCAATGACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAA‑CCCG‑CGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTCTTCCCACTG > REL606/1906355‑1906503 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |