| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,149,693 | 0 | T | G | 37.0% | 140.4 / 18.9 | 81 | G132G (GGT→GGG) | flgG | flagellar component of cell‑distal portion of basal‑body rod |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/40); new base G (29/1); total (40/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTC > REL606/1149620‑1149768 | cAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCt‑ggtgg < 2:518647/76‑1 (MQ=255)cAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCt‑ggggg > 2:4006028/1‑76 (MQ=255)cAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCt‑ggggg > 1:4731047/1‑76 (MQ=255)cAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCt‑ggggg > 2:122551/1‑76 (MQ=255)cAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCt‑ggggg > 2:1434514/1‑76 (MQ=255) aGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCt‑gggggg > 1:1037724/1‑75 (MQ=255) aGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCt‑gggggg > 1:1679378/1‑75 (MQ=255) aGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑ggtggt < 2:5001080/76‑1 (MQ=255) aTGGTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGgtt > 2:77498/1‑76 (MQ=255) tGGTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGgttt > 1:4069669/1‑76 (MQ=255) tGGTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGgttt > 1:4989852/1‑76 (MQ=255) gTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCa < 2:4731047/76‑1 (MQ=255) gTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCa > 1:3912258/1‑76 (MQ=255) ttCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGCGACGGCT‑GGGGGTTTTCAg > 1:4948842/1‑76 (MQ=255) ttCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGGGGATCAGAACGGGCAGCTGGGGCCGGCTGGGTGGtttcaa > 2:1026682/1‑73 (MQ=255) tcatcaGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTTAgg > 2:4641435/1‑76 (MQ=255) tcaGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGTTTTCAGGTGc > 1:642626/1‑76 (MQ=255) 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taCCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCg < 2:3239851/76‑1 (MQ=255) taCCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCg < 2:4905528/76‑1 (MQ=255) taCCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCg < 2:3590633/76‑1 (MQ=255) taCCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCAGGGGGAGGCAGCg > 2:2247426/1‑76 (MQ=255) taCCAGTGGTGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCg < 2:3385541/76‑1 (MQ=255) ccGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGGTTTCAGGTGCAGCCAGCGGT‑c > 1:3422496/1‑76 (MQ=255) ccGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCAGGTGCAGCCCGCGAT‑c > 1:3698080/1‑76 (MQ=255) cGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑Ca < 1:1929208/76‑1 (MQ=255) cGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCTGGGGCAGCCAGCGAT‑Ca > 1:3808149/1‑76 (MQ=255) gTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGCAGGCT‑GGGGGGTTTTGGGCGCAGGCCGCGAT‑cca > 1:3243639/1‑74 (MQ=255) gACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCa < 1:4285566/76‑1 (MQ=255) aCGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CAccct > 1:1181225/1‑74 (MQ=255) aCGCCTCTTCCAGGGGGGATCAGACGGGGCAGCTGGGGACGGCT‑GGTGGTTTTCGGGTGCGGCAAGCGTT‑C‑CCAtt < 2:2963594/76‑1 (MQ=255) cgtctctTTCTAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCAtt < 2:2963595/73‑1 (MQ=255) cGGTTCTTTCGAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCAtt < 2:4344663/76‑1 (MQ=255) cGGCTGTTTCCAGGAGGACCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCAtt < 1:1722511/76‑1 (MQ=255) cGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCAtt < 2:1046629/76‑1 (MQ=255) cGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTTAGGGGCAGCCAGGGAT‑CACCact > 2:4738750/1‑74 (MQ=255) ggCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTGTTCAGGTGCAGCCCGCGCT‑CACCATTc > 2:4109293/1‑76 (MQ=255) gCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCAGGTGCAGCCAGCGAA‑CACCATTcc > 1:3054420/1‑76 (MQ=255) ctctTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCg > 1:2309807/1‑76 (MQ=255) ctctTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGTTTTTAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCCTTACg > 1:1742539/1‑76 (MQ=255) ctctTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCAGGTGCAGCCCGCGGT‑CACCATTCCg > 1:811039/1‑76 (MQ=255) ctctTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTTCg > 2:3980748/1‑76 (MQ=255) tctTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCgg < 1:3816052/76‑1 (MQ=255) tctTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCAGGGGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCgg > 1:347977/1‑76 (MQ=255) ctTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCAGGTGCAGCCAGCGGT‑CACCATTCCGGc > 2:800678/1‑76 (MQ=255) ctTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCAGGGGCAGCCAGCGAT‑CACCCTTCCGGc > 2:2984102/1‑76 (MQ=255) tttCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCCTTCCGGCg > 1:3058055/1‑76 (MQ=255) tttCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCAGGGGGAGCCAGCGAT‑CCCCATTCCGGCg > 1:3940155/1‑76 (MQ=255) ttCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCCGGGGCAGACAGCGATCCACCTTTCCgggc > 1:1116803/1‑74 (MQ=255) ccAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAAt < 2:4839765/76‑1 (MQ=255) ccAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAAt < 2:2108780/76‑1 (MQ=255) ccAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAAt < 1:3601237/76‑1 (MQ=255) aGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCCGCGAATGc > 1:1598029/1‑76 (MQ=255) aGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCCTTCCGGCGAATGc > 1:2997303/1‑76 (MQ=255) aGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCCGCGAATGc > 2:4765214/1‑76 (MQ=255) ggTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCg > 1:2547472/1‑76 (MQ=255) tGGATCAGGACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGTTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGtt < 1:1224737/76‑1 (MQ=255) tGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGtt < 2:4159084/76‑1 (MQ=255) ggATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CCACATTTCGGCGGAAGCGTTa > 2:3855244/1‑76 (MQ=255) ggATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTa < 2:1702152/76‑1 (MQ=255) ggATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTa < 2:2904046/76‑1 (MQ=255) ggATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTa < 2:558179/76‑1 (MQ=255) tCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGt > 1:2497844/1‑76 (MQ=255) 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gggCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCa < 1:144573/76‑1 (MQ=255) gggCAGCTGGTGACGGCT‑GGGGGGTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCa < 2:4295560/76‑1 (MQ=255) cAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCg < 2:3184916/76‑1 (MQ=255) cAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCg < 1:4187460/76‑1 (MQ=255) cAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCg < 1:4976743/76‑1 (MQ=255) aGCTGGTGACGGCT‑GGGGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCgg > 1:4850627/1‑76 (MQ=255) cTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTc < 2:2607221/76‑1 (MQ=255) ggTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGt < 2:201551/76‑1 (MQ=255) gTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTg > 1:5051111/1‑76 (MQ=255) 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t‑ggtggTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTg < 2:696194/76‑1 (MQ=255) tggtTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTc > 2:1020046/1‑76 (MQ=255) | CAGATGGTTCATCAGCCTATACCCGTGACGGCTCTTTCCAGGTGGATCAGAACGGGCAGCTGGTGACGGCT‑GGTGGTTTTCAGGTGCAGCCAGCGAT‑CACCATTCCGGCGAATGCGTTAAGTATCACCATCGGTCGTGATGGCGTGGTC > REL606/1149620‑1149768 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |