| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 55 (1.180) | 45/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 43 (0.920) | 35/144 | 0.4 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
GAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTCTCTGA > REL606/2774123‑2774271 | gAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtt > 2:1411933/1‑76 (MQ=32)gAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtt > 2:708021/1‑76 (MQ=32)gAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtt > 2:1416988/1‑76 (MQ=32) gCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTa < 1:349576/76‑1 (MQ=38) cATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAc < 1:1121907/76‑1 (MQ=39) cGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAcccc > 1:291417/1‑76 (MQ=255) tttaCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcgcg < 2:29063/73‑1 (MQ=255) aaCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtg < 2:535923/76‑1 (MQ=255) gAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtcgtg > 1:318318/1‑76 (MQ=255) aCCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTAc > 2:1283164/1‑76 (MQ=255) aCCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTAc > 2:1434002/1‑76 (MQ=255) cGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActt > 1:1006955/1‑76 (MQ=255) aGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtct < 1:671309/76‑1 (MQ=255) aGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtct > 2:703822/1‑76 (MQ=255) ggCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtctt > 2:1518263/1‑76 (MQ=255) cGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCg > 2:429162/1‑76 (MQ=255) cGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCg < 1:1401098/76‑1 (MQ=255) tCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGAt > 2:282131/1‑76 (MQ=255) cGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGAtt > 1:301014/1‑76 (MQ=255) gCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTc > 1:1234817/1‑76 (MQ=255) gCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCCTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGAGGCTACTTCTTCGATTc > 2:1368400/1‑76 (MQ=255) aTTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGt < 1:493230/76‑1 (MQ=255) cttcAGATGCTTCACCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTT‑CCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGc < 2:1420520/76‑1 (MQ=25) tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCg < 1:168410/76‑1 (MQ=255) tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCg < 1:935336/76‑1 (MQ=255) tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCg > 2:378053/1‑76 (MQ=255) aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCgag > 1:584712/1‑76 (MQ=255) aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCAAGaa < 1:943117/76‑1 (MQ=255) tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGGGGGGGCTACTTCTTCCATTCGTAAGCGAGCAc > 1:1095812/1‑76 (MQ=25) ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACt > 2:866732/1‑76 (MQ=255) gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTg < 1:927137/76‑1 (MQ=255) cttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTg > 2:1384296/2‑76 (MQ=255) ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGc > 1:50443/1‑76 (MQ=255) ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGc > 1:496961/1‑76 (MQ=255) cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCt > 2:536870/1‑76 (MQ=255) aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTa < 1:155664/76‑1 (MQ=255) cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTaa < 2:16815/76‑1 (MQ=255) cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTaa < 2:773119/76‑1 (MQ=255) ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTaaa < 2:585668/76‑1 (MQ=255) tAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTc > 1:490864/1‑76 (MQ=255) tAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTc > 1:1172386/1‑76 (MQ=255) tAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTc > 2:78018/1‑76 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTcc > 2:310916/1‑76 (MQ=255) aGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATAcc < 2:935786/76‑1 (MQ=255) gcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACg > 2:388822/1‑76 (MQ=255) cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGt < 1:1318346/76‑1 (MQ=255) cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGt < 1:562194/76‑1 (MQ=255) ttATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGtt > 2:820951/1‑76 (MQ=255) ggTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATGCCACGTTCTCTg < 1:784726/76‑1 (MQ=255) gTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTCTCTGa > 1:1259209/1‑76 (MQ=255) | GAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTCTCTGA > REL606/2774123‑2774271 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |