| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,193,694 | G→T | intergenic (‑126/‑31) | yjaB ← / → metA | predicted acetyltransferase/homoserine O‑succinyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,193,694 | 0 | G | T | 90.6% | 158.3 / 14.1 | 53 | intergenic (‑126/‑31) | yjaB/metA | predicted acetyltransferase/homoserine O‑succinyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/0); new base T (27/21); total (32/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.13e-01 | |||||||||||
CTTTCTCACCTTCAACATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACGTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCTACCCGCCGTCAATTTC > REL606/4193620‑4193766 | cTTTCTCACCTTCAACATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACGt > 2:888104/1‑76 (MQ=255) tctcACCTTCAACATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTtata < 1:1462358/76‑1 (MQ=255) tctcACCTTCAACATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACGtata > 1:47865/1‑76 (MQ=255) ctcACCTTCAACATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATaa > 1:280357/1‑76 (MQ=255) cACCTTCAACATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGc > 2:1432155/1‑76 (MQ=255) cACCTTCAACATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGc > 2:1083884/1‑76 (MQ=255) cACCTTCAACATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGc > 2:1022299/1‑76 (MQ=255) aCCTTCAACATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCg > 2:76234/1‑76 (MQ=255) ttCAACATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTAt > 2:1155582/1‑76 (MQ=255) tCAACATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATCTCTAAACTTATAAGCGTATg < 2:732166/76‑1 (MQ=255) cAACATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGt < 2:298907/76‑1 (MQ=255) cATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGt > 2:1100684/1‑76 (MQ=255) cATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGt < 2:25126/76‑1 (MQ=255) tGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCATCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGa < 2:756338/76‑1 (MQ=255) cAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAgg < 1:1501936/76‑1 (MQ=255) aGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGt < 1:498800/76‑1 (MQ=255) ggCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTa < 1:963661/76‑1 (MQ=255) gCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTaa > 2:426750/1‑76 (MQ=255) gCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTaa > 1:942419/1‑76 (MQ=255) tCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATc < 2:311745/76‑1 (MQ=255) tCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATc < 1:1236912/76‑1 (MQ=255) cGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCa > 1:843394/1‑76 (MQ=255) cGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATATGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCa > 2:1364330/1‑76 (MQ=255) gACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAg > 1:1453754/1‑76 (MQ=255) aTTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGtt > 2:650069/1‑76 (MQ=255) ggCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATg < 2:1221336/76‑1 (MQ=255) aaaTTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGCTATGCCg > 2:1437665/1‑76 (MQ=255) aTTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGAt > 2:473753/1‑76 (MQ=255) ntttCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGAtt > 1:1210893/2‑76 (MQ=255) tCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCgt > 1:1146820/1‑76 (MQ=255) tGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCgtgt > 2:1233992/1‑76 (MQ=255) gTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACGTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGc > 1:424302/1‑76 (MQ=255) ttATCTTTTGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGcc > 2:999778/1‑76 (MQ=255) ttATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGcc > 2:1508355/1‑76 (MQ=255) tCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGa < 1:1117915/76‑1 (MQ=255) ttCAGGTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACg > 2:1298270/1‑76 (MQ=255) cAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAg < 2:1146819/76‑1 (MQ=255) cAGCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAg < 2:1462404/76‑1 (MQ=255) gCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCt < 2:1346062/76‑1 (MQ=255) gCTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCt < 2:612434/76‑1 (MQ=255) cTATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCTa < 1:673963/76‑1 (MQ=255) cTATCTGGATGTCTAAACGTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCTa > 1:1380850/1‑76 (MQ=255) tATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCTAc > 1:1077242/1‑76 (MQ=255) tATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCTAc < 2:1331234/76‑1 (MQ=255) tATCTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCTAc < 2:429684/76‑1 (MQ=255) cTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGGGCTACccg < 1:670997/76‑1 (MQ=255) cTGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCTACccg > 1:893433/1‑76 (MQ=255) tGGATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCTACccgc < 2:1127461/76‑1 (MQ=255) ggATGTCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCTACccgcc > 1:904775/1‑76 (MQ=255) ggATGTCTAAACGTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCTACccgcc > 1:367320/1‑76 (MQ=255) tCTAAACTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACAAGCTACCCGCCGTCaa > 1:210403/1‑76 (MQ=255) aaaCTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCTACCCGCCGTCAAttt > 1:347263/1‑76 (MQ=255) aaCTTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCTACCCGCCGTCAATTTc > 1:1506500/1‑76 (MQ=255) | CTTTCTCACCTTCAACATGCAGGCTCGACATTGGCAAATTTTCTGGTTATCTTCAGCTATCTGGATGTCTAAACGTATAAGCGTATGTAGTGAGGTAATCAGGTTATGCCGATTCGTGTGCCGGACGAGCTACCCGCCGTCAATTTC > REL606/4193620‑4193766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |