| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 3652533 | NA (NA) | 46 (1.250) | 34/146 | 0.1 | 100% | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
| ? | REL606 | 3901931 = | 0 (0.000) | coding (489/1428 nt) | yieO | predicted multidrug or homocysteine efflux system | |||||
TGGGCATATGTTTGCGCGCGTAAAGAAGGCCTGCAATACCTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACAAA > REL606/3901858‑3902005 | tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgtctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt > 2:566808‑M2/74‑76 (MQ=255)tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagta < 2:498460‑M2/3‑3 (MQ=255)tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt < 1:144057‑M2/3‑1 (MQ=255)tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt < 2:849013‑M2/3‑1 (MQ=255) ccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGccc > 1:303491‑M2/69‑76 (MQ=255) ccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtacaactttttggggtcagtacaGGTTGccc > 2:208085‑M2/69‑76 (MQ=255) caattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCa > 2:811357‑M2/68‑76 (MQ=255) aattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAg < 1:122388‑M2/10‑1 (MQ=255) aattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAg > 2:278379‑M2/67‑76 (MQ=255) atatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAcc > 2:897642‑M2/61‑76 (MQ=255) atatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAcc > 2:419702‑M2/61‑76 (MQ=255) tatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCa > 2:349723‑M2/60‑76 (MQ=255) cgggatcagtcctatatgcctggtgtttaactgtccatctttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCa < 2:479800‑M2/20‑1 (MQ=255) cggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCa < 1:883859‑M2/20‑1 (MQ=255) cggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCa < 2:479762‑M2/20‑1 (MQ=255) cggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaacttttgggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCa < 2:479787‑M2/20‑1 (MQ=255) ggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAc < 2:641867‑M2/21‑1 (MQ=255) ggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAc < 2:425738‑M2/21‑1 (MQ=255) aatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgc > 2:911562‑M2/54‑76 (MQ=255) tcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccg < 2:508136‑M2/25‑1 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccgc < 1:120806‑M2/26‑1 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccgc > 1:52175‑M2/51‑76 (MQ=255) cagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccgc > 2:642839‑M2/51‑76 (MQ=255) ctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGa < 1:581575‑M2/31‑1 (MQ=255) ctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGa > 1:501552‑M2/46‑76 (MQ=255) atatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc > 1:252385‑M2/44‑76 (MQ=255) tcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCt < 1:193140‑M2/40‑1 (MQ=255) cgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTa < 2:303006‑M2/41‑1 (MQ=255) gtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGGCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTaaaa < 2:737792‑M2/44‑1 (MQ=255) gtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTaaaa < 2:161549‑M2/44‑1 (MQ=255) gtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGATGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTaaaa < 2:161553‑M2/44‑1 (MQ=255) taactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTg > 2:92498‑M2/30‑76 (MQ=255) actgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGc > 2:621865‑M2/28‑76 (MQ=255) gtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGcccc > 1:738075‑M2/25‑76 (MQ=255) aactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccacca > 1:289335‑M2/21‑76 (MQ=255) aactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccacca < 1:691684‑M2/56‑1 (MQ=255) ggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGc > 1:89486‑M2/13‑76 (MQ=255) ggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGc < 2:205358‑M2/64‑1 (MQ=255) ggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCAt > 2:752791‑M2/11‑76 (MQ=255) gtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATg < 2:656830‑M2/67‑1 (MQ=255) tcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATgg < 2:738129‑M2/68‑1 (MQ=255) cagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGc < 2:500862‑M2/69‑1 (MQ=255) agtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCg > 2:731883‑M2/7‑76 (MQ=255) acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACa < 1:753268‑M2/73‑1 (MQ=255) acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACa > 2:325316‑M2/4‑76 (MQ=255) acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACAAGACCCGGCATGGCGACa > 2:1060611‑M2/4‑76 (MQ=255) aGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACaaa < 2:368852‑M2/75‑1 (MQ=255) | TGGGCATATGTTTGCGCGCGTAAAGAAGGCCTGCAATACCTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACAAA > REL606/3901858‑3902005 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |