| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 1,290,999 | C→T | Q322* (CAA→TAA) | hnr → | response regulator of RpoS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,290,999 | 0 | C | T | 95.0% | 138.8 / 0.3 | 40 | Q322* (CAA→TAA) | hnr | response regulator of RpoS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (24/14); total (24/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.49e-01 | |||||||||||
TGGTGTTCCGTTAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAA > REL606/1290926‑1291071 | tGGTGTTCCGTTAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTaa < 2:477414/76‑1 (MQ=255) gtgtTCCGTTAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTNAat < 1:758312/76‑1 (MQ=255) gtTCCGTTAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAatat < 1:137076/76‑1 (MQ=255) ttCCGTTAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATg < 2:272191/76‑1 (MQ=255) cGTTAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATgggg > 1:231632/1‑76 (MQ=255) cGTTAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATgggg > 1:516860/1‑76 (MQ=255) gTTAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGa < 1:416367/76‑1 (MQ=255) ttAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGaa > 1:582143/1‑76 (MQ=255) ttAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGaa < 2:380813/76‑1 (MQ=255) ttAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGaa > 1:613706/1‑76 (MQ=255) ttAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGaa > 1:46980/1‑76 (MQ=255) tAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAAc > 1:147886/1‑76 (MQ=255) tAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAAc > 2:197821/1‑76 (MQ=255) aGGCACANAAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAAcc > 2:683622/1‑76 (MQ=255) cacaTTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCggt > 1:559456/1‑76 (MQ=255) ttAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGTAACCGGTGGTc < 1:26658/76‑1 (MQ=255) tAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCg < 2:588547/76‑1 (MQ=255) tAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCg < 1:624708/76‑1 (MQ=255) ggTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGAc > 1:374042/1‑76 (MQ=255) gTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACt > 1:443632/1‑76 (MQ=255) gTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACt > 2:85661/1‑76 (MQ=255) aaCGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTgc < 1:476143/76‑1 (MQ=255) aaCGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTgc < 1:761922/76‑1 (MQ=255) aaCGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTgc > 1:481260/1‑76 (MQ=255) aCGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGTGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTgcg > 1:432821/1‑76 (MQ=255) aCGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTgcg > 1:229000/1‑76 (MQ=255) ttATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGACCCGGTGGTCGACTGCGCTTg > 1:830519/1‑76 (MQ=255) aTTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGAt < 2:791332/76‑1 (MQ=255) ttGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGAtgt < 1:548775/76‑1 (MQ=255) tGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGAtgtt > 1:548369/1‑76 (MQ=255) gAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGAtgttg > 2:606395/1‑76 (MQ=255) cAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGACCCGGTGGTCGACTGCGCTTGATTTTGTcac > 1:15678/1‑74 (MQ=255) gAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGaa > 2:188081/1‑76 (MQ=255) cAGCGATGCGATGCCTGGCAATGTTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGANGTTGTCTGCAGAATGAg < 1:102690/76‑1 (MQ=255) cgatgcCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGAt < 2:528371/76‑1 (MQ=255) tgcCTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAc < 1:287864/76‑1 (MQ=255) cTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAcgcg > 2:473811/1‑76 (MQ=255) cTGGCAATGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAcgcg > 2:496415/1‑76 (MQ=255) aTGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTaa > 1:668673/1‑76 (MQ=255) tGCTAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTaaa > 1:244846/1‑76 (MQ=255) | TGGTGTTCCGTTAGGCACATTAGGTAACGCTTATTTGAATCAATTGAGCCAGCGATGCGATGCCTGGCAATGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAA > REL606/1290926‑1291071 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |