| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 54 (1.110) | 40/144 | 0.2 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 41 (0.850) | 35/144 | 0.4 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
GTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAT > REL606/4524453‑4524601 | gTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAc < 2:1164683‑M2/76‑2 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc < 1:1312415‑M2/10‑1 (MQ=255) tcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttacgttagcgcttatgggCCGCAACCCCg > 2:523865‑M2/66‑76 (MQ=255) ttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCggg > 2:1223023‑M2/64‑76 (MQ=255) aaaCAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataa > 1:688986‑M2/1‑69 (MQ=255) aacaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataag < 2:1026639‑M2/76‑9 (MQ=255) caacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCCAcccataagcg < 1:676580‑M2/76‑11 (MQ=255) acgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgc < 1:943997‑M2/16‑1 (MQ=255) aacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTCTTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgc < 2:250211‑M2/76‑12 (MQ=255) gaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctg < 1:730035‑M2/18‑1 (MQ=255) gaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctg > 2:1190923‑M2/59‑76 (MQ=255) cccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCACCCGGGGCCGCAAcccataagcgcta > 2:295169‑M2/1‑63 (MQ=255) cccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgcta > 1:1037151‑M2/1‑63 (MQ=255) ggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTgctgct < 1:119807‑M2/20‑1 (MQ=255) ccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaa > 1:445460‑M2/1‑62 (MQ=255) gcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTa < 2:1128401‑M2/21‑1 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt > 2:254344‑M2/1‑59 (MQ=255) aaTAACGGAACCAATACCATTCCGTGCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactta > 1:74017‑M2/1‑58 (MQ=255) ttcacggAACCAANACCATTCCGTGCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa > 1:205378‑M2/4‑57 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa > 1:179907‑M2/1‑57 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa > 1:285260‑M2/1‑57 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa > 1:756838‑M2/1‑57 (MQ=255) aCGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCATcccatacgcgctaacttaaggg < 2:52604‑M2/76‑23 (MQ=255) aCGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaaggg < 2:41711‑M2/76‑23 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 1:309873‑M2/29‑1 (MQ=255) ggAACCAATACCATTCCGTCCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggtt > 2:516444‑M2/1‑52 (MQ=255) cgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATg < 2:1214555‑M2/30‑1 (MQ=255) tcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg > 2:100188‑M2/45‑76 (MQ=255) aaCCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgt < 1:595768‑M2/76‑27 (MQ=255) aCCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaccttaagggttgtg < 2:319595‑M2/76‑28 (MQ=255) cattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAcc > 1:1145858‑M2/42‑76 (MQ=255) cattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAcc > 1:1489118‑M2/42‑76 (MQ=255) cAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCTGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggt < 2:965770‑M2/76‑30 (MQ=255) attcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCt < 1:412079‑M2/36‑1 (MQ=255) attcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCt > 1:1057766‑M2/41‑76 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 2:712679‑M2/37‑1 (MQ=255) aTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtat > 2:1196910‑M2/1‑45 (MQ=255) tcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTc > 2:177172‑M2/39‑76 (MQ=255) tACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt > 1:1112263‑M2/1‑44 (MQ=255) tACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt > 2:687373‑M2/1‑44 (MQ=255) ttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCaa > 2:1613493‑M2/37‑76 (MQ=255) ttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCaa > 2:982744‑M2/37‑76 (MQ=255) ccATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgaggtattac > 1:469689‑M2/1‑42 (MQ=255) cATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacg > 1:1065016‑M2/1‑41 (MQ=255) cATTCCGTNCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacg > 1:1425618‑M2/1‑41 (MQ=255) aTTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgc > 1:221071‑M2/1‑40 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctg < 1:320131‑M2/76‑40 (MQ=255) atggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTc > 2:186354‑M2/32‑76 (MQ=255) ggttcaacccttaaggtagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAg < 2:1381824‑M2/47‑1 (MQ=255) gTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgat < 1:919683‑M2/76‑42 (MQ=255) ttCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgata < 1:891344‑M2/76‑43 (MQ=255) ttCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgata < 2:704124‑M2/76‑43 (MQ=255) ttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTa > 2:622922‑M2/28‑76 (MQ=255) ttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTa > 2:1011967‑M2/28‑76 (MQ=255) tCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatat > 1:1212054‑M2/1‑33 (MQ=255) tCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatat > 2:449047‑M2/1‑33 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATc < 2:314172‑M2/51‑1 (MQ=255) aGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgat < 2:880473‑M2/76‑47 (MQ=255) gcgcGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattt > 2:159519‑M2/1‑28 (MQ=255) cgcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattta < 2:652769‑M2/76‑50 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaa > 2:1442299‑M2/1‑26 (MQ=255) cttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATaa < 1:852921‑M2/56‑1 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc > 2:439691‑M2/20‑76 (MQ=255) cgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaac > 2:473982‑M2/1‑25 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg > 2:257752‑M2/1‑24 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg < 1:124812‑M2/76‑53 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg < 2:1073403‑M2/76‑53 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt > 2:422728‑M2/18‑76 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt < 1:687151‑M2/59‑1 (MQ=255) tANTTTTCAACTGGGGCCGCAAcccgtaagcgctaacttaagggttgtggtattacgcttgatatgatttaacgtg > 2:1529374‑M2/1‑22 (MQ=255) gttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAc < 1:685690‑M2/61‑1 (MQ=255) ttttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgcc < 1:475198‑M2/76‑57 (MQ=255) ttttCAACCGGGGCCGCAAgccataagcgctaacttaaggggtgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccg < 2:879730‑M2/76‑58 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAccc > 2:799700‑M2/14‑76 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAccc > 1:341671‑M2/14‑76 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAccc > 1:754553‑M2/14‑76 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGCGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAccc > 1:870725‑M2/14‑76 (MQ=255) agcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCa > 2:1081880‑M2/13‑76 (MQ=255) tGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgat < 1:286025‑M2/76‑60 (MQ=255) gCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatg > 2:1212624‑M2/1‑16 (MQ=255) gcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGt > 1:373264‑M2/10‑76 (MQ=255) cAACCGGGNCTGCAAcccanaagcgctaacttaagggttgtgntattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga > 2:1362143‑M2/1‑15 (MQ=255) cAACCGGGGGCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgagccgatga > 1:52604‑M2/1‑15 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga < 2:97208‑M2/76‑62 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga < 2:960368‑M2/76‑62 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTGATGCGGATGCGACCTANAANGTTCAGTATCAATANCCTACCCAGGTTc > 2:1459593‑M2/8‑76 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCa > 1:220497‑M2/7‑76 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCa < 2:119977‑M2/70‑1 (MQ=255) gCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactct > 1:243894‑M2/1‑7 (MQ=255) gCAAcccatatgcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcac < 1:1492119‑M2/76‑73 (MQ=255) gCAAcccataagcgctaacttaatgcttgtgatattacggnngatatgatttnncctgccgatgaattactctcac < 1:1458228‑M2/76‑73 (MQ=255) gCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcac < 1:1251305‑M2/76‑73 (MQ=255) gCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTc < 1:1047337/76‑1 (MQ=255) cAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCa > 2:1272543/1‑76 (MQ=255) aacccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacga < 2:678812‑M2/76‑75 (MQ=255) aaCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAt > 1:1404427/1‑76 (MQ=255) | GTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAT > REL606/4524453‑4524601 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |