| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 3,339,489 | Δ1 bp | intergenic (+31/‑55) | fis → / → yhdJ | DNA‑binding protein Fis/predicted methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 3,339,488 | 0 | G | . | 87.5% | 168.1 / 24.5 | 49 | intergenic (+30/‑56) | fis/yhdJ | DNA‑binding protein Fis/predicted methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base . (12/30); minor base A (4/2); total (17/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.56e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
CGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGA > REL606/3339414‑3339560 | cGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAgc > 2:297744/1‑75 (MQ=255) tGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAgcgc > 1:780583/1‑73 (MQ=255) tGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAgcgc > 1:782322/1‑73 (MQ=255) gTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATNCGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCt > 1:1529674/1‑76 (MQ=255) gTACGCTGCGTAAAAAATCGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTa < 1:270215/76‑1 (MQ=255) gCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCg < 1:942522/76‑1 (MQ=255) tGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGc < 1:606528/76‑1 (MQ=255) gTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATg < 1:733410/76‑1 (MQ=255) tAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATgg < 1:1166566/76‑1 (MQ=255) aaaTTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGaa < 2:1078003/76‑1 (MQ=255) aaaTTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGaa < 2:611966/76‑1 (MQ=255) aaaTTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGaa < 1:683553/76‑1 (MQ=255) aaaGTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGNCATGGGGaa < 1:36347/76‑1 (MQ=255) aTTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAgc > 2:512072/1‑76 (MQ=255) aaaaaaTACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCt < 1:442913/76‑1 (MQ=255) aaaaaTACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCtt < 2:583581/76‑1 (MQ=255) aaaaTACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCttt > 2:853027/1‑76 (MQ=255) aaaaTACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCGAAATGCTTGATTAACAA‑GCGCTACTCGGCATNGGGAAGCGCCttt > 2:1392656/1‑76 (MQ=255) aaTACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCttttt > 2:993374/1‑76 (MQ=255) aaTACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCttttt > 1:209595/1‑76 (MQ=255) aCGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTtat < 1:167464/76‑1 (MQ=255) cATGAAGTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGgt < 1:1514842/76‑1 (MQ=255) cATGAACTAATTCAGGTTAGCGAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATTGGGAAGCGCCTTTTTTATAGgt < 2:224897/76‑1 (MQ=255) tGAACTTATTTAGGTTAGCTATGTGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACGCGGCATGGGGAAGCGCCTCCTTTATAGgtgt > 2:914764/1‑76 (MQ=255) tGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGgtgt < 1:1229439/76‑1 (MQ=255) cTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATANGTGTcaca > 1:1350410/1‑76 (MQ=255) cTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTcaca < 1:255138/76‑1 (MQ=255) cTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTcaca > 1:1481453/1‑76 (MQ=255) tAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACaa < 2:1530816/76‑1 (MQ=255) tCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAggg < 1:1235278/76‑1 (MQ=255) tCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAggg < 2:1100684/76‑1 (MQ=255) tCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAggg < 2:48703/76‑1 (MQ=255) cAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAACA‑GNGCTACTCGGCCTCGGGAATCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGa < 1:136544/76‑1 (MQ=255) cAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGa < 2:331225/76‑1 (MQ=255) ttAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGa > 1:702485/1‑76 (MQ=255) tAGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGNATGGGGAAGCGCCTTTTTTATANGTGTCACATANGGAGTGAc > 2:1279578/1‑76 (MQ=255) aGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGAcc < 2:1008814/76‑1 (MQ=255) aGCTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGAcc < 2:185838/76‑1 (MQ=255) cTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCAt < 1:1060753/76‑1 (MQ=255) cTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCAt < 2:134815/76‑1 (MQ=255) cTAAATGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCAt < 1:864307/76‑1 (MQ=255) aTGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATgaga < 2:1215913/76‑1 (MQ=255) tGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGaa > 1:469346/1‑76 (MQ=255) tGCTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGAGAGTGACCATGAGaa > 2:51476/1‑76 (MQ=255) cTTGATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACa < 2:1164537/76‑1 (MQ=255) gATTAAAAA‑GCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGa < 1:382095/76‑1 (MQ=255) ttaaaaAGCGCTGCTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGAtg < 2:1152953/74‑1 (MQ=255) ttaaaaAGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGAtg < 2:1152970/74‑1 (MQ=255) taaaaAGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAGGGGAGTGACCATGAGAACAGGAtgt > 1:458548/2‑76 (MQ=255) aaaaAGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGAtgtg > 2:544943/1‑76 (MQ=255) aaaaAGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGAtgtg > 2:698887/1‑76 (MQ=255) aaaaAGCGCTACTCGGCATGAGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGAtgtg > 2:480422/1‑76 (MQ=255) aaaaGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTNTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATNTGa > 2:1434817/1‑76 (MQ=255) | CGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGA > REL606/3339414‑3339560 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |