| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,875,483 | 0 | G | C | 27.1% | 157.8 / 45.3 | 70 | intergenic (+156/‑28) | yeaB/sdaA | predicted NUDIX hydrolase/L‑serine deaminase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/26); new base C (19/0); total (44/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.99e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCTCATC > REL606/1875409‑1875557 | aaTTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGt > 2:671440/1‑76 (MQ=255) aTTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTc > 1:309285/1‑76 (MQ=255) aTTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTc > 1:309276/1‑76 (MQ=255) ttCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTcc > 1:1043133/1‑76 (MQ=255) tCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCa > 1:1491251/1‑76 (MQ=255) tCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCa > 1:1169443/1‑76 (MQ=255) tCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCCTTCCCGCTAACACTATGCNCT‑CTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCa > 1:136525/1‑76 (MQ=255) cATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTNTGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAg < 2:1301669/76‑1 (MQ=255) cATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAg > 1:810776/1‑76 (MQ=255) cATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAg > 1:884637/1‑76 (MQ=255) cATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAg > 1:208816/1‑76 (MQ=255) cATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAg > 1:1120443/1‑76 (MQ=255) cATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTAATAGTTCGTTACTGGAACTCCAg > 1:856144/1‑76 (MQ=255) aTGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGTATTCCATCTTACATNNTGCGCT‑GTTANNACTTCGTTACTGGATCTCCAGt > 1:1376838/1‑76 (MQ=255) aTGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGt > 1:812238/1‑76 (MQ=255) tgtgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTc > 1:1118037/1‑76 (MQ=255) gtgAATAGTTAAGCCATTCGCCGAGTTCCCTCTTACACTATGCGCTNNNNNTTAGTTCGTTACTGGACGTCCAGTc > 1:74854/1‑76 (MQ=255) gtgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGGTCGTTTCTGGAACTCCAGTCa > 1:742697/1‑76 (MQ=255) gtgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GGTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCACTCa > 1:1170483/1‑76 (MQ=255) gtgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCCCTTACACTATGCGGC‑GTTATTAGTTCGTTTCTGGAAATTCAgatc > 1:837552/1‑73 (MQ=255) gtgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCCCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCa > 1:1399244/1‑76 (MQ=255) gtgAATAGTTAAGACAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCa > 1:97857/1‑76 (MQ=255) tgAATAGTTAAGNCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCAc > 1:14946/1‑76 (MQ=255) tgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCAc < 2:644580/76‑1 (MQ=255) tgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCAc > 2:1227843/1‑76 (MQ=255) tgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCAc > 1:1009415/1‑76 (MQ=255) tgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCAc > 1:371318/1‑76 (MQ=255) tgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCAc > 1:386802/1‑76 (MQ=255) gAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCAcc > 1:829871/1‑76 (MQ=255) gAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCAcc > 1:1276745/1‑76 (MQ=255) aaTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCt > 1:117624/1‑76 (MQ=255) aaTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCt > 1:1164004/1‑76 (MQ=255) aTAGTTAAGCCAGTCTCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCtg < 2:489047/76‑2 (MQ=255) aTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCtt > 2:16142/1‑76 (MQ=255) aTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCtt > 1:1280031/1‑76 (MQ=255) aTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCtt > 1:506204/1‑76 (MQ=255) aTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTAGGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCNGTCACCtt > 1:1350524/1‑76 (MQ=255) aTAGATAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCtt > 2:1513094/1‑76 (MQ=255) tAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTg < 2:1199362/76‑1 (MQ=255) tAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTg > 1:1106060/1‑76 (MQ=255) aGTTGAACCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGt > 1:92247/1‑76 (MQ=255) aGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTATTGGAACTCCAGTCACCTTGt > 1:317379/1‑76 (MQ=255) aGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGt > 2:1195308/1‑76 (MQ=255) aGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGt > 1:347835/1‑76 (MQ=255) aGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGt > 1:795373/1‑76 (MQ=255) aGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGt > 1:1114786/1‑76 (MQ=255) ttAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGACGTCCAGTCACCTTGTCa > 1:174164/1‑76 (MQ=255) tAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAg > 2:169018/1‑76 (MQ=255) tAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGtaat > 1:1367773/1‑73 (MQ=255) aaGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAgg > 2:188327/1‑76 (MQ=255) aaGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAgg < 1:1295031/76‑1 (MQ=255) aaGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAgg > 2:743068/1‑76 (MQ=255) aaGCCAGTCGCCGCGCTCCCTCNTACACTATGCCCT‑GTNATTAGTGCATTACGGGAACTCGAGTGACCTTNACAgg > 1:28784/1‑76 (MQ=255) aGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGa > 2:1217518/1‑76 (MQ=255) aGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGa < 1:737578/76‑1 (MQ=255) cAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGta > 1:364058/1‑76 (MQ=255) aGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGtat < 2:633141/76‑1 (MQ=255) gTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGtatt < 1:380590/76‑1 (MQ=255) tCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGtatta < 2:162762/76‑1 (MQ=255) tCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGtatta < 2:1113991/76‑1 (MQ=255) ccgcGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCg < 1:500655/76‑1 (MQ=255) gcgTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTTCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTg < 2:1213788/76‑1 (MQ=255) gcgTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTg > 1:1493471/1‑76 (MQ=255) cgTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGTAGTATTATCGTGa < 1:104549/76‑1 (MQ=255) ttCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGAtt < 2:333710/76‑1 (MQ=255) ctctTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTc < 1:867167/76‑1 (MQ=255) ctctTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTc < 2:628153/76‑1 (MQ=255) tctTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCt < 1:685062/76‑1 (MQ=255) ctTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTa < 2:1234789/76‑1 (MQ=255) ctTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTa > 1:594466/1‑76 (MQ=255) acacTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTc > 1:753925/1‑76 (MQ=255) gcgcT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGt > 1:890436/1‑76 (MQ=255) cgcT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGtt < 2:1131844/76‑1 (MQ=255) gcT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGttt < 2:872369/76‑1 (MQ=255) cT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTa > 1:268911/1‑76 (MQ=255) cT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTa < 1:910894/76‑1 (MQ=255) gTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAg > 1:333244/1‑76 (MQ=255) gTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCNTGTCAGGANTATTAGCGTGATTAGTCTANTCGACATGTTTAAg > 2:1267557/1‑76 (MQ=255) attaGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTg < 2:1252314/76‑1 (MQ=255) ttCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTACTGGACATGTTTAAGGTGGGGAt < 1:2128/76‑1 (MQ=255) cGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTg < 2:706227/76‑1 (MQ=255) gAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCTCa < 1:1147135/76‑1 (MQ=255) aaGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCTCAt < 2:14946/76‑1 (MQ=255) aGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCTCATc > 1:264146/1‑76 (MQ=255) | AATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCT‑GTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCTCATC > REL606/1875409‑1875557 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |