Predicted mutation
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RA	REL606	4,163,029	A→G	Q725R (CAG→CGG)	rpoB →	DNA‑directed RNA polymerase subunit beta

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	REL606	4,163,029	0	A	G	100.0%	209.6 / NA	53	Q725R (CAG→CGG)	rpoB	DNA‑directed RNA polymerase subunit beta
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (24/29);  total (24/29)

GTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGA  >  REL606/4162957‑4163101                                                                         |                                                                         gtATTGGTATGGATCGTGAGGTTGCCGTTCACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTa                                                                       <  2:1022318/76‑1 (MQ=255)     tGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTg                                                                   <  2:902647/76‑1 (MQ=255)     tGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTg                                                                   <  1:626172/76‑1 (MQ=255)        tATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGAt                                                                >  1:1153165/1‑76 (MQ=255)        tATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGAt                                                                >  2:160962/1‑76 (MQ=255)            gAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCtt                                                            <  1:785656/76‑1 (MQ=255)            gAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCtt                                                            <  2:1295313/76‑1 (MQ=255)              aCGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTcc                                                          >  1:1147551/1‑76 (MQ=255)              aCGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTcc                                                          <  2:1053595/76‑1 (MQ=255)                   cTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTAt                                                     <  1:892380/76‑1 (MQ=255)                   cTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTAt                                                     <  2:801177/76‑1 (MQ=255)                   cTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTAt                                                     <  2:15493/76‑1 (MQ=255)                            ttGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCaa                                            >  2:1056703/1‑76 (MQ=255)                               aCTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGt                                         >  1:438302/1‑76 (MQ=255)                                cTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTGCCGTATCGTTATCAAAGtt                                        <  1:138114/76‑1 (MQ=255)                                cTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGtt                                        <  2:1103426/76‑1 (MQ=255)                                cTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGtt                                        >  1:346924/1‑76 (MQ=255)                                cTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGtt                                        >  2:688783/1‑76 (MQ=255)                                 tCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTa                                       <  2:758476/76‑1 (MQ=255)                                  ccGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTaa                                      <  1:401727/76‑1 (MQ=255)                                    ggTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACg                                    <  1:930146/76‑1 (MQ=255)                                      tgtAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGaa                                  <  2:676096/76‑1 (MQ=255)                                         aaCTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGAc                               >  1:1063214/1‑76 (MQ=255)                                         aaCTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGAc                               >  1:565459/1‑76 (MQ=255)                                         aaCTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGAGGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAAGGaaata                               >  1:565467/1‑73 (MQ=255)                                              cGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGAt                          <  2:66983/76‑1 (MQ=255)                                                gTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGt                        <  2:1002338/76‑1 (MQ=255)                                                 tAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTa                       >  2:148854/1‑76 (MQ=255)                                                 tAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTa                       <  2:1238980/76‑1 (MQ=255)                                                  aGCTAAACGTGGTGGTGTCGATAGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTAt                      >  1:10740/1‑76 (MQ=255)                                                   gCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATc                     <  1:615719/76‑1 (MQ=255)                                                    cTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATcc                    <  1:767118/76‑1 (MQ=255)                                                    cTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATcc                    >  1:985696/1‑76 (MQ=255)                                                    cTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATcc                    >  2:284466/1‑76 (MQ=255)                                                    cTAAACGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATcc                    <  1:309256/76‑1 (MQ=255)                                                       aaCGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATGAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCggg                 >  1:797813/1‑76 (MQ=255)                                                       aaCGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCggg                 >  1:797798/1‑76 (MQ=255)                                                       aaCGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCggg                 <  2:698084/76‑1 (MQ=255)                                                        aCGTGGTGGTGTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGt                <  1:587892/76‑1 (MQ=255)                                                          gtggtggtgTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGa              >  1:806943/1‑76 (MQ=255)                                                          gtggtggtgTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGa              <  1:1250428/76‑1 (MQ=255)                                                            ggtggtgTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAg            >  2:667611/1‑76 (MQ=255)                                                             gtggtgTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGc           <  2:1298355/76‑1 (MQ=255)                                                             gtggtgTCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGc           >  1:1082617/1‑76 (MQ=255)                                                                 tgtCGTTCGTTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGNGAAGCAGGt       <  1:33626/76‑1 (MQ=255)                                                                 tgtCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGt       >  1:251157/1‑76 (MQ=255)                                                                  gtCGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTa      <  1:1028763/76‑1 (MQ=255)                                                                    cGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATc    >  1:228181/1‑76 (MQ=255)                                                                    cGTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGAATc    >  1:228190/1‑76 (MQ=255)                                                                     gTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCg   >  1:1344752/1‑76 (MQ=255)                                                                     gTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCg   >  2:1224156/1‑76 (MQ=255)                                                                     gTTCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCg   <  2:1036519/76‑1 (MQ=255)                                                                      ttCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGa  <  1:1214834/76‑1 (MQ=255)                                                                      ttCGGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGa  <  1:850135/76‑1 (MQ=255)                                                                         |                                                                         GTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGA  >  REL606/4162957‑4163101

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑