| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 36 (0.990) | 31/144 | 0.2 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 42 (1.160) | 32/144 | 0.2 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772931‑2772854‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAA < REL606/4524527‑4524454 GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:272447/76‑1GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:713236/1‑76GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:220362/1‑76GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 2:941553/1‑76 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATNATATCAGGCGTAATACCACAACNCTTAAGTTTGNGCTTATGG > 2:1003285/1‑76 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCAGAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:1036073/1‑76 TTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 2:204371/1‑76 TTATCGTGAGAGNAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG > 1:19999/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACATCCCTTAAGTNAGCGCTTATGGG < 1:12645/76‑1 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:341051/76‑1 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 1:596503/76‑1 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:796121/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:968570/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:412842/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG < 2:1114812/76‑1 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:349230/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:216887/1‑76 TATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCCTAAGTTAGCGCTTATGGG > 1:1138383/1‑76 CGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG > 1:770420/1‑76 GTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC > 2:395364/1‑76 AATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGG > 2:325763/1‑76 ATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGT > 2:636189/1‑76 TCATCGGCNCGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAATCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTG < 1:1060046/76‑1 CATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC < 2:689668/76‑1 CATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC > 1:949694/1‑76 CACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA < 1:354609/76‑1 TAAAACATATCAGGCGTTATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTAGCGGCCCCGGTTGGAAAAGAACNCG > 2:1140763/1‑76 AAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGC > 1:301848/1‑76 TCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTG < 1:54409/76‑1 TCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGGTGCAAAATAACGCGCCTG < 2:454265/76‑1 CATATCAGGCGTAATACCGCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGG < 1:377542/76‑1 CATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGG < 1:623306/76‑1 TATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA < 2:776168/76‑1 TATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAA < 1:1183155/76‑1 TCAGACGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATAGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACG > 1:72245/1‑76 GGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAA < 1:687842/76‑1 CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATG > 2:456248/1‑76 ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT > 1:958557/1‑76 ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTAT < 2:572928/76‑1 ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTG < 1:813861/76‑1 ACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTT > 2:458152/1‑76 ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCG < 2:204219/76‑1 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGT > 1:822199/1‑76 CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGT > 2:843455/1‑76 AAGTTAGCGCTTATGGGTTGTGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTC > 1:1827/1‑76 TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGG < 2:415415/76‑1 TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAANAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGG > 2:1020781/1‑76 tCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTT < 1:1156736/75‑1 GCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGNATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTT < 1:1209059/76‑1 GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGT > 2:896512/1‑76 CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTT < 2:635597/76‑1 TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTC > 2:126328/1‑76 TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTC < 1:559482/76‑1 TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTG > 1:243578/1‑76 GGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAA > 1:844515/1‑76 GTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2772931‑2772854‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAACGGAATGGTATTGGTTCCGTTATTCAGGGTTGTTTCTGAA < REL606/4524527‑4524454 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |