| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 1,875,483 | 0 | G | C | 31.4% | 128.2 / 57.6 | 70 | intergenic (+156/‑28) | yeaB/sdaA | predicted NUDIX hydrolase/L‑serine deaminase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/22); new base C (22/0); total (48/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCTCATCT > REL606/1875410‑1875558 | aTTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTc > 2:218239/1‑76 (MQ=255) ttCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTATTGGAACTcc > 1:1066445/1‑76 (MQ=255) tCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCa > 1:409322/1‑76 (MQ=255) cATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAg < 2:128369/76‑1 (MQ=255) cATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAg > 1:743112/1‑76 (MQ=255) cATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAg > 1:1001632/1‑76 (MQ=255) cATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAg > 1:1027759/1‑76 (MQ=255) cATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAg > 1:817468/1‑76 (MQ=255) cATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATCGGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAg > 1:648162/1‑76 (MQ=255) cATGTGAATAGTTAAGCCAGTAGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAg > 1:645387/1‑76 (MQ=255) aTGTGAATAGTTAGGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGt > 1:84215/1‑76 (MQ=255) aTGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGt > 1:1101347/1‑76 (MQ=255) aTGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTAGAACTCCAGt > 1:411732/1‑76 (MQ=255) tgtgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTc < 1:850471/76‑1 (MQ=255) tgtgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTc > 1:964824/1‑76 (MQ=255) tgtgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTc > 1:853760/1‑76 (MQ=255) tgtgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTc > 1:495361/1‑76 (MQ=255) gtgAATAGTTAAGCCAGTGGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCa > 1:285857/1‑76 (MQ=255) gtgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTTTGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCa > 1:1164463/1‑76 (MQ=255) gtgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCa > 1:746197/1‑76 (MQ=255) gtgAATAGTTAAGCCAGTCACCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCa > 1:350115/1‑76 (MQ=255) tgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCAc < 1:928530/76‑1 (MQ=255) tgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCAc > 1:266516/1‑76 (MQ=255) tgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCAc > 1:625379/1‑76 (MQ=255) tgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACNCCAGTCAc > 1:1054351/1‑76 (MQ=255) tgAATAGTTAAGCCAGTCGCCGAGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCAc > 1:686/1‑76 (MQ=255) gAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCAcc > 1:761866/1‑76 (MQ=255) cattAGTTAAGCCNGTCGCCGCGTGCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCAcc < 1:156851/73‑1 (MQ=255) aaTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGCAGGCCAGTCACCt > 2:320137/1‑76 (MQ=255) aaTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCt > 2:320144/1‑76 (MQ=255) aaTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCt > 1:558532/1‑76 (MQ=255) aTAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCtt < 2:405247/76‑1 (MQ=255) tAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTTCACTATGCGCTGTTATTAGTTTGTTTCTGGAACTCCAGTCACCttc > 1:337970/1‑75 (MQ=255) tAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTg < 1:407855/76‑1 (MQ=255) aGTTAAGCCNGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGt > 1:29200/1‑76 (MQ=255) aGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGt > 1:1046093/1‑76 (MQ=255) aGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGt > 1:674430/1‑76 (MQ=255) aGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGt > 1:169517/1‑76 (MQ=255) aGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTAGTAGTTCATTACTGGAACNCCAGTCACCtaga > 1:154564/1‑73 (MQ=255) gTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGATGTCCAGTCACCTTGTc < 2:853644/76‑1 (MQ=255) ttAAGCCAGTCGCGGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGtaa > 1:78580/1‑74 (MQ=255) ttAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCa < 2:501703/76‑1 (MQ=255) ttAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCa > 2:504059/1‑76 (MQ=255) ttAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCa < 2:501693/76‑1 (MQ=255) ttAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTAACCTTGTcg > 2:504071/1‑75 (MQ=255) ttAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGtaa > 1:558531/1‑74 (MQ=255) tAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAg > 1:627299/1‑76 (MQ=255) tAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGtaat > 1:926021/1‑73 (MQ=255) tAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGtaat > 1:388488/1‑73 (MQ=255) tAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGtaat > 1:830893/1‑73 (MQ=255) tAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTCACCTTGtaat > 1:980294/1‑73 (MQ=255) tAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAACTCCAGTAACCTTGtaat > 1:1002616/1‑73 (MQ=255) cgccgcGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGtattat > 2:374321/1‑76 (MQ=255) ccgcGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCg < 1:827010/76‑1 (MQ=255) ccgcGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCg > 1:661336/1‑76 (MQ=255) gcgTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTg < 2:432176/76‑1 (MQ=255) gcgTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTg > 1:510228/1‑76 (MQ=255) gcgTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTg < 2:713772/76‑1 (MQ=255) gTTCGCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGAt > 1:77029/1‑76 (MQ=255) ttCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGAtt > 2:809693/1‑76 (MQ=255) ctTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTa > 1:595089/1‑76 (MQ=255) ctTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTa < 1:297819/76‑1 (MQ=255) acacTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTc < 2:1048740/76‑1 (MQ=255) cacTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCg < 2:396027/76‑1 (MQ=255) acTACGTGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGa > 1:76922/1‑76 (MQ=255) cTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGAc < 1:828556/76‑1 (MQ=255) cTATGCGCTGTTATNAGTTCGTTACTGGGAGTCCNGTCACGTTNTCAGGAGTATTATCGTGATGAGTCTATTCGAc < 2:993039/76‑1 (MQ=255) gcTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGttt < 1:254000/76‑1 (MQ=255) cTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTa > 1:730130/1‑76 (MQ=255) cTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTa > 1:517885/1‑76 (MQ=255) gTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAg < 1:473947/76‑1 (MQ=255) ttattaGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAgg > 1:614087/1‑76 (MQ=255) ttCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGAt < 2:123601/76‑1 (MQ=255) tCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGAtt < 2:701998/76‑1 (MQ=255) gTTACTGGAAGTCAAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTgg > 1:83688/1‑76 (MQ=255) ttACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGt > 1:1006777/1‑76 (MQ=255) aCTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTcc > 1:130425/1‑76 (MQ=255) cTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTccc > 2:782089/1‑76 (MQ=255) tGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTAGTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCt < 2:923470/76‑1 (MQ=255) gAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCCTGATTAGANNATTCGACATGNNTAAGGTGGGGATTGTTCCCTCa > 1:1082738/1‑76 (MQ=255) gTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCTCATCt < 2:67504/76‑1 (MQ=255) | ATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATTATCGTGATTAGTCTATTCGACATGTTTAAGGTGGGGATTGGTCCCTCATCT > REL606/1875410‑1875558 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |