| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 51 (1.090) | 39/144 | 0.2 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 40 (0.860) | 32/144 | 0.5 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
GTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524453‑4524602 | gTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAc < 2:1250338‑M2/76‑2 (MQ=255)gTNCAGTAACAACCCTGAATAACGGGACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTGGCAACCGGGGCCACAAc > 2:1451770‑M2/1‑75 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc > 1:1145944‑M2/67‑76 (MQ=255) aGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccat > 2:533768‑M2/1‑71 (MQ=255) aGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccat < 1:1275845‑M2/76‑6 (MQ=255) aGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcacat < 2:1061226‑M2/76‑6 (MQ=255) cttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCgg < 1:763599‑M2/12‑1 (MQ=255) cttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCgg < 2:1024433‑M2/12‑1 (MQ=255) ttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCggg > 1:619742‑M2/64‑76 (MQ=255) aacaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataag > 1:935715‑M2/1‑68 (MQ=255) acgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgc < 1:492982‑M2/16‑1 (MQ=255) gaggctccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctg < 2:1537308‑M2/18‑1 (MQ=255) acCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgct < 1:302165‑M2/76‑13 (MQ=255) cccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgcta < 1:676066‑M2/76‑14 (MQ=255) cccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgcta < 1:676053‑M2/76‑14 (MQ=255) cccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgcta < 1:563511‑M2/76‑14 (MQ=255) tGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaact < 2:425862‑M2/76‑17 (MQ=255) tGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaact < 2:733793‑M2/76‑17 (MQ=255) tGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaact < 1:338949‑M2/76‑17 (MQ=255) cgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaanttagcgtgtatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTNATGc > 1:186760‑M2/52‑76 (MQ=255) cgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGc > 1:945163‑M2/52‑76 (MQ=255) gaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCg > 1:1052580‑M2/51‑76 (MQ=255) gatggaacCAATANCATTCCGTTCTAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagg > 1:198683‑M2/4‑55 (MQ=255) ggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGa < 2:846800‑M2/28‑1 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 1:895715‑M2/29‑1 (MQ=255) cgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATg > 2:447401‑M2/47‑76 (MQ=255) cgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATg < 1:1030800‑M2/30‑1 (MQ=255) tcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg < 2:1014979‑M2/32‑1 (MQ=255) aCCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtg < 2:285154‑M2/76‑28 (MQ=255) aaTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggta > 1:1053064‑M2/1‑46 (MQ=255) aaTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggta < 1:787255‑M2/76‑31 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 2:1173282‑M2/37‑1 (MQ=255) aTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtat > 1:1075332‑M2/1‑45 (MQ=255) tcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTc < 2:35957‑M2/38‑1 (MQ=255) tACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt < 1:102273‑M2/76‑33 (MQ=255) cttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCa < 1:854977‑M2/39‑1 (MQ=255) cttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCAGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCa < 2:1507265‑M2/39‑1 (MQ=255) aCCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatta < 2:980146‑M2/76‑34 (MQ=255) aCCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatta > 2:1476743‑M2/1‑43 (MQ=255) ccATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattac > 2:261131‑M2/1‑42 (MQ=255) cATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacg > 2:1357918‑M2/1‑41 (MQ=255) cATTCCGTTCCAGACGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacg < 1:99910‑M2/76‑36 (MQ=255) ttCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCCACCGGAGCCGCAAannataagcgctanntgaagggttgtggtattacgcc < 1:1375123‑M2/76‑38 (MQ=255) tCCGTATCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcct > 2:1454449‑M2/1‑38 (MQ=255) gatgcttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGtt < 2:1165790‑M2/44‑1 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctg > 1:1139769‑M2/1‑37 (MQ=255) atggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTc > 2:485349‑M2/32‑76 (MQ=255) cGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctga > 1:1293313‑M2/1‑36 (MQ=255) cGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCACAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctga < 1:1142607‑M2/76‑41 (MQ=255) ttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTa > 1:643830‑M2/28‑76 (MQ=255) tCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatat > 2:569024‑M2/1‑33 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg > 1:677928‑M2/1‑32 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg > 2:609182‑M2/1‑32 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATc > 1:761855‑M2/26‑76 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGCTGCGACCTTCNAGGTTCagtaact > 1:196002‑M2/25‑73 (MQ=255) gcgcGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattt > 1:364429‑M2/1‑28 (MQ=255) gcgcGTTANTCTGCAACCGNGGCCGCAAcccataagcgctaanttaagggttgtggtattacgcctgatatgattt > 2:1286227‑M2/1‑28 (MQ=255) cccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAAt < 2:651240‑M2/54‑1 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaa > 2:769468‑M2/1‑26 (MQ=255) gcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaa > 2:32031‑M2/1‑26 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc > 2:288941‑M2/20‑76 (MQ=255) aTTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgc < 1:404229‑M2/76‑56 (MQ=255) aTTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgc < 2:79350‑M2/76‑56 (MQ=255) aTTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgc < 1:442067‑M2/76‑56 (MQ=255) tttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccg > 2:179601‑M2/1‑19 (MQ=255) tttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccg > 2:279251‑M2/1‑19 (MQ=255) tagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAccc < 2:1052580‑M2/63‑1 (MQ=255) ttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacttgccga > 1:91708‑M2/1‑18 (MQ=255) agcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATTCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCa < 2:729992‑M2/64‑1 (MQ=255) tGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaatgtgccgat < 1:1369202‑M2/76‑60 (MQ=255) gcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAg < 1:808184‑M2/65‑1 (MQ=255) cgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAgg < 1:1139057‑M2/66‑1 (MQ=255) gcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGNTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGt > 1:1532144‑M2/10‑76 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga > 1:1273268‑M2/1‑15 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacctaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga < 1:1402809‑M2/76‑62 (MQ=255) cttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACccagctg > 1:209970‑M2/9‑73 (MQ=255) aaCCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaa > 2:331039‑M2/1‑14 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc > 2:552209‑M2/8‑76 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta > 2:661209‑M2/1‑11 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCACGGTTCCGTCTCAATAACCTACCCCGGTTCAgg > 1:1111142‑M2/5‑76 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAgg > 1:1111137‑M2/5‑76 (MQ=255) ggggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattac > 1:1090137‑M2/1‑10 (MQ=255) ggggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattac < 2:1113390‑M2/76‑67 (MQ=255) gCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactct > 2:814928‑M2/1‑7 (MQ=255) gCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAACGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGAc > 1:690486‑M2/2‑76 (MQ=255) ccGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACg > 1:778368/1‑76 (MQ=255) cGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctca < 2:573707‑M2/76‑72 (MQ=255) gCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcac < 2:381135‑M2/76‑73 (MQ=255) aaCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAt > 2:1226316/1‑76 (MQ=255) acccataagcgctaacttaagggttgtggtattncgcctgatatgatttaacgtgcngatgaattccnctcacgat < 2:1277426‑M2/76‑76 (MQ=255) aCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAtt < 1:927404/76‑1 (MQ=255) | GTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524453‑4524602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |