| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,393,061 | 0 | T | G | 20.9% | 164.3 / 14.1 | 67 | V211G (GTG→GGG) | aidB | isovaleryl CoA dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/48); new base G (14/0); total (19/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACCGCGGGTGGTCTGT > REL606/4392988‑4393135 | aaGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCt‑ggtgg > 1:551323/1‑76 (MQ=255)aaGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCt‑ggggg > 2:1501800/1‑76 (MQ=255) aGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTggg < 2:880864/76‑1 (MQ=255) gCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTgggg < 2:1078756/76‑1 (MQ=255) gCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTgggg < 1:1366373/76‑1 (MQ=255) cAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑Gggggggg > 2:1065177/1‑75 (MQ=255) aGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑Ggggggggg > 2:625804/1‑74 (MQ=255) aGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCa < 1:158810/76‑1 (MQ=255) ggCGGTTCCGATGTTATGCGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATa < 1:1438988/76‑1 (MQ=255) gCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATaa < 1:693529/76‑1 (MQ=255) cGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATaaa < 1:321790/76‑1 (MQ=255) ggTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAAt < 2:783425/76‑1 (MQ=255) ggTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAAt < 1:1192758/76‑1 (MQ=255) ggTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGGTAAAt > 2:560912/1‑76 (MQ=255) gTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGGTAAATg > 1:1087047/1‑76 (MQ=255) tCCGATGTTGTGAGCAACACCACCCGTGCAGAGGGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGt > 2:1317578/1‑76 (MQ=255) tCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGt < 1:1107079/76‑1 (MQ=255) ccGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGtt < 2:765727/76‑1 (MQ=255) cGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGttt < 2:548693/76‑1 (MQ=255) cGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGttt < 2:1031142/76‑1 (MQ=255) cGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGGTAAATGGgtt > 1:813569/1‑76 (MQ=255) cGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAACGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGGTAAGTGGgtt > 1:1392960/1‑76 (MQ=255) aTGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGATAAATGGgtttt > 1:273065/1‑76 (MQ=255) ttATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGATAAATGGTTTTtttc > 1:67714/1‑76 (MQ=255) tATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCg < 1:590619/76‑1 (MQ=255) tATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGATAAAAGGGTTTTTTCg > 1:473479/1‑76 (MQ=255) acacCCCCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCa < 1:1155805/76‑1 (MQ=255) acacCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGGGGGGGCTAAAAGGGTTNTTTTCGTTTCCgt > 1:197659/1‑75 (MQ=255) acacCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCa < 1:1155813/76‑1 (MQ=255) acacCACCCGTGCAGAGCGNCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGATAAATGGGTTTTTTCGGTTCCGCa > 1:1433362/1‑76 (MQ=255) acacCACACGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGAAGAAATGGCTTTTCTCGGTTCCGCa < 1:83559/76‑1 (MQ=255) accaccCGTGCAGAGCGTGTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCaaa < 1:1453560/76‑1 (MQ=255) ccaccCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGGTAAATGGGTTTTTTTGGGTCCGCCAAg > 1:939730/1‑76 (MQ=255) ccGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATNGGCT‑GGTGTGGCATNAATGGNTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGAt < 2:205209/76‑1 (MQ=255) ccGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGAt < 1:455488/76‑1 (MQ=255) gTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGATAAAAGGGTTTTCTCGGTTCCGCCAAGCGAAgc > 1:551141/1‑76 (MQ=255) cAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCa < 1:242805/76‑1 (MQ=255) agagCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCAt < 2:1154338/76‑1 (MQ=255) agagCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCAt < 2:1178767/76‑1 (MQ=255) agagCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCAt < 2:884419/76‑1 (MQ=255) gagCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATc < 1:309298/76‑1 (MQ=255) agCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCt < 1:160673/76‑1 (MQ=255) gCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTg < 2:796925/76‑1 (MQ=255) cGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTgg < 1:59350/76‑1 (MQ=255) cGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTgg < 2:695604/76‑1 (MQ=255) cGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGATAAATGGGTTTTTTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTgg > 1:814421/1‑76 (MQ=255) tCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAACGATGCGCATCTgggg > 2:968284/1‑74 (MQ=255) cTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGGGc > 2:1077755/1‑76 (MQ=255) cTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGCATNAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCANAGCGTTGCCCNTCTGGTGc > 2:1288736/1‑76 (MQ=255) tGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGGATAAATGGGTTTTTTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGGGcg > 2:407382/1‑75 (MQ=255) ggAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTg < 1:123127/76‑1 (MQ=255) ggAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTg < 1:1205052/76‑1 (MQ=255) ggAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTg < 2:482081/76‑1 (MQ=255) ggAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTATCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTg < 2:1318017/76‑1 (MQ=255) gAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGGGCTgg > 2:768988/1‑76 (MQ=255) gATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGgcgc < 2:188834/76‑1 (MQ=255) aTGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCCAAGGGATGCCAATCTGGTGCTGGCGCa < 1:80712/76‑1 (MQ=255) aTGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATNCGCATCTGGTGCTGGCGCa < 1:1426693/76‑1 (MQ=255) aTGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCa < 1:269559/76‑1 (MQ=255) aTGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCa < 1:911021/76‑1 (MQ=255) tGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGGTTTTTTCGGGTCCCCAAAGCGATGCGCCTCTGGTGCTGGCGCAg > 2:812544/1‑76 (MQ=255) tGGCTCTTATCGGCT‑GGGGGGGGATAAATGGGTTTTTTCGGGTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGgcgccg > 2:322445/1‑74 (MQ=255) gCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGTAGAc < 2:1510277/76‑1 (MQ=255) gCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGAc < 1:1189710/76‑1 (MQ=255) ctntTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAACGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATTTGGTGCTGGCGCTGAcc < 2:1440196/76‑1 (MQ=255) ctctTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGAcc < 2:1081437/76‑1 (MQ=255) ctTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACcgc < 1:646499/76‑1 (MQ=255) ctTATCGGCT‑GGGGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGGGCTGGCGCAGACcgc > 2:1092968/1‑76 (MQ=255) tATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACCGCgg < 1:1016388/76‑1 (MQ=255) tCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACCGCGggt < 1:1016896/76‑1 (MQ=255) cGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACCGCGggtg < 2:698884/76‑1 (MQ=255) ggCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACCGCGggtgg < 2:608124/76‑1 (MQ=255) ggCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACCGCGggtgg > 1:281457/1‑76 (MQ=255) cT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACCGCGGGTGGTc < 1:786236/76‑1 (MQ=255) ggtggGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACCGCGGGTGGTCTg < 2:1218886/76‑1 (MQ=255) gtggGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACCGCGGGTGGTCTGt > 1:1037453/1‑76 (MQ=255) | AAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCT‑GGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACCGCGGGTGGTCTGT > REL606/4392988‑4393135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |