| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 398,676 | T→A | I250N (ATC→AAC) | secF → | protein export protein SecF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 398,676 | 0 | T | A | 96.9% | 116.4 / ‑4.5 | 32 | I250N (ATC→AAC) | secF | protein export protein SecF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (14/17); total (14/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
CGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTCCGGTACTGGAAGGCTTCT > REL606/398603‑398747 | cGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAAca < 1:436356/76‑1 (MQ=255) ccGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGt < 1:396820/76‑1 (MQ=255) cgGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCNGGTACTAcc < 1:23300/76‑1 (MQ=255) gTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCtt < 1:888122/76‑1 (MQ=255) tACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACGACCTTg > 1:1068038/1‑76 (MQ=255) aCGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGa > 1:113601/1‑76 (MQ=255) aCGAAATCTTTAACNTGTCCTTGACCCACACGCTNCACCGTACNTTGAACACATCCGGTACTAGCTTGATGGTTAt < 2:965008/76‑1 (MQ=255) aCGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTAt < 1:362732/76‑1 (MQ=255) aCGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTAt < 1:531634/76‑1 (MQ=255) gAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATcc > 2:419332/1‑76 (MQ=255) aaaTCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCt < 2:215856/76‑1 (MQ=255) aaTCTTTANCATGTCCTTGNCCCAGACGCTGCACCGTACCTTNAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTg < 2:981696/76‑1 (MQ=255) aTCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGa > 2:573730/1‑76 (MQ=255) aTCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGa > 1:1016030/1‑76 (MQ=255) cTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATg < 2:346267/76‑1 (MQ=255) aaCGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGt > 1:586655/1‑76 (MQ=255) aaCGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGt > 1:94789/1‑76 (MQ=255) gtCCTTGACCCAGACGCTGCACCGCACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACctc > 1:719891/1‑76 (MQ=255) ccTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCtt < 1:203161/76‑1 (MQ=255) ccTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCtt > 1:567526/1‑76 (MQ=255) cAGACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTc > 1:110465/1‑76 (MQ=255) aGACACTGCACCGTACCTTGAACACATCCTGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTcc > 2:1153665/1‑76 (MQ=255) gACGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTCCg < 2:830943/76‑1 (MQ=255) aCGCTGCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTCCgg > 2:835074/1‑76 (MQ=255) cTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTCCGGTAc < 1:305336/76‑1 (MQ=255) gCACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTCCGGTACTg > 2:520990/1‑76 (MQ=255) cACCGTACCTTGAATACATCCCGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTATCTCTACGGTGGTCCGGTACTgg < 2:170800/76‑1 (MQ=255) cACCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTCCGGTACTgg < 1:119286/76‑1 (MQ=255) aCCGTACCTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTCCGGTACTGGa < 1:716958/76‑1 (MQ=255) ccTTGAACACATCNGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTGCCTCTTCGGTGGTCCGGTACTGGAAGGCtt < 2:1068037/76‑1 (MQ=255) cTTGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTCCGGTACTGGACGGCTtc > 2:1130285/1‑76 (MQ=255) ttGAACACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTCCGGTACTGGAAGGCTtct < 2:94532/76‑1 (MQ=255) | CGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTCCGGTACTGGAAGGCTTCT > REL606/398603‑398747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |