| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,164,088 | A→G | K1078R (AAG→AGG) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,164,088 | 0 | A | G | 97.7% | 169.7 / NA | 43 | K1078R (AAG→AGG) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (19/23); minor base C (1/0); total (20/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTG > REL606/4164015‑4164158 | cTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGa > 1:588508/1‑76 (MQ=255) gCGGTTAAAGGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGTTGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCa > 2:1242751/1‑76 (MQ=255) gCGGTTAAACGCGGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCa < 2:505888/76‑1 (MQ=255) cGGTGAGACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGTTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCaa < 1:1421344/76‑1 (MQ=255) cGGTGACACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGTTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCaa < 1:1421328/76‑1 (MQ=255) aaCGCCGTCTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTACGATCAACCCGAt > 2:763405/1‑76 (MQ=255) cGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCg < 2:734117/76‑1 (MQ=255) gCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGa < 2:1325886/76‑1 (MQ=255) gTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGa < 2:1133074/76‑1 (MQ=255) tATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGat > 1:1047351/1‑76 (MQ=255) tATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGat < 2:1074147/76‑1 (MQ=255) tATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCCAGCATCAACCCGATCGAAGat > 1:1366154/1‑76 (MQ=255) ccAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATg < 2:700446/76‑1 (MQ=255) ccAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATg > 1:828872/1‑76 (MQ=255) cAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGc < 1:851325/76‑1 (MQ=255) aGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGcc > 1:1037757/1‑76 (MQ=255) ccTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCtt < 2:370971/76‑1 (MQ=255) tGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTAc < 1:638140/76‑1 (MQ=255) tGACAAGATGCCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGAt > 1:1338307/1‑76 (MQ=255) aCAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGa < 2:407055/76‑1 (MQ=255) cAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGaa < 1:1111735/76‑1 (MQ=255) aaGATGGCNGCTCGGCACGNTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGNTCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGaaa < 2:1207261/76‑1 (MQ=255) aaGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTANTTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGaaa > 2:1226057/1‑76 (MQ=255) aaGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTNCTAGGATGAAGCCGATCGAAGATATGCCTTACGANGaaa > 1:182552/1‑76 (MQ=255) tGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACgg < 1:961331/76‑1 (MQ=255) ggCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCTATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGt < 2:777522/76‑1 (MQ=255) ggCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGt < 2:428240/76‑1 (MQ=255) gCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTa < 1:1062288/76‑1 (MQ=255) cAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTAc < 2:852333/76‑1 (MQ=255) gtcgtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGcc < 1:323766/76‑1 (MQ=255) cgtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCgg > 1:1229156/1‑76 (MQ=255) gtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGt < 1:801138/76‑1 (MQ=255) tcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTa < 2:628254/76‑1 (MQ=255) cGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGNACGCCGGTAGAc < 1:21828/76‑1 (MQ=255) gTAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGGACGCCGGTAGACAt > 2:93507/1‑76 (MQ=255) tAACAAGGGTGTAATTTCTAGGATCAACCCGATCGANGATATGCTTTCCGCTCAAAACGGTACGCCGGTAGNCATc > 1:168251/1‑76 (MQ=255) cAAGGGTGTAATTACTAGGATCAACCCGATCGANGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTa > 2:1224869/1‑76 (MQ=255) gtAATTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAAcc > 1:382593/1‑76 (MQ=255) aaTTTCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCg > 2:1144624/1‑76 (MQ=255) tttCTAGGATCACCCCGATCGAAGATATGCCTNACTATGAANACGGTCCGCCGGTAGACATNGTACTGAACCCGCt > 2:1188617/1‑76 (MQ=255) tttCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCt > 1:603009/1‑76 (MQ=255) ttCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTg > 2:705066/1‑76 (MQ=255) ttCTAGGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTg > 1:1134646/1‑76 (MQ=255) | CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTG > REL606/4164015‑4164158 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |