| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | REL606 | 4,194,135 | G→T | S137S (TCG→TCT) | metA → | homoserine O‑succinyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | REL606 | 4,194,135 | 0 | G | T | 98.0% | 178.1 / NA | 50 | S137S (TCG→TCT) | metA | homoserine O‑succinyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (32/17); minor base C (1/0); total (33/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCCTAAGCAAACTCGCAC > REL606/4194063‑4194206 | ggANTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGNTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACg < 2:1132661/76‑1 (MQ=255)ggAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACg > 2:637339/1‑76 (MQ=255)ggAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACg < 1:936140/76‑1 (MQ=255)ggAGATAAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACg > 1:69498/1‑76 (MQ=255) gTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTg > 1:311946/1‑76 (MQ=255) tttAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGt > 2:210767/1‑76 (MQ=255) tAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGttt > 1:519102/1‑76 (MQ=255) atgatgTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGt < 2:703677/76‑1 (MQ=255) atgTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTctg < 2:852735/76‑1 (MQ=255) atgTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTctg > 2:450259/1‑76 (MQ=255) cGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTgg > 1:931592/1‑76 (MQ=255) gCTTACTGGCCGCANATCAAACAGGTGCTGGAGTNGTCGATAGNTCACGTCACCTCTACGCTGATTGTCTGCTggg < 2:1003248/76‑1 (MQ=255) cTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGc > 1:338124/1‑76 (MQ=255) cTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGc < 1:422388/76‑1 (MQ=255) ttACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACTCTGTTTGTCTGCTGGGCg > 1:1141473/1‑76 (MQ=255) ttACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGGGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTTGTGGGCg > 2:976299/1‑76 (MQ=255) tACTGGCCGCAGATCAACCAGGCGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCgg > 2:184702/1‑76 (MQ=255) tACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCgg > 2:61427/1‑76 (MQ=255) aCTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGt > 1:460137/1‑76 (MQ=255) tGGCCGCAGATCAAACGGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCTCGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTAc < 1:606710/76‑1 (MQ=255) tGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTAc > 1:726560/1‑76 (MQ=255) tGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTAc > 2:1177076/1‑76 (MQ=255) ggCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACa > 1:1027002/1‑76 (MQ=255) ggCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACa > 1:858594/1‑76 (MQ=255) ggCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGAGGTACa > 2:1177872/1‑76 (MQ=255) gCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAg > 2:776870/1‑76 (MQ=255) gCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGcc < 2:604921/76‑1 (MQ=255) gCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTCTGTCTGATGGGCGGTACAGGcc > 2:42398/1‑76 (MQ=255) aTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCgcgc > 1:1161437/1‑76 (MQ=255) cAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTc > 2:618323/1‑76 (MQ=255) aaaCAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCa < 1:640348/76‑1 (MQ=255) aaaCAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCGCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGNCGCGCTCa > 1:1059816/1‑76 (MQ=255) aCAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAat > 1:859005/1‑76 (MQ=255) aGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAatat < 2:53225/76‑1 (MQ=255) gTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCGGCGCTCAATATcc < 1:79004/76‑1 (MQ=255) gTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATcc > 1:577393/1‑76 (MQ=255) tGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCct > 2:495702/1‑76 (MQ=255) gCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCctc > 2:461166/1‑76 (MQ=255) tGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTa > 1:1022130/1‑76 (MQ=255) nggAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCNCTCAATATCCTCTa > 2:163603/2‑76 (MQ=255) ggAGTGGTCGAAACATCACGTCAGCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTAc < 1:1041307/76‑1 (MQ=255) gAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACg < 1:216040/76‑1 (MQ=255) tCGAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTc < 2:581298/76‑1 (MQ=255) gAAAGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCCt < 1:100497/76‑1 (MQ=255) aaaGATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCCTa > 2:894731/1‑76 (MQ=255) aaaGATCACGTCACCTCCACGCAGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCCATATCCCCTACGGCATTCCTa > 2:176522/1‑76 (MQ=255) gATCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCCTAAGc < 1:871544/76‑1 (MQ=255) gATCACGTCACCTCTACGCTGTATGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCCTAAGc < 2:40461/76‑1 (MQ=255) aTCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCCTAAGCa > 1:1166632/1‑76 (MQ=255) aTCACGTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCCTAAGCa > 2:1174908/1‑76 (MQ=255) gTCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCCTAAGCAAACTc > 2:370870/1‑76 (MQ=255) tCACCTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCCTAAGCAAACTCg > 2:128366/1‑76 (MQ=255) ccTCTACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCCTAAGCAAACTCGCAc < 1:1116929/76‑1 (MQ=255) | GGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCCTAAGCAAACTCGCAC > REL606/4194063‑4194206 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |